В конце XIX в. в дискуссию активно включились немецкие исследователи. Историк Г. Бреслау предлагал считать подлинными часть писем (Гердес Г. История Марии Стюарт. 1885); Г. Гердес (Спорные вопросы истории Марии Стюарт. 1886) выдвинул теорию, что часть одного из писем (№1) была написана Дарнлеем Марии, а часть другого письма (№2) — Марией Мерею. В 1882 году Б. Зепп в книге «Дневник несчастной шотландской королевы Марии Стюарт» высказал предположение, что большинство писем представляют собой перефразировку дневника, который вела Мария. Как подчеркнул в 1886 году немецкий историк О. Карлова (Карлова О. Мнимые письма Марии Стюарт графу Босвелу. Гейдельберг. 1886), по существу подлинность писем удостоверяется лишь свидетельством под присягой Мортона — ярого врага Марии, участника убийства Риччио и заговора против Дарнлея. Его никак нельзя считать незаинтересованным свидетелем. Будущий шотландский регент был человеком небрезгливым в средствах. Так, он предлагал после восстания в английских северных графствах выдать Елизавете за деньги его предводителя графа Нортумберленда, оказавшего Мортону немало услуг, когда тот находился изгнанником в Англии. Письма, представленные шотландскому парламенту, не имели подписи Марии, вопреки позднейшим утверждениям ее врагов. При разборе дела королевы в Англии оригиналы писем были показаны членам английского тайного совета, которые, сравнив их с другими, несомненно написанными королевой, признали их аутентичность. По мнению О. Карлова, подделку, вероятно, осуществили лорды Мортон, Мерей и Леннокс — отец Дарнлея, возможно, с участием секретаря Мерея Джона Вудса. Мейтленд был в курсе всей этой махинации. Основу «писем из ларца», возможно, составляли какие-то письма и заметки Марии Стюарт, захваченные у нее или другим путем попавшие в руки ее врагов, а также письма Дарнлея к королеве.
Приводились и самые различные доводы в пользу аутентичности писем — вплоть до ссылок Юма и Робертсона на то, что эти бумаги не вызвали сомнения у шотландского парламента или комиссии, назначенной Елизаветой. А. Петрик в книге «Письма королевы Марии Стюарт графу Босвелу» (вышедшей в 1873 году на немецком языке в Петербурге), защищая версию о подложности писем, тем не менее приводит и аргументы в пользу их подлинности: отказ посла Марии Стюарт Лесли, епископа Росского, сравнивать подписи королевы, содержание писем, в которых — будь они фальсификацией — находилось бы больше фактов, призванных свидетельствовать о ее виновности, стиль писем, с трудом поддающийся подделке, упоминание различных побочных обстоятельств и тайных переговоров, которые действительно имели место, и т.д. Одно из наиболее веских доказательств в пользу подлинности писем, полагал Т.Гендерсон в книге «Письма из ларца и Мария, королева Шотландии» (Лондон, 1889), — это молчание, которое хранили о них сама Мария Стюарт и ее сторонники. Во время следствия в Англии Мария в конце концов заняла позицию отрицания, но ведь она не признавала позднее подлинность и других написанных ею писем.
Возможно еще одно решение загадки. Допустим, что письма подлинные, но действительно ли это письма Марии Стюарт, а не какой-либо другой женщины, авторство которых лорды приписали королеве (все равно — зная или не зная, что совершают подлог)? Более того, может быть, письма, копии которых были представлены комиссии, назначенной Елизаветой, даже принадлежат нескольким лицам, в числе которых была и сама шотландская королева? А поскольку отношения между Марией Стюарт и Босвелом, ее роль в убийстве Дарнлея нам известны прежде всего на основании «писем из ларца», то, если они, хотя бы частично, написаны другими людьми или обращены к другим адресатам, вся эта история предстанет совсем в ином свете.
Подробный анализ содержания писем заставляет усомниться в том, что их мог написать один и тот же человек. Английский посол Рэндолф утверждал, что у Босвела была «другая жена» во Франции. Не исключено, что часть писем исходила от нее. Добавим, что возможным кандидатом на роль подлинного автора писем является и норвежка Анна Трондсен, с которой Босвел был обручен, если не обвенчан. Ее почерк не напоминал почерк королевы, но письма Трондсен могли быть переписаны. Женой Мейтленда была Мария Флеминг, фрейлина Марии Стюарт, воспитывавшаяся вместе с королевой во Франции. Подпись Марии Флеминг — сохранились ее образцы — почти не отличима от подписи королевы. При отсутствии оригиналов «писем из ларца» — судьба их осталась неизвестной — вряд ли вопрос о подлинности получит когда-либо однозначное решение…
Но вернемся к заседаниям комиссии, разбиравшей спор шотландской королевы с лордами. Даже после представления «писем из ларца» Мария Стюарт отнюдь не считала свою партию проигранной. Она могла вступить в новый брак, который, возможно, принес бы ее избраннику шотландскую корону. Перед этим соблазном не устоял один из членов комиссии, могущественный герцог Норфолк.