Начавшаяся Гражданская война с участием иностранной интервенции, и вовсе поставили под угрозу завоевания пролетарской революции. В этой связи, уже с начала 1918 г. происходит целенаправленное формирование специальных государственных структур по обеспечению безопасности и правопорядка Советской республики. Так, при создании необходимого инструментария для удержания советской власти на первых порах имелась определенная общность в организации данных ведомств. Например, при формировании местных органов милиции и местных ЧК, изданными в октябре 1918 г. предусматривалось их функционирование как государственных органов центральной власти на местах, работа которых строилась (также по опыту времен Временного правительства) на принципе двойного подчинения: в непосредственном ведении местных Советов с подчинением при этом общему руководству НКВД и ВЧК соответственно.
Имелась и общность в задачах, поставленных перед данными ведомствами. Так, работники милиции и сотрудники уголовного розыска, созданного 5 октября 1918 г. в составе НКВД РСФСР совместно с работниками ВЧК были сообща задействованы в борьбе с политическими противниками, спекулянтами, наиболее опасными преступниками-рецидивистами[225]
. Силы ЧК и милиции под руководством комиссии при ВЧК по санитарному делу были направлены на борьбу с сыпным тифом; на обеспечение топливом замерзающих городов; бесперебойной поставки продовольствия и т. д.[226] В необходимых случаях сотрудники обеих структур привлекались для проведения различных операций и боевых действий совместно с частями Красной армии[227].В ноябре 1918 г. на заседании Коллегии НКВД специальным протоколом принимается решение о согласовании действий ВЧК и НКВД по вопросам: порядка финансирования чрезвычайных комиссий (чтобы смета ЧК вырабатывалась и проводилась в финансовом отделе Народного комиссариата внутренних дел под руководством и в согласии с Всероссийской чрезвычайной комиссией); разграничения функций в работе Наркомата внутренних дел и Всероссийской чрезвычайной комиссии, а также о пользовании чрезвычайных комиссий милицией. В этой связи, было принято решение о создании комиссии в составе представителей ВЧК и НКВД по выработке специальной инструкции[228]
.Совмещение Ф. Э. Дзержинским с марта 1919 г. двух постов – председателя ВЧК и наркома НКВД – существенно усилило взаимодействие двух структур, тем более что сам Феликс Эдмундович занимал твердую позицию об объединении наркоматов и ведомств, осуществлявших однородные охранительные функции. Были объединены ряд центральных отделов ВЧК и НКВД, произошло слияние уездных ЧК с уездными управлениями милиции. В мае 1919 г. все войска вспомогательного назначения (в том числе и Корпус войск ВЧК) были объединены в войска внутренней охраны (ВОХР), подчиненные Народному комиссариату внутренних дел. Руководством НКВД был поставлен вопрос о включении ВЧК в состав наркомата, тем более что достаточно долгое время ВЧК финансировалась по смете НКВД[229]
. Руководство ВЧК, со своей стороны, стремилось подчинить себе милицию и уголовный розыск. Тем более, для укрепления аппарата уголовного розыска из среды ЧК назначались люди на должности заведующих уголовно-розыскными отделениями. Таким образом, обе стороны высказывали готовность к объединению, но только на разных основаниях[230].При этом, к началу 1920-х гг. активно шел процесс становления ВЧК и НКВД как отдельных ведомств, отличающихся своей спецификой в различных сферах их деятельности. Так, заметно возросшие к концу Гражданской войны структура ВЧК, ее функции и регламентация полномочий были направлены на борьбу с контрреволюцией, саботажем, спекуляцией, охрану границ, ведение наружной разведки и политического следствия и т. д. Учитывая, что на этапе Гражданской войны контрреволюцию от шпионажа отделить было затруднительно, с 1919 г. в ведении ВЧК находилась и военная контрразведка, организационное становление которой также представляло максимальную адаптацию деятельности «бывшей царской» контрразведки под советскую действительность[231]
.В свою очередь, в структуре НКВД также прошел ряд оргштатных мероприятий. Так, с 1919 г. в органах милиции начинают создаваться научно-технические подразделения – кабинет судебной экспертизы, регистрационного и дактилоскопического бюро. В апреле 1920 г. произошло слияние уголовного розыска и следствия (сначала в Москве и Петрограде, а затем и в других городах). Объединенные органы розыска и следствия находились в двойном подчинении – НКВД и исполкомов Советов. В мае 1920 г. в составе Главного управления милиции (ГУМ), губернских управлений милиции, управлений милиции в Москве и Петрограде образованы иностранные подотделы, которые вели учет иностранцев, постоянно или временно проживавших на территории РСФСР, охраняя их личную безопасность и имущество.