Министерство внутренних дел было давним, хотя и менее влиятельным соперником Третьего отделения. В его составе имелся Департамент полиции исполнительной, занимавшийся обеспечением порядка на местах, но не касавшийся политических дел. С передачей Министерству внутренних дел функций Третьего отделения оно превращалось в бюрократического монстра, ведавшего всем административным управлением империи, политической и уголовной полицией и множеством побочных дел. В проекте Лорис-Меликова подразумевалось, хотя и не говорилось открыто, что реорганизованное ведомство окажется не по плечу министру Л.С. Макову. Лорис-Меликов делал либеральный жест. Он убедил императора распустить Верховную распорядительную комиссию, т. е. добровольно отказывался от диктаторских полномочий. Предполагая занять пост министра, он в таком случае почти не уменьшал объема своей власти.
6 августа 1880 г. Александр II одобрил всеподданнейший доклад Лорис-Меликова и подписал указ о ликвидации Верховной распорядительной комиссии. Функции Министерства внутренних дел расширялись. Министром внутренних дел был назначен Лорис-Меликов, его товарищами — Каханов и генерал П.А. Черевин. В связи с этой реорганизацией упразднялось Третье отделение Собственной его императорского величества канцелярии. Так бесславно закончился целый период русской истории, связанный с именем этого учреждения.
Функции Третьего отделения были поручены Департаменту государственной полиции. В течение нескольких месяцев в составе Министерства внутренних дел существовало два департамента — государственной полиции и полиции исполнительной. В ноябре 1880 г. они были слиты воедино. Департамент государственной полиции занял помещение Третьего отделения на Фонтанке, 16. Директором Департамента стал барон И.О. Велио — совершенно неожиданное назначение, учитывая, что до этого он много лет руководил Департаментом почт и телеграфа. В момент упразднения Третье отделение насчитывало 72 служащих; 21 из них изъявил желание перейти в новое учреждение. Департамент государственной полиции строго подошел к отбору кандидатов и принял лишь немногих, особо доверенных. Характерно, что в их число вошел внештатный чиновник для письма Клеточников.
Противореча своим собственным предложениям, Лорис-Меликов неожиданно удовлетворил требования жандармов сохранить их особый статус и отдельную корпусную структуру. Таким образом, жандармы не были переданы в подчинение директору Департамента полиции, а остались в подчинении министра внутренних дел, который являлся их шефом. Согласно указу императора от 10 марта, они также подчинялись губернаторам. По логике вещей главной задачей жандармов было подавление возможных бунтов. Однако в октябре 1881 г. статс-секретарь Каханов выражал пожелание, «чтоб жандармы являлись не придаточного силой, а частью полиции, вполне подчиненною полицейскому начальству во всем, что касается полицейских служб». Это пожелание никогда не стало в полной мере реальностью.
В ноябре 1880 г. «Народную волю» постигла серия крупных неудач. Террористы заложили мину под мост, по которому должен был проехать император, но не смогли произвести взрыв. В том же месяце был схвачен А. Михайлов, чему способствовал террорист Григорий Гольденберг, не выдержавший тюремного заключения и завербованный лично Лорис-Меликовым. В январе 1881 г. был арестован другой убежденный террорист, активный член «Народной воли» Иван Окладский. Узнав, что он приговорен к долгим годам каторги, Окладский быстро согласился поменять свои убеждения на противоположные и перейти на сторону правительства. Он выдал две конспиративные квартиры, типографию и мастерскую, где его бывшие товарищи производили динамит, а через два месяца стал тайным агентом и оставался им в течение последующих 37 лет.
В конце февраля был арестован Андрей Желябов — признанный лидер и главный стратег «Народной воли». Он был схвачен на конспиративной квартире, служившей местом встречи заговорщиков и уже находившейся под наблюдением полиции.
По словам помощника Лорис-Меликова, гораздо менее успешными были затянувшиеся расследования, связанные с покушением на жизнь императора. За период с 1875 по 1880 г. перед судом предстали 1020 человек, и половина из них обвинялась в причастности к покушению на жизнь Александра II. В январе 1881 г. на конспиративной квартире был задержан Клеточников.