Немедленно созвав очередное Особое совещание, император согласился принять чрезвычайные меры. Военно-полевым судам разрешили на месте судить тех, кто совершил нападение на должностных лиц или оказал им вооруженное сопротивление; многие чиновники надеялись, что эти судьи будут, по словам Палена, «действовать по приказанию начальства». Дела задержанных решили рассматривать сразу на закрытых процессах, а апелляций не принимать.
Военный министр Милютин одобрил эту необходимую меру. В своих мемуарах он высказывает собственную точку зрения на убийство Мезенцова, которую многие разделяли: «Убийство подобного человека не может быть иначе объяснено как сатанинским планом тайного общества навести террор на всю администрацию. И план этот начинает удаваться».
Генерал Селивестров в беседе с Милютиным признавался, что полицейская часть представляется ему «в жалком виде» из-за недостатка средств и способных сотрудников. 8 августа Комитет министров попытался исправить положение, но только в отношении местной полиции. Были выделены дополнительные средства на местную полицию в девяти «важных центрах деятельности агитаторов» и на увеличение числа «сыщиков в штатском» во всех губерниях, за исключением самых отдаленных провинций. Кроме того, было решено ссылать политических преступников, покушавшихся на побег, в Якутскую область, далекую северо-восточную окраину империи, потому что многие ссыльные, отправленные в более близкие к центру места, нелегально возвращались и возобновляли свою революционную деятельность.
Временные правила, принятые в начале сентября, давали жандармам право арестовывать всех подозрительных лиц «за участие в уличных беспорядках или сходках, имеющих политический характер», а также тех, кого они считали «политически неблагонадежными». В свою очередь начальник Третьего отделения и министр внутренних дел могли отправить арестованных в ссылку, если на то имелись «достаточные основания», предварительно поставив в известность министра юстиции.
Закон разрешал использовать чрезвычайные полномочия только в отношении явных революционеров, но он повсеместно нарушался. В каждом задержанном чиновникам мерещился убийца. Самые невероятные политические расследования оправдывались угрозой политической безопасности империи.
25 сентября генерал Селивестров был вынужден издать секретную директиву для жандармов, запрещавшую им злоупотреблять недавно полученными полномочиями на арест. Он предупреждал, что неправильное толкование жандармами закона от 1 сентября «тяжело отзовется на людях, неосновательно подвергнутых преследованию и лишенных свободы… и неминуемо возбудит против правительства общественное мнение».
Административные меры, продолжал Селивестров, в отношении политических преступников должны применяться только в том случае, если собранные улики не могут быть представлены на рассмотрение суда, т. е. если они собраны тайно и не являются бесспорными. Для тех случаев, когда улики могли быть представлены суду, оставался в силе закон от 19 мая 1871 г.
Принимая во внимание численный рост тайных сотрудников, как наружных агентов, ведущих расследования, так и секретных агентов, Селивестров особо остановился на вопросе тайных свидетельств и улик. В сентябрьской директиве говорилось, что если собранные тайно улики доказывают вину подозреваемого, государство имеет полное право прибегнуть к административным, а не к юридическим процедурам, поскольку как только дело подозреваемого передано в суд, административные меры к нему уже неприменимы.
В октябре 1878 г. начальником Третьего отделения стал генерал Александр Романович Дрентельн. Его первым распоряжением было прекратить все попытки убедить швейцарское правительство выдать Веру Засулич России. Швейцарское правительство уже отказалось сделать это на том основании, что обвинения, выдвинутые против нее, были признаны русским судом недействительными.
Дрентельн утверждал, что дальнейшие попытки вернуть Засулич и предать ее повторному суду не принесут никакой пользы, а, напротив, несомненно вызовут волну демонстраций протеста.
В конце 1878 г. обсуждался вопрос централизации полиции в целях повышения эффективности борьбы с политическими врагами империи. Представлялось необходимым создание нового органа, например Министерства полиции, которое заменит Третье отделение и в которое войдет Отдельный корпус жандармов. Этот план был продиктован глубоким недовольством Третьим отделением, которое не могло обеспечить безопасность ни своих начальников, ни императора. В марте 1879 г. террористы попытались убить генерала Дрентельна, а менее чем через месяц, 2 апреля, народник Александр Соловьев стрелял в Александра II на Дворцовой площади. Покушавшийся успел сделать три выстрела, и только неисправность револьверного прицела спасла жизнь царю.