После этого эскадрон А. В. Френкеля был направлен в район 39-го разъезда для борьбы с действовавшей в этом районе бандой подпоручика Красикова-Маврина. В результате войсковой операции большинство бандитов во главе с их главарем было уничтожено. Чекистами было захвачено значительное количество оружия, разграбленного бандитами из воинских эшелонов. В ходе допросов пленных было установлено, что в деревне Бахчино Костромской губернии, на родине Красикова-Маврина, находится склад оружия. В результате обыска там было обнаружено 235 винтовок и около 500 ящиков патронов. В этом населенном пункте было также захвачено в плен 150 дезертиров. Часть из них пыталась бежать, при этом убив двух красноармейцев и женщину-крестьянку. По решению следователей Ярославской губЧК Благовещенского и Мационова, а также члена Костромского губкома РКП(б) Богданова, виновные в убийстве дезертиры были расстреляны на месте.
В начале июля 1919 г. Ярославская губЧК получила данные о том, что в пограничной с Ярославской губернией Шунгенской волости Костромской губернии действует банда численностью около двух тысяч человек. Бандитами был пленен отряд Костромской ГубЧК в 250 штыков, направленный на их ликвидацию. Руководство Ярославской ГубЧК на помощь соседям направило сводный отряд под командованием А.В. Френкеля, включавший в себя две роты пехоты и эскадрон кавалерии. Из Нижнего Новгорода прибыл отряд чекистов под командованием Кузнецова. Бандиты, узнав о приближении чекистов, отступили вниз по Волге к селу Красному. Френкель преследовал бандитов на пароходе, разместив кавалеристов на плотах. Не доезжая до Красного, он высадил всадников под командованием коммуниста Сайкова, а сам с пехотой спустился южнее Красного. С утра по бандитам, разместившимся в селе, был нанесен удар с двух сторон. В результате боя было уничтожено 200 бандитов, около 60 человек взято в плен. В качестве трофеев взято более тысячи винтовок, револьверов и другого оружия. Потери чекистов составили 23 человека убитыми и 89 раненными. В этом бою погиб член коллегии Ярославской ГубЧК А. Щербаков.
Следует заметить, что ярославские и костромские чекисты в ходе операций против бандитов и дезертриров плохо взаимодействовали между собой. Более того, между их руководством были серьезные разногласия. Так, Костромская ГубЧК выразила резкий протест против действий А. В. Френкеля под селом Красным. Костромичи даже пытались арестовать и расстрелять его. Руководство Ярославской ГубЧК за помощью было вынуждено обратиться в Центр. 15 августа 1919 г. вопрос «о деятельности т. Френкеля в Костроме» стал предметом рассмотрения заседания Президиума ВЧК. В результате А.В. Френкель был направлен на фронт.
В этот же период ярославским чекистам пришлось организовывать оборону уездного Пошехоно-Володарска от вооруженного формирования генерал-майора графа Мейера. Действовавшие против него караульная рота и отряд коммунистов были оттеснены в район села Давыдовки в 16-ти километрах от уездного центра. К ним на помощь был направлен отряд Ярославской ГубЧК под командованием Губского, усиленный подразделениями 46-го стрелкового полка железнодорожной охраны, 2-м отдельным артиллерийским дивизионом из Рыбинска, красноармейскими частями из Череповца и Вологды. 8 июля 1919 г. «бело-зеленые» атаковали советские части в районе Володарского тракта у деревни Михалково. Атака была отбита пулеметным огнем и залпами артиллерийских орудий. В течение трех часов подразделения Мейера неоднократно атаковали позиции чекистов и красноармейцев, но были отброшены на исходные позиции. В результате они были вынуждены отступить. 10 июля, получив подкрепления, части Красной армии и ГубЧК перешли в наступление в районе деревни Голодяка. Около деревни Полтино чекистским отрядом под командованием Губского был окружен и арестован Майер, который тут же был публично расстрелян.
По оценке председателя Ярославской ГубЧК М. И. Лебедева, потери «бело-зеленых» составили 1200–1300 человек убитыми. Отряд 6-й армии Северного фронта под командованием Орехова разбил останки повстанцев, которые потеряли еще около 500 человек. Ярославские чекисты под командованием Губского, преследуя «бело-зеленых», уничтожили еще около 100–150 человек. В качестве трофеев было взято 5 станковых и 8 ручных пулеметов, 1 885 винтовок, 15 карабинов, около 2000 гранат. В тот же день отрядами Ярославской и Вологодской губернских ЧК была уничтожено вооруженный отряд повстанцев численностью 150 человек под командованием поручика Жукова.