Противниками Аполлинария и представителями другого течения в христологии стали Диодор Тарсийский и Феодор Мопсуэстийский, учившие о сосуществовании во Христе двух отдельных самостоятельных природ, которые соотносятся следующим образом: Бог Логос вселился в человека Иисуса, Которого Он избрал и помазал, с Которым «соприкоснулся» и «сжился». Соединение человечества с Божеством, согласно Феодору и Диодору, было не абсолютным, а относительным: Логос жил в Иисусе как в храме. Земная жизнь Иисуса, по Феодору, есть жизнь человека в соприкосновении с Логосом. «Бог от вечности предвидел высоконравственную жизнь Иисуса и ввиду этого избрал Его органом и храмом Своего Божества». Поначалу, в момент рождения, это соприкосновение было неполным, но по мере духовного возрастания и нравственного совершенствования Иисуса оно становилось полнее. Окончательное обожествление человеческой природы Христа произошло уже после Его искупительного подвига.[114]
В V веке ученик Феодора Несторий, патриарх Константинопольский, вслед за своим учителем сделал резкое различие между двумя природами во Христе, отделив Господа от «образа раба», храм от «живущего в нем», Вседержителя Бога от «споклоняемого человека». Несторий предпочитал называть Пресвятую Деву Марию Христородицей, а не Богородицей на основании того, что «Мария не родила Божество». Волнения в народе по поводу термина «Богородица» (народ не хотел отказываться от этого освященного традицией именования Святой Девы), а также острая критика несторианства святым Кириллом Александрийским привели к созыву в 431 году в Ефесе III Вселенского Собора, сформулировавшего (хотя и не окончательно) учение Церкви о Богочеловеке.
Ефесский собор говорил о Христе преимущественно в терминологии святителя Кирилла, говорившего не о «соприкосновении», а о «соединении» двух природ во Христе. В воплощении Бог усвоил Себе человеческую природу, оставшись при этом Тем, Кем был: то есть будучи совершенным и всецелым Богом, Он стал полноценным человеком. В противовес Феодору и Несторию святой Кирилл постоянно подчеркивал, что Христос – одна нераздельная личность, одна ипостась. Таким образом, отказ от термина «Богородица» означает отрицание тайны боговоплощения, потому что Бог Слово и человек Иисус – одно и то же Лицо: «Мы научены от Божественного Писания и святых отцов исповедовать Одного Сына, Христа и Господа, то есть Слово от Бога Отца, Рожденное от Него прежде веков, образом неизреченным и подобающим только Богу, и Его же в последние времена нас ради Рожденного от Святой Девы по плоти, и так как она родила Бога Вочеловечевшегося и Воплотившегося, то именуем ее Богородицей. Один есть Сын, Один Господь Иисус Христос и до воплощения, и после. Не было двух различных сынов: одного Слова от Бога Отца, а другого – от Святой Девы. Но веруем, что Тот же Самый предвечный и по плоти от Девы рожден».[115]
Настаивая на единстве личности Христа, святой Кирилл употреблял и сомнительную формулу Аполлинария «одна природа Бога Слова воплотившаяся», думая, что эта формула принадлежит святому Афанасию Александрийскому. Святитель Кирилл, в отличие от предшествовавших ему по времени Каппадокийцев, употреблял термин «природа»Новая волна христологических споров середины V в. была связана с именами Диоскора, преемника святителя Кирилла на Александрийской кафедре, и столичного архимандрита Евтихия. Они говорили о полном «слиянии» Божества и человечества в «одну природу Бога Слова воплотившуюся»: формула Аполлинария – Кирилла стала их знаменем. «Бог умер на кресте» – так выражались сторонники Диоскора, отрицая возможность говорить о некоторых действиях Христа как о действиях человека.[116]
Евтихий после долгих уговоров принять учение о двух природах во Христе сказал: «Исповедую, что Господь наш состоял из двух природ до соединения, а после соединения исповедую одну природу».[117]