Все возраставшее число политзаключенных потребовало создания 18 марта 1918 г. Тюремного отдела, который возглавил Д.Г. Евсеев. Отдел не имел своего аппарата и в июле 1918 г. на правах отделения был передан в комендатуру (Евсеев еще в июне стал работать инструктором-инспектором Иногороднего отдела и, кроме того, входил в Военный штаб). После объявления «Красного террора», в связи с передачей 16 сентября 1918 г. Бутырской тюрьмы из Наркомюста в ВЧК, Тюремный подотдел стал мощной структурой в системе лубянского ведомства, хотя и оставался формально в системе комендатуры. Подразделение возглавил Я.А. Бялогродский, одновременно назначенный комендантом Бутырской тюрьмы[112]
. С этого времени в чекистском ведомстве сложилось положение, когда заведующий Тюремным отделом одновременно руководил главной подведомственной ВЧК тюрьмой (впрочем, оно не всегда соблюдалось).После роспуска Оргкомиссии 24 февраля 1918 г. прием новых служащих осуществлялся через чекистский Президиум. Однако после переезда в Москву Дзержинский сделал попытку взять кадровые вопросы под свой личный контроль. 18 марта на заседании ВЧК, где присутствовали Дзержинский, Александрович, Гуркин, Ксенофонтов, Фомин, Полукаров, Емельянов, Ильин и Чернов, было решено, что каждый отдел обязан сообщать о поступающих на службу председателю ВЧК. Только с согласия последнего те могли считаться принятыми, а зарегистрированными они должны быть в создаваемом столе личного состава.
Прием на службу сотрудников осуществлялся через созданное 5 апреля 1918 г. управделами ВЧК, куда было переданы частично функции расформированного оперштаба (заведующий А.П. Пятницкий). Пятницкий 18 апреля был уполномочен по предоставлению отделами числа вакансий следователей и комиссаров производить соответствующий подбор из лиц, имеющих личные и партийные рекомендации. На начало мая 1918 г. оно включало в себя организованную М.Ф. Емельяновым по решению ВЧК от 18 марта общую канцелярию со столом справок численностью в 8 руководящих и старших канцелярских работников[113]
. Летом 1918 г. Управделами ВЧК было расформировано, а канцелярия была переведена в оперативное подчинение секретарю Президиума (позднее секретарь Президиума официально являлся руководителем общей канцелярии). На 25 сентября 1918 г. общая канцелярия, которую возглавлял бывший помощник управделами ВЧК И.В. Шилов, включала в себя стол личного состава (Э.П. Рутенберг), стол ордеров (В.В. Скоринко), стол отправлений (Ф.Н. Шепелинский), справочное бюро, архив (Е.Н. Шилова)[114].К началу мая 1918 г. в ВЧК было сформировано 5 технических и обслуживающих отделов: казначейский (заведующий Петерс), хозяйственный (заведующий М.Ф. Емельянов), хранилищный (заведующий П.Ф. Сидоров), автомобильный (заведующий Н.И. Якушенко) и санитарный (заведующая А.Н. Терентьева). В июле 1918 г. после назначения Петерса временным председателем ВЧК и отстранения от чекистской работы из-за участия в левоэсеровском восстании Емельянова казначейский и хозяйственный отделы были слиты в единый финансово-хозяйственный отдел, начальником которого назначили бывшего секретаря хозотдела А.Я. Рамана, а заведующими казначейскими и хозяйственными подотделами, соответственно, А.А. Рутенберга (бывшего секретаря казначейского отдела) и П.П. Матросова. Хранилищный отдел, в котором сдавались реквизированные деньги и ценности, был летом 1918 г. на правах отделения передан в отдел по борьбе с контрреволюцией. В оперативном подчинении автомобильного отдела находились воинские отряды самокатчиков и шоферов (его служащие летом 1918 г. были переведены в штат отдела). Заведующим отделом вместо Якушенко назначили шофера и бывшего военнослужащего автобронеотряда ВЦИК В.Д. Гарша. В середине сентября 1918 г. санитарный отдел, оказывающий медицинскую помощь сотрудникам ВЧК и арестованным и проводящий медэкспертизу, был объединен с лазаретом войск ВЧК во врачебно-санитарный отдел. Новое подразделение возглавил М.Г. Кушнер, так же как и Терентьева, врач по профессии, а начальник лазарета войск Р.Б. Гиршфельдт стал врачом лазарета ВЧК.
Таким образом, расширение фронта работы ВЧК привело к увеличению количества подразделений. Если на начало мая 1918 г. было 13 отделов: четыре «линейных» (по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, должностными преступлениями и информационный) и восемь вспомогательных, технических и обслуживающих (управделами с общей канцелярией, комендантский с тюремным подотделом, казначейский, хозяйственный, хранилищный, автомобильный, санитарный и справочное бюро), то в конце сентября их число равнялось 15: четыре «линейных» (по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, должностными преступлениями и иногородний), шесть вспомогательных, технических и обслуживающих (общая канцелярия, тюремный, комендатура, финансово-хозяйственный, автомобильный и врачебно-санитарный) и пять подразделений при ВЧК (отделы стратегического уплотнения, контроля складов, районных ЧК, контрольно-ревизионная коллегия и военный штаб).