В середине мая королева вышла замуж за Босвела, а ещё через месяц ее войска без боя капитулировали перед армией, собранной лордами якобы во имя спасения королевы и ее сына. Мария была заключена в замок Лохлевен и здесь под давлением лордов 24 июля отреклась от престола в пользу Якова. Регентом стал спешно вернувшийся в Шотландию Мерей. В случае его отказа предполагалось, что этот пост займет Мортон.
Коалиция лордов быстро распалась. Часть из них (Гамильтоны, Хентли, Арджил) были недовольны переходом власти в руки Мерея. Они приняли сторону Марии, которая 2 мая 1568 года бежала из Лохлевена. За несколько дней вокруг нее собралась значительная армия в 5 или 6 тысяч человек. Однако эта армия 13 мая потерпела полное поражение при Лэнгсайде близ Глазго. 16 мая Мария Стюарт приняла роковое решение — перешла на территорию Англии и отдалась под покровительство Елизаветы.
Елизавета быстро превратила свою «дорогую сестру» в пленницу, находившуюся в почетном заключении, которое, впрочем, постепенно становилось все менее почетным. Задачей английской дипломатии было обеспечить согласие сторон — шотландской королевы и регента Мерея — на разбор их притязаний комиссией, назначенной Елизаветой. Для этого в ход пускались и скрытые угрозы, и обещания. Каждая сторона желала знать, какие выгоды последуют из благоприятного для нее решения комиссии — помощь Марии в восстановлении на престол или, напротив, признание Англией правительства регента? Шли споры и о том, должна ли Елизавета персонально возглавить комиссию, а Мария — лично присутствовать при разборе дела. В конечном счете и на предварительных переговорах летом 1568 года, и на последующих заседаниях комиссии в Йорке, а позднее в Вестминстере в Лондоне в эти вопросы так и не было внесено ясности. Это привело к отзыву Марией ее представителей.
Главным козырем Мерея стали знаменитые «письма из ларца» — письма королевы Босвелу. Стоит отметить, что комиссии письма были представлены 7 и 8 декабря 1568 года, то есть уже после того, как уполномоченные Марии Стюарт — епископ Росский Джон Лесли и др. — покинули конференцию. Из лиц, присутствовавших, согласно официальной версии ранее, при вскрытии ларца 21 июня 1567 года, в Вестминстере находились двое — Мортон и Мейтленд. Подлинность документов могла быть засвидетельствована лишь ими двумя. Поскольку комиссия не являлась формально судебным органом, не были применены и обычные методы судебного следствия. Не было ни вызовов свидетелей, ни перекрестного допроса. Правда, комиссия получила — вероятно, несколько позднее — протокол суда над слугами Босве-ла — Хеем, Хепберном, Лоури и Дэлглейшем, казненными за участие в убийстве Дарнлея. Но сами свидетели были уже мертвы.
По утверждению лордов — врагов Марии и сторонников регента Мерея, ларец был захвачен 20 или 21 июня 1567 года у слуги графа Босвела Джорджа Дэлглейша, который накануне унес письма из Эдинбургского замка. Ларец — подарок Екатерины Медичи — был украшен лилиями, гербом французского королевского дома Валуа. При вскрытии ларца 21 июня присутствовали лорды Мортон, Map Атолский, Гленкейрн, Хьюм и др., а также высшие сановники страны Мейтленд, Арчибальд Дуглас. Список внушительный, но о нем мы узнаем не из свидетельств этих лиц, а из показаний только одного из них — графа Мортона, будущего регента. Интересно отметить, что через несколько дней после ареста Дэлглейша его подвергли подробному допросу относительно обстоятельств смерти Дарнлея. Не было задано вопросов лишь с ларце и его содержимом. Странное упущение, если считать, что в нем действительно находились письма, на основе которых позднее строились обвинения против Марии Стюарт.
Тем не менее ларец с какими-то письмами, вероятно, действительно был захвачен. О том, что, по слухам, в руках лордов находятся письма Марии Стюарт, уличающие ее в убийстве мужа и незаконной связи с Босвелом, писал в Лондон сэр Николас Трокмортон. В конце июля Мерей, возвращаясь из Франции на родину, сообщил испанскому послу, а также Сесилу, что имеются письма королевы к Босвелу, доказывающие ее соучастие в убийстве Дарнлея. Об этом говорил тогда же и граф Леннокс. Их заявления в некоторых чертах совпадают с содержанием так называемого «алмазного письма» из ларца. В нем королева писала: «Его (Дарнлея. — Б.Ч.) сердце из воска, а мое из алмаза». Однако само «алмазное письмо» куда менее определенно свидетельствует о вине королевы, чем это следует из утверждений Мерея и Леннокса. Ясно, что, если бы существовал более доказательный документ, его не заменили бы на это письмо из ларца. Следовательно, одно из двух: либо заявления Мерея и Леннокса — просто неправильное изложение письма с целью дискредитации Марии, либо же эти утверждения отражают какой-то ранний этап подделки корреспонденции королевы.