Новая организационная структура была обсуждена на проходившей с 26 по 30 ноября 1918 г. 2-й Всероссийской конференции ВЧК. По ее итогам были проведены серьезные изменения в структуре ведомства. Началось расформирование отдела по борьбе с контрреволюцией. Из него были выделено в самостоятельное подразделение регистрационное бюро, а хранилищное отделение передано в финансово-хозяйственный отдел. Был также упразднен отдел стратегического уплотнения. Таким образом, из вспомогательных оперативных подразделений в центральном аппарате остался только отдел контроля складов. Тюремный отдел стал объединенным подразделением ВЧК и МЧК, а впоследствии вместе с Бутырской тюрьмой полностью перешел в распоряжение МЧК. Образование МЧК стало причиной некоторой отсрочки в реорганизации центрального аппарата. Ф.Э. Дзержинский писал В.В. Фомину, что с организацией юридического и секретного отделов придется несколько задержаться из-за необходимости передать все дела и арестованных МЧК и уже затем взяться за реорганизацию ВЧК. Планировалось, в частности, созвать ее членов и сформировать список Коллегии (чего в те дни сделано не было), а также распределить по отделам работу и сотрудников.
Заседание ВЧК, реализующее организационные решения 2-й конференции, состоялось 9 декабря 1918 г.[117]
На нем руководителем организованного на базе отдела по борьбе с контрреволюцией секретно-оперативного отдела был избран Скрыпник. На этом же заседании военное отделение контрреволюционного отдела было реорганизовано в самостоятельный военный отдел. Ранее, в начале ноября или в конце октября 1918 г., начальником военного отделения отдела по борьбе с контрреволюцией вместо Янушевского назначили М.С. Кедрова, прибывшего в ВЧК из комиссии по разгрузке Московского железнодорожного узла, который в декабре и возглавил военный отдел. Из иногороднего отдела были выделены его основа — отдел инструкторский и связи, который возглавил по совместительству Фомин, и транспортный отдел, временно исполнять обязанности заведующей которого стала Ю.Ю. Янель. Должность заведующего следственно-юридическим отделом, созданным на базе следчастей упраздненных контрреволюционного, спекулятивного и преступлений по должности отделов, осталась вакантной. Назначен был только заместитель начальника отдела — М.К. Ихновский, ранее заведовавший следчастью отдела должностных преступлений. На заседании было решено подыскать заведующего, а Ихновскому совместно с начальником следчасти транспортного отдела М.К. Романовским и под руководством М.Ю. Козловского (представителя Народного комиссариата юстиции в ВЧК) — организовать аппарат следственного отдела и подготовить для него инструкции. Все дела, направляемые на рассмотрение руководства, должны были проводиться через этот день, а он уже должен был по ним докладывать.Многочисленные злоупотребления со стороны чекистов, особенно часто отмеченные после провозглашения «красного террора», заставили большевистских руководителей и руководство ряда ведомств, в том числе финансирующего ВЧК НКВД, добиваться существенного реформирования подразделения чекистского внутреннего контроля — контрольно-ревизионной коллегии (КРК). 2 ноября 1918 г. по предложению НКВД президиум ВЧК принял решение о реорганизации КРК на следующих основаниях: в комиссию должны были быть введены по одному представителю от комиссариатов внутренних дел, юстиции, ВЦИК, ЦК РКП и Президиума ВЧК.
КРК самой предоставлялось право набирать необходимый штат служащих для выполнения своих задач, а члены коллегии выбирали из своей среды председателя, который ведал всеми делами КРК. Коллегия должна была собираться не реже одного раза в неделю, и все решения в ней принимались простым большинством голосов. Председателем ее в декабре 1918 г. вместо Савинова был избран член контрольно-ревизионной коллегии НКВД Т.К. Грикман. Тогда же в состав КРК вошел прибывший с Дона комиссар юстиции местной советской республики С.Л. Лукашин (Срабионян), юрист по образованию, успевший поработать и следователем, а затем и руководителем следчасти в контрреволюционном отделе.
Однако структурные изменения и кадровые перестановки не привели к заметному улучшению работы контрольно-ревизионной коллегии. Как писал 10 декабря 1918 г. наркому внутренних дел Г.И. Петровскому представитель комиссариата в КРК и ее член А.И. Лацис (не имевший никакого отношения к М.Я. Лацису-Судрабсу), коллегия не может выполнять сколько-нибудь успешной работы, так как ее членами являются чекисты, и она, собственно, является вспомогательным органом ВЧК[118]
. В письме же Петровскому председателя КРК Грикмана вообще констатировалось, что коллегия, планировавшаяся как орган контроля и ревизий всех распоряжений ВЧК, находящихся в ее ведении дел и действий отдельных сотрудников, превратилась в своего рода «справочное бюро»[119]. Таким образом, превращения коллегии из внутриведомственного в межведомственный контрольный орган так и не произошло, вследствие чего сохранялась бесконтрольность карательного ведомства.