Когда Абакумова в 1946 году назначили вместо Меркулова министром госбезопасности, он не был близок к Берия. Напротив, Сталин дал Абакумову указание собрать компромат на всех, в чьих руках была власть, в том числе на Берия. Абакумов смог доказать, что Маленков прекрасно знал о сокрытии неполадок в авиапромышленности, и в 1947 году он получил выговор, был смещен с должности и временно сослан в Казахстан. Его вывели из Секретариата ЦК, а его обязанности перешли к Кузнецову, протеже Жданова. Абакумов и Кузнецов установили самые тесные дружеские отношения.
Однако спустя два месяца Сталин назначил Маленкова заместителем Председателя Совета Министров. Берия в то время поддерживал Маленкова и не скрывал что они часто встречаются. Абакумов, со своей стороны, сообщал Сталину о том, что Маленков и Берия сочувствуют репрессированным руководителям авиапромышленности и военным.
Расстановка сил в окружении Сталина была следующей: и Берия, и Маленков поддерживали тесные рабочие отношения с Первухиным и Сабуровым, занимавшимися экономическими вопросами. Все они входили в одну группировку. Они выдвигали своих людей на влиятельные должности в правительстве.
Вторая группа, позднее получившая название ленинградской, включала Вознесенского — первого заместителя Председателя Совета Министров и главу Госплана, Жданова — второго секретаря ЦК партии, Кузнецова — секретаря ЦК, отвечавшего за кадры, в том числе и органов госбезопасности, Родионова — Председателя Совета Министров Российской Федерации, Косыгина — заместителя Председателя Совета Министров по легкой промышленности и финансам, выдвинутого в период подготовки и проведения денежной реформы, а после «ленинградского дела» переведенного на малопрестижную работу в Министерство легкой промышленности.
Вторая группировка назначала своих людей на должности секретарей районных партийных организаций. Кузнецов в 1945 году выдвинул Попова, бывшего директора авиазавода, секретарем Московской парторганизации, и Попов стал членом Оргбюро ЦК и секретарем ЦК ВКП(б) одновременно. Жданов поощрял его попытки контролировать министров через выборы в Московский комитет партии. Жданов и Кузнецов осуществляли двойной контроль над членами правительства через Попова и через Центральный Комитет.
Нечто подобное пытался сделать Ельцин, став секретарем Московского комитета партии. В этом одна из причин его конфликта с аппаратом ЦК.
Таким образом, членами правительства можно было манипулировать без вмешательства Берия, Маленкова и Первухина. Когда Жданов в 1948 году умер, Попов потребовал, чтобы министры, как члены партии, подчинялись ему, как главе Московского комитета партии. Маленков, стремясь убрать Попова, интерпретировал это его требование как свидетельство «заговора» и появления «независимого» центра власти в Московской парторганизации. Мнение Маленкова было поддержано министрами, которые жаловались Сталину, что Попов постоянно вмешивался в их работу.
Сталин поощрял это соперничество; он понимал, что при этом его власть не пострадает. Кроме того, Сталин сознавал, что борьба за власть внутри его старой гвардии давала ему возможность при первой же необходимости избавиться от них всех. Он всегда мог заменить их молодыми партийными работниками с мест, которые не имели опыта интриг наверху.
Через год после того, как Черчилль в Фултоне, в 1946 году, произнес свою знаменитую речь и «холодная война» началась, немедленно последовало похолодание во всех аспектах советской интеллектуальной жизни, возникли так называемые научные дискуссии в биологии, литературной критике и лингвистике, философии, политэкономии. Обе кремлевские группировки использовали эту кампанию каждая в своих интересах, пытаясь найти идеологические грехи у своих противников. Это было не просто противостояние евреев (космополитов) и правоверных коммунистов; суть кампании, скорее, была в кардинальной перетасовке кадров в научных и творческих кругах в интересах правящей верхушки.
Всем известно «дело биологов»: возникшие в 30-е годы споры по генетике быстро перешли из области науки в область политики. По одну сторону находились всемирно известные биологи, обосновавшие необходимость финансирования дальнейших исследований по генетике. Им противостояла группа карьеристов в науке, возглавляемая Трофимом Лысенко, который спекулировал марксистской идеологией. Он представил правительству картину бесперебойного снабжения продовольствием на основе достижений марксистской биологии, обещал через десять лет начало новой эры изобилия, открыто боролся против генетиков, утверждая, что они ставят палки в колеса прогресса.
Его обещания оказались блефом. Начались новые дебаты, статьи в научных журналах критиковали Лысенко и его последователей. Выдающиеся ученые писали в ЦК, вскрывая серьезные ошибки кремлевского биолога.