Арагонцы не соглашались выдать укрывшегося у них Переса, но все же он был схвачен агентами инквизиции. Тогда местные жители подняли восстание, в ходе которого был убит правитель Сарагосы маркиз де Альменора. Бунтовщики требовали перевода бывшего министра из инквизиционной тюрьмы в обычную городскую.
Против восставших были брошены кастильские войска. Инквизиция получила приказ уничтожить Переса, а также Хуана де Луна, верховного судью Арагона и других лиц, оказавших покровительство личному врагу короля. Пересу удалось бежать за границу, но остальные были казнены. Беглеца же казнили заочно, бросив в огонь его портрет.
Испанская корона видела в инквизиции прочный оплот королевской власти, именно поэтому Филипп II заявлял: «Двадцать служащих инквизиции держат мое королевство в покое».
Инквизиция послужила также замечательным орудием борьбы с освободительным движением на захваченных территориях. Так, в Нидерландах все боровшиеся за независимость почему то считались еретиками и на этом основании подпадали под безжалостную юрисдикцию священного трибунала. 25 сентября 1550 года Торквемада издал «кровавый указ» о преследовании еретиков в Нидерландах. Этот документ предписывал наказывать провинившихся на данной территории с максимальной строгостью.
Согласно вышеназванному указу, к еретику-мужчине применялась казнь мечом, женщину живьем закапывали в землю. Такая участь ждала тех, кто не упорствовал в своей ереси, для непреклонных наказание было одно — костер.
Указ строго запрещал судьям каким бы то ни было способом смягчать наказание, запрещены были также всякие просьбы о помиловании. В итоге в Нидерландах были казнены десятки тысяч борцов за независимость.
В XVIII веке испанская инквизиция была значительно ослаблена, но все еще продолжала представлять собой грозную силу. В это время в Испании был запрещен орден иезуитов, но инквизиция продолжала существовать. Главной функцией священного трибунала стало подавление всяких новых веяний, проникавших в страну из других государств. Хотя костры зажигали не так часто, как прежде, обвиненные в ереси все еще могли, пройдя все круги ада в застенках, превратиться затем в груду пепла.
Когда французские войска вторглись в Испанию, Супрема с целью самосохранения выступила в поддержку завоевателей. Антифранцузское восстание 1808 года было осуждено инквизицией, но оказалось, что захватчики предпочитали обходиться своими силами, не прибегая к местному аппарату террора. Взяв Мадрид, Наполеон I упразднил инквизицию и конфисковал ее имущество.
После восстановления монархии испанский король Фердинанд VII восстановил в 1814 году также и инквизицию. В последние десятилетия своего существования священный трибунал продолжал вершить «правосудие» в Испании и казнить «виновных». Трибуналы только сменили вывеску, в это время они назывались хунтами по делам веры. Однако от изменения названия методы этих судилищ не стали более гуманными.
Хунты провели два последних аутодафе в истории испанской инквизиции. Первая расправа произошла 7 марта 1826 года. Жертвой палачей был масон Антонио Каро, отлученный от католической церкви. Его повесили, после чего тело четвертовали.
Второе и последнее аутодафе было проведено над школьным учителем Каэтано Риполем 26 июля того же года. Он был участником освободительной войны испанцев против французов. В ходе военных действий он попал в плен, где и находился вплоть до свержения Наполеона. По возвращении в Испанию Риполь открыл свою школу.
Вскоре учитель был арестован инквизиторами и обвинен в том, что преподавание в его школе не отличалось лояльностью к Римской церкви. Ученики Риполя не ходили в церковь, не причащались, не исповедовались и не молились. Обвиняемый держался храбро, — он прямо сказал, что не относит себя к католикам, хотя и верует в Бога, а поэтому не считает себя подсудным священному трибуналу.
Стойкий еретик два года провел в застенках инквизиции, но мучители так и не смогли добиться от него отречения от своих взглядов. Тогда дело было передано светской власти, и «упорствующий и злобствующий еретик» по приговору королевского суда был повешен, после чего был совершен акт символического сожжения.
Тело учителя поместили в кадку, размалеванную красными разводами, изображавшими языки пламени. Это подобие инквизиционного костра, или геенны огненной, было погребено на неосвещенной земле.
Даже этот отблеск костров, нарисованный краской на стенках погребального сосуда, поднял волну протеста по всей Европе. Испанский король оказался вынужден объявить о роспуске хунт, однако формально инквизиционные трибуналы еще существовали и прекратили существование только 15 июля 1834 года, после смерти Фердинанда VII.
«Охота на ведьм»