На основании показаний свидетелей общественный обвинитель нового Трибунала Жюдиси составил 4 жерминаля новый обвинительный акт против Фукье и 29 его сообщников. Он в целом повторял уже выдвинутые ранее обвинения. 8 жерминаля в том же зале, где Фукье выступал столько раз обвинителем, начался его процесс совместно с еще 23 бывшими судьями и присяжными Трибунала (шестеро обвиняемых скрывались от термидорианской юстиции). Судья и присяжные, прибывшие из провинции, были настроены явно против революционного правительства и террора в период якобинской диктатуры. Суд демонстративно, для контраста с действиями прежнего Революционного трибунала, тщательно проверил все пункты обвинительного заключения. Подсудимым было разрешено иметь адвокатов, были вызваны 419 свидетелей. Суд длился долго — целый месяц и девять дней (от 8 жерминаля до 17 флореаля).
Процесс был заполнен острыми стычками между представителями обвинения и Фукье, который не раз разражался гневными выкриками и взрывами ярости, попытками, как в былые дни, подавить волю свидетелей. Однако в целом линия зашиты Фукье была заранее обречена на неудачу, и не только из-за заведомой враждебности судей и присяжных. Общественный обвинитель не рискнул сказать ни слова, которое звучало бы как оправдание террора, столь усердно проводившегося им на его посту. Поэтому зашита Фукье сводилась к утверждению, что он был лишь исполнителем приказов правительства — Комитетов, назначенных Конвентом, что это являлось его «служебным долгом», а также к попыткам оспорить факты, доказывающие, что он нередко выходил за пределы этого «долга». Фукье старался отрицать свою роль в казни отдельных, пользовавшихся известностью и симпатиями людей, против которых вообще не было выдвинуто никаких конкретных обвинений. Однако документы уличали его в том, что он не только не пытался спасти этих лиц, а, напротив, всячески способствовал их гибели. Часто он отрицал совершенно очевидное — даже собственную подпись на незаполненных бланках со смертным приговором, твердил, что заказывал телеги для осужденных еще до начала заседания только потому, что в Париже испытывается недостаток в фургонах. В заключительном слове Фукье снова возложил всю вину на прежних членов комитетов — уже отправленных в ссылку Барера, Бийо-Варенна, Колло д’Эрбуа и других, находившихся в тюрьмах. В их отсутствие он, Фукье, был представлен «главой заговора, о котором никогда ничего не знал». Его сделали-де козлом отпущения.
17 флореаля (6 мая) Трибунал приговорил к смерти Фукье и еще пятнадцать обвиняемых, в том числе прежнего председателя Революционного трибунала Германа и судью Селье. Осужденные просили казнить их в тот же день, но было уже слишком поздно. Фукье-Тенвиль оставил записку: «Мне не в чем себя упрекнуть. Я всегда подчинялся законам. Я никогда не был креатурой ни Робеспьера, ни Сен-Жюста. Напротив, четыре раза я находился на грани ареста. Я умираю за свою родину без упреков и удовлетворенным, позднее признают мою невиновность».
В работах, авторы которых пытались опровергнуть «термидорианскую легенду» о Фукье, приводились его письма к жене, которые рисуют жестокого прокурора преданным супругом и отцом семейства, письма к нему как общественному обвинителю, письма-просьбы за родных и близких, друзей, выражающие уверенность в его беспристрастии, в том, что он не покарает невиновных. (Стоит ли эту уверенность, выражавшуюся в разгар террора, принимать за чистую монету?) Предпринимались изыскания с целью доказать, что вовсе не Фукье-Тенвилю принадлежала мысль воздвигнуть в зале заседания Революционного трибунала платформы, на которых было бы возможно разместить одновременно 150 подсудимых, что, мол, эта идея принадлежала председателю Трибунала Дюма и что платформы вдобавок были разрушены почти сразу после их сооружения. (Доказательствами считаются письменные показания Фукье-Тенвиля, когда он сам сидел в тюрьме, ожидая неминуемых суда и казни…)
Большего внимания заслуживают отдельные свидетельские показания, поскольку они никак не могли быть продиктованы желанием угодить судьям, крайне враждебным Фукье. Вдова буфетчика Трибунала заявила о Фукье: «Он облегчал положение несчастных заключенных». Бывший секретарь отдела прокуратуры Революционного трибунала В.-Д. Дюшато, занявший в реорганизованном после термидора Трибунале должность судебного исполнителя, показал на процессе: «Я видел Фукье, принимавшего участие и выказывавшего много милосердия в отношении отцов отчаявшихся семей, которые ходатайствовали за своих детей, арестованных за какие-то сказанные ими слова». Показание члена Конвента Мартеля: «Я видел Фукье действующим в соответствии с принципами справедливости и гуманности. Я поддерживал связи с ним, чтобы спасти жизнь невиновных».