Римский папа Сикст V публично изобразил убийство как святое дело, исполнение воли Провидения. Однако, как мы знаем, Сикст V вовсе не собирался целиком солидаризироваться с испанской политикой, так как не менее других страшился установления гегемонии Габсбургов в Европе.
Перед смертью Генрих III завещал престол Генриху Наваррскому. Унаследовав трон, Генрих IV мог опираться на гугенотов и часть вельмож-католиков, державших сторону убитого короля. Другая часть королевской партии колебалась и ставила условием признания Генриха Наваррского его переход в католичество.
Между тем в Париже Мендоса явно сам возглавил руководство лигой, обещая ее формальному главе — герцогу Майеннскому всяческую помощь Испании. Лига провозгласила королем своего кандидата — кардинала Бурбона под именем Карла X. А так как последний находился в плену у своего родственника Генриха Наваррского, он, естественно, не мог ни в какой мере оспаривать действия, совершавшиеся от его имени под диктовку испанского посла. (Любопытно, что сам мнимый «король» выступал за возведение на трон Генриха Наваррского и рекомендовал ему принять католичество.)
Значительно более тревожным был тот факт, что герцог Майеннский и другие вельможи, в отличие от послушных Мендосе парижских лигеров, стали подумывать о компромиссе с Генрихом, в случае если он откажется от протестантства. Подобные же планы еще ранее возникли у Сикста V, что очень взволновало испанскую дипломатию. 28 февраля 1590 года произошла бурная сцена между папой и испанским послом графом Оливаресом, потребовавшим, чтобы Генрих Наваррский навсегда оставался отлученным от церкви. В ответ раздраженный первосвященник вскричал: «Его величество претендует предписывать нам законы поведения? Пусть остерегается: мы его отлучим от церкви и поднимем против него народы Испании и других стран!». В конце концов конфликт был кое-как улажен, а 27 августа Сикст V скончался. За две недели до смерти он сказал венецианскому послу: «Эти испанцы убивают меня». Он имел в виду, вероятно, жаркие словесные схватки с испанскими дипломатами. Однако эти слова могли иметь и другой смысл; недаром современники подозревали, что Сикст V был отравлен иезуитами не без поощрения со стороны Мадрида. В Париже один священник публично объявил в проповеди, что смерть Сикста — «одно из великих благодеяний и чудес», совершенных Богом для избавления Франции. Новый папа Григорий XIV предпочел следовать курсу мадридской политики.
Летом 1590 года войска Генриха IV осадили Париж — главный опорный пункт лиги. Филипп II, невзирая на то, что он после разгрома армады понес потери и что его армия в Нидерландах была полностью занята борьбой с голландцами, принял решение о новой интервенции. Александру Фарнезе было предписано идти на выручку парижских лигеров, несмотря на угрозу, что голландские «еретики» постараются вести наступление против занятой испанцами южной части Нидерландов.
В конце августа 1590 года армия Александра Пармского повернула на юг и ускоренными маршами двинулась на Париж. Началась открытая вооруженная интервенция Испании в поддержку лиги. Александр Фарнезе в этом походе снова продемонстрировал свой недюжинный талант лучшего полководца того времени. Искусными маневрами он принудил Генриха IV снять осаду Парижа и отступить в Нормандию. Укрепив положение лиги, герцог Пармский поспешил обратно во Фландрию для продолжения борьбы против голландцев.
Лига была спасена от крушения, но положение ее оставалось шатким. Ее «король» в это время умер в плену.
Не сумев взять Париж осадой, Генрих IV прибегнул к более гибкой тактике, пытаясь отрезать все линии связи столицы с внешним миром. Особое значение приобрела борьба за Руан, окруженный армией Генриха в конце 1591 года. Потребовалась новая вооруженная интервенция Испании, чтобы сохранить город для лиги. В марте 1592 года отборные ветераны Александра Пармского сумели обойти осаждавших и войти в Руан. После этого, однако, испанцы снова должны были быстро отступить в Бельгию, а Александр Фарнезе, как уже указывалось, умер в декабре 1592 года от раны, полученной в одном из сражений этой кампании.
Тем временем в Париже испанская дипломатия продолжала лихорадочные усилия, чтобы сохранить свои позиции. В январе 1593 года были собраны делегаты от территорий, находившихся под контролем лиги, которые объявили себя Генеральными штатами Французского королевства. Новый испанский посол Фериа сначала попытался добиться у них отмены салического закона и провозглашения инфанты королевой Франции. Он натолкнулся на решительный отказ, свидетельствовавший о быстром нарастании оппозиции к испанским домогательствам даже среди лигеров. Тогда, сменив тактику, Филипп II поручил Фериа добиваться возведения на престол молодого герцога Карла Гиза и одновременного заключения им брака с испанской инфантой. Это был по существу лишь слегка прикрытый план утверждения полного испанского господства над Францией. Он встретил быстро усиливавшееся сопротивление среди испанской партии, не говоря уже о других группировках лиги.