Начальником разведотдела Ленинградского управления был Л. И. Кожевников, назначенный на эту должность приказом от 5 марта 1941 г. и возглавлявший разведку до 1944 г. Заместителями Кожевникова стали капитан госбезопасности П. П. Макаров и младший лейтенант А. М. Сахаровский. Разведотдел состоял из 7 отделений: 1-е отделение занималось анализом данных и разрабатывало различные операции; 2-е, 3-е, 4-е и 7-е отделения ведали разведдеятельностью по различным линиям работы, а с началом войны за этими отделениями закреплены функции по подготовке разведчиков-диверсантов, разведчиков-маршрутников, разведчиков-боевиков, командиров разведывательно-диверсионных групп; 5-е отделение занималось переводами и обработкой радиоперехватов; 6-е отделение ведало техническим обеспечением (в последствии оно готовило документы для забрасываемых в тыл сотрудников). Важную роль в противодействии спецслужбам врага играл начальник разведывательного отдела штаба Ленинградского фронта П. П. Евстигнеев.
Куприн П.Т.
После перевода П. Т. Куприна на должность начальника особого отдела Ленинградского фронта, его заместителями стали Ф. И. Гусев, И. С. Качалов и М. Д. Лавнев. Различные направления деятельности отдела возглавляли И. В. Кулецкий, С. Н. Скляр, Д. Д. Таевере, В. И. Горбушин и другие. В полномочия особых отделов входили не только контрразведывательное обеспечение красноармейских соединений, но и «работа на территории противника» – проникновение в полицейские структуры, комендатуры и в разведывательные органы противника, а также ликвидация нацистских руководителей. Весной 1943 г. было создано Главное управление контрразведки (ГУКР) «Смерш», и сотрудники особых отделов перешли в ведение Народного комиссариата обороны СССР. С апреля 1943 г. начальником управления контрразведки «Смерш» Ленинградского фронта был назначен уроженец Псковской области А. С. Быстров.
В первые же дни часть сотрудников была направлена в боевые подразделения для оперативной работы на фронте и в прифронтовой полосе, работа управления включала также развертывание разведывательно-диверсионной деятельности в тылу противника.
В начале августа 1941 г. управление отчитывалось перед наркомом внутренних дел Л. П. Берия о том, какие меры были приняты для подготовки к работе в условиях немецкой оккупации как в области, так, возможно, и в самом Ленинграде. «В связи с создавшейся для ряда районов Ленинградской области угрозой занятия их войсками противника разведывательным отделом Управления НКВД по Ленинградской области была развернута работа по организации в районах области разведывательной и диверсионной агентуры с задачей остаться в тылу противника в случае занятия района немецкими войсками и проведения там разведывательной и диверсионной работы. В зависимости от местных условий, завербованная агентура либо сводилась в резидентуры, либо, если не было возможности подобрать на месте или прислать резидента, агентуре давались индивидуальные задания и с каждым в отдельности обусловливалась техника связи. Связь, как правило, устанавливалась двусторонняя, то есть путем присылки связников из районов, занятых немцами, на нашу территорию и от нас на территорию, занятую противником. Как показала практика работы, в настоящее время эта техника связи полностью себя оправдала, так как знание местных условий, лесов и троп связниками и специфичность расположения немецких войск по основным дорогам и населенным пунктам дают возможность осуществить почти бесперебойную связь с районами, занятыми немецкими войсками. К настоящему времени по 33 районам Ленинградской области завербовано 285 агентов, они проинструктированы и им даны задания разведывательного характера. Из этого числа осталось на территории районов, занятых противником, 62 агента. По 16 районам области, находящимся в непосредственной близости к фронту, разведывательная агентура сведена в резидентуры. Всего по этим районам организована 41 разведывательная резидентура. Помимо разведывательных резидентур в районах области созданы также диверсионные ячейки. Всего по 33 районам завербовано и проинструктировано 168 агентов, которым даны диверсионные задания. В настоящее время обучена, полностью снабжена и по согласованию с военным командованием перебрасывается группа в количестве 8 человек. Для установления постоянной радиосвязи с районами области, занятыми противником, оборудованы и переброшены две рации: одна – в Кингисеппском направлении и одна – в Лужском направлении. Третья рация подготовлена и будет переброшена в Старорусском направлении. В Ленинграде создано 4 разведывательные резидентуры, в которые входит 90 проверенных и специально проинструктированных агентов. Резидентуры разбиты на ряд групп, во главе которых находятся старшие групп. Резидентурам будут переданы рации со специально обученными радистами».