Под влиянием Колиньи — хотя в Королевском совете он один стоял за войну — Карл IX разрешил отправить 5-тысячный отряд французских протестантов под командой графа де Жанлиса в Нидерланды на помощь осажденному испанцами Монсу. Войска герцога Альбы разгромили отряд Жанлиса. Наряду с этим Альба сумел максимально использовать опасения, которые внушали английскому двору французские планы завоевания Южных Нидерландов. Королева Елизавета дала понять Альбе, что она, несмотря на тогдашние союзные отношения с Парижем, никак не собирается содействовать подобным планам. Герцог поспешил довести английский демарш до сведения Екатерины Медичи. В определенном смысле двойная игра английской дипломатии являлась одной из причин Варфоломеевской ночи. Екатерина сочла, что у нее не остается выбора между согласием на заведомо безнадежную войну и устранением Колиньи, который приобретал все большее влияние на Карла IX и подрывал тем самым позиции королевы-матери, правившей страной от имени своего слабовольного и истеричного сына. Давая санкцию на убийство Колиньи, флорентийка, по-видимому, рассчитывала, что гугеноты не останутся в долгу, что ей разом удастся избавиться от руководителей обеих враждующих партий, и, укрепив положение короны как арбитра между ними, она сумеет воспрепятствовать возобновлению религиозных распрей. Именно поэтому королева-мать одновременно с приготовлениями к убийству адмирала форсировала подготовку свадьбы дочери Маргариты с другим руководителем гугенотов — Генрихом Наваррским.
Главные события в жизни Маргариты Валуа были самым непосредственным образом связаны с вековым конфликтом. Намерение выдать ее замуж за еретика Генриха Наваррского могло вызвать только негодование у такого фанатика, как Пий V, а без разрешения папы нельзя было заключить этот брак, противоречивший церковным канонам. Пий V в конце 1571 года писал Карлу IX: «Наш долг повелевает никогда не соглашаться на этот союз, который мы рассматриваем как оскорбление для Господа». Генералу иезуитского ордена было особо поручено убедить Маргариту, что она жертвует спасением души, соглашаясь на такой брак. Взамен римский престол предлагал выдать принцессу замуж за короля Португалии.
Этот план, еще недавно обсуждавшийся в Париже, был отброшен после события, казалось, прямо не затрагивавшего Францию, — после битвы при Лепанто. Крупное поражение оттоманского флота, воздействие которого на ход войны в первое время даже преувеличивалось, побуждало Екатерину Медичи искать примирения с гугенотами для противодействия Филиппу II. Ведь теперь начала казаться близкой возможностью побеги испанского короля над восставшими Нидерландами.
Накануне Варфоломеевской ночи Карл особенно торопился со свадьбой своей сестры, считая, что она, укрепив внутренний мир, развяжет руки для войны против Испании. Между тем неожиданная смерть Пия V в мае 1572 года не внесла изменений в позицию Рима — новый папа Григорий XIII тоже отказывал в разрешении на брак Маргариты Валуа и Генриха Наваррского. Тогда было решено действовать без Рима, благо один из лидеров гугенотов — принц Конде — подал пример, женившись 10 августа на католичке Марии Киевской без всякой санкции римского престола. Екатерина Медичи тоже сочла, что не стоит останавливать дело из-за такой детали, и приказала сфабриковать письмо французского посла в Риме, в котором извещалось о предстоящей скорой присылке папой нужной бумаги. Такая уловка позволила покончить с колебаниями кардинала Бурбона, который и сам был горячим сторонником женитьбы своего племянника на сестре французского короля. После этого уже без особого труда отыскали священника, готового совершить обряд венчания. Свадьбу назначили на 18 августа. Екатерина Медичи 14 августа спешно направила губернатору Лиона де Мандело приказ задерживать до 18 августа всех курьеров, следующих из Италии и в Италию. Королева хотела таким образом воспрепятствовать получению письма Григория XIII, запрещавшего брак, а также помешать папскому нунцию в Париже сообщить папе о предстоящем бракосочетании.