Наибольшее усердие инквизиторы проявили в охоте за спиритуалами-фратичелли. Но недовольные существующими в церкви порядками продолжали организовывать общества, подобные братству нищенствующих монахов. Так, в XIII–XIV веках серьезную угрозу католицизму представляли гиллельмиты и дольчинисты (апостольские братья), развившие бурную деятельность на территории Италии.
Инквизиция серьезно взялась за истребление апостольских братьев. Поначалу основатель секты Герардо Сегарелли был осужден священным трибуналом на тюремное заключение, но после того, как инквизиторы поняли, что созданная им ересь очень живуча и трудно поддается искоренению, дело Сегарелли было пересмотрено. Еретика приговорили к сожжению на костре.
Инквизиторы окутали мифами казнь ересиарха, с тем чтобы представить проповедника апостольского образа жизни слугой дьявола. Согласно хронике церковного автора, осужденный, когда палачи разводили огонь, воззвал к демону Асмодею, после чего костер погас. Усилия инквизиторов долго были тщетными, поскольку демон защищал еретика. Некий находчивый инквизитор спас положение, принеся к месту казни гостию. Перед «телом Христа» Асмодей оказался бессилен, и палачам наконец удалось привести приговор в исполнение.
На самом деле казни Сегарелли сопутствовали народные волнения. Возмущенные горожане разгромили дворец инквизиции в Парме. Сожжением основателя еретического учения инквизиторы ничего не добились— апостольское братство возглавил Дольчино, ученик Сегарелли. Северные провинции Италии охватило крестьянское восстание. Папа Климент V в течение семи лет, с 1300 по 1307 год, организовал против дольчинистов три Крестовых похода.
23 марта 1307 года апостольские братья были разгромлены. Захваченные в плен, в том числе и руководитель движения Дольчино, были переданы в руки инквизиции. После долгих и изощренных пыток он и его ближайшие сподвижники Маргарита и Лонджино Каттанео были казнены. Маргариту сожгли на костре, Дольчино и Лонджино целый день возили по городу, по кусочку вырывая раскаленными клещами мясо из их тел.
Апостольские братья были уничтожены, но апостольские идеалы продолжали волновать души людей. Через несколько десятилетий после расправы над дольчинистами в Ассизе появилась секта Духа свободы. Особенно много ее последователей было среди францисканцев. Один из наиболее деятельных сектантов, Доменико Сава из Асколи, написал целый ряд богословских трактатов, излагавших и обосновывавших новое учение.
Доменико Сава был схвачен и брошен в застенки инквизиции. Пытками инквизиторы добились от него отречения от своих взглядов. Тем не менее Доменико не смог спастись; видя, что секта становится все сильнее инквизиторы в 1344 году обвинили его повторно и отправили на костер как еретика-рецидивиста. Все его сочинения также были преданы огню.
Особенно острая борьба официальной церкви с фратичелли происходила в годы «авиньонского пленения пап» (1309–1377), когда французский король Филипп IV добился того, что папская резиденция была перенесена во Францию, в Авиньон. В это время папская власть практически не распространялась за пределы Франции.
Фратичелли в это время представляли собой значительную силу. Им покровительствовал император Людовик Баварский, силой присвоивший себе корону. Император вел борьбу с Папой Иоанном XXII и опирался в этом на еретиков, остро критиковавших апостольский престол.
В противовес ересям, проповедовавшим апостольскую бедность, папа издал буллу, в которой утверждал, будто Христос и апостолы обладали имуществом. Император не остался в долгу и издал свой теологический опус, называемый Саксенгаузенским протестом. В этой прокламации Людовик отрицал утверждение, что апостолы владели собственностью, и обвинял понтифика в ереси.
По заказу императора искушенные теологи подробно и со ссылками на мнения крупнейших авторитетов церкви отстаивали позиции Людовика. Богослов Марсилио Падуанский доказывал, что судить или прощать властен лишь Бог, а папа не имеет такого права. Уильям Оккам нашел в словах и действиях понтифика 70 ошибок, которые можно было отнести к ереси.
На территориях, где папа сохранил свою власть — во Франции и Испании — фратичелли становились жертвами инквизиционных процессов. Николай Эймерик выдвинул специальную формулу, которую еретиков заставляли произносить при отречении: «Клянусь, что я верую в своей душе и совести и исповедую, что Иисус Христос и апостолы во время их земной жизни владели имуществом, которое приписывает им Священное Писание, и что они имели право это имущество отдавать, продавать и отчуждать». Тех, у кого язык не поворачивался сказать такое, ждал костер.