12 августа 1919 года Миллер созвал совещание командиров полков и отрядов для обсуждения складывающейся ситуации. Были рассмотрены все доводы за и против эвакуации, и совещавшиеся пришли к общему согласию о том, что с концом навигации, пути к возможному отступлению из северных портов будут отрезаны из-за замерзающего Белого моря. Самостоятельно выйти в море, используя тоннаж имеющегося русского флота, также не представлялось возможным: сказывалось отсутствие угля. Все эти доводы говорили в пользу эвакуации с помощью союзников. В довершение, и более всего, ни один из командиров полка не мог поручиться за находившихся в его подчинении солдат, пораженных разлагающей большевистской пропагандой, почти уверенные в том, что в любой момент может начаться новый мятеж или какая-нибудь часть откроет противнику фронт. Штаб Миллера все же настаивал на том, чтобы остаться. Успех прошедшей Двинской операции вселял некоторую надежду, что большевики не осмелятся предпринимать новых наступательных операций, пережив недавнее сокрушительное поражение. Часть чинов штаба высказала свои соображения о том, что оставление северных территорий с населением, не ведавшим в полной мере последствия воцарения большевизма, станет крайне негуманным актом по отношению к не ведающим, что творят, обывателям.
Как следствие этого, совещание приняло резолюцию отказаться от предложения британцев и защищать русский Север всеми имеющимися силами и средствами. Решение это принималось и в надежде на то, что «московская директива» Деникина на юге, готовящийся удар на Петроград Юденича и перегруппировка колчаковских войск для контрудара под Челябинском еще получат свое положительное развитие и бросить северный участок кольца, сдерживающего рвущуюся из центральных губерний гидру большевизма будет очень некстати. О решении было доведено до сведения Роулинсона и его штаба. Британцы пытались уговаривать Миллера пересмотреть пагубное для него и армии решение, но Главнокомандующий сообщил союзникам, что готовится новое наступление на фронте и он не видит причины оставлять армию и население в тылу в преддверье возможного перелома в позиционной войне с большевизмом.
1 сентября 1919 года Северная армия повела планируемое наступление на большевиков, отбив г. Онегу и взяв в плен свыше 7 тысяч пленных красноармейцев. Отчасти этот успех был предрешен отсутствием у большевиков опасений за свой Северный фронт, откуда накануне были сняты и переброшены войска под Петроград, отчасти тем, что северный участок фронта, по мнению большевистских стратегов, не угрожал пока жизненно их важным районам. Для Северного фронта большевиками была лишь усилена пропагандистская работа, направленная на создание у противника пораженческих настроений и комплекса собственной незначительности, а в феврале 1920-го, когда у красного командования появились необходимые для этого силы, было принято решение покончить с Северным фронтом Миллера. Словно предчувствуя это, штаб Миллера начал разработку планов отхода сил на Мурманск.
Слухи о готовящемся отъезде британских сил по-разному отозвались в русском обществе, усилив антиправительственную агитацию всех левых сил и породив череду нападок на работу правительства Миллера. В ответ Главнокомандующий предпринял энергичные меры по высылке неблагонадежных элементов. Арестовал и выслал на Печору пресловутый Стачечный комитет, подверг высылке на остров в акватории Баренцева моря до полутора тысяч осужденных за административные и уголовные правонарушения. Вместо уходящих британских охранных отрядов было создано земское ополчение численностью в 2 тысячи человек для несения охранной службы.
Британская миссия помещала объявления об отходе каждого своего транспорта с приглашением всех желающих к отъезду, однако число отъезжающих было по-прежнему незначительным. Отбывали те, кому позволяло материальное положение, или те, кто имел хорошие родственные связи в Прибалтике или на Западе. Большая часть населения оставалась на месте, чаще всего из-за отсутствия достаточных средств или той неизвестности, которая ждала русских за границей.
Отбывающие британцы неожиданно для русских соратников начали уничтожение боевой техники. Сжигались немногочисленные аэропланы, склады с обмундированием и продовольствием. Подрывались бронеавтомобили и выводились из строя орудия. На запрос штаба Миллера британское командование отвечало, что предпринимает означенные меры для предотвращения попадания материальных ценностей в руки большевиков, чей приход в Архангельск теперь лишь вопрос времени. На предложение передать подготовленные к уничтожению активы в Северную армию британское командование отвечало, что в свое время уже передало таковое генералу Марушевскому в необходимых количествах.
В ночь на 27 сентября 1919 года из порта в Архангельске ушли последние британские транспорты. В городе, на случай ожидавшихся беспорядков, было введено осадное положение. Однако все оставалось внешне спокойным, и к середине октября 1919 года осадное положение было отменено.