Пахтусов верил в успех предприятия и считал, что неплохо подготовился к трудному походу. Однако действительность оказалась сложнее: Арктика есть Арктика! «Новая земля» не сумела дойти даже до восточного побережья архипелага. Командиру пришлось принять решение о первой зимовке на юго–восточном берегу Карских Ворот, в губе Каменка.
До того как наступила настоящая арктическая зима, девять человек команды «Новой земли» отремонтировали найденную промысловую избу. В сентябре губа замерзла, начались сильные морозы. Изба, построенная из сырого плавника, оказалась малоприспособленной для зимовки. Сырой и спертый воздух отрицательно сказался на самочувствии и здоровье зимовщиков. Однако метеорологические наблюдения поблизости от зимовки не прекращались ни на день. Сам Петр Пахтусов ежедневно измерял толщину льда.
Весной, когда начались описные работы побережья, в команде Пахтусова разразилась цинга, от которой, несмотря на строгий гигиенический режим, 3 зимовщика (в том числе боцман Федотов и матрос Подгорский) умерли. Однако летом Пахтусов на небольшой лодке, производя промеры и опись, прошел вдоль восточного берега и открыл несколько бухт и речек. Все они получили имена его современников. На Савиной реке они нашли поморское зимовье из двух промысловых изб. Рядом стоял крест, на котором было вырезано: «Поставлен сей животворящий крест на поклонение православным христианам, зимовщики 12 человек, кормщик Савва Ф…анов на Новой Земле по правую сторону Кусова Носа». На большой поперечине креста была вырезана дата: «ЗСН году июля 9 дня». Последующее изучение надписи показало, что, скорее всего, ее вырезали приверженцы старой православной веры Савва Лошкин в 1742 году.
Вернувшись в зимовье, после недолгих раздумий Пахтусов решил продолжить плавание. Уже 13 августа 1833 года «Новая земля» пришла к Маточкину Шару. К концу лета русские моряки произвели морскую опись юго–восточного побережья Новой Земли и нанесли на карты самые точные на то время очертания здешних берегов.
С наступлением осени маленькая географическая экспедиция вернулась на материк Здесь ее командир составил «Общие замечания о Новой Земле», где дал географическую характеристику побережья, описал их флору и фауну. Одновременно он узнал, что отряд лейтенанта Василия Кротова так и не появился у берегов Енисея. Он просто исчез.
Лишь через год в губе Серебрянка, по другим данным, Митюшиха (западный вход в пролив Маточкин Шар), были найдены остатки разбитого судна бесследно исчезнувшего отряда лейтенанта Василия Кротова. Они были опознаны по окраске каютных переборок, бимсов и скреплению форштевня. Вместо руля была найдена потесь, которая прямо указала, что прежде, до гибели, шхуна потеряла руль, взамен которого команда сделала кормовое весло. К тому же, возможно, Кротов спутал вход в бухту со входом в пролив Маточкин Шар, которые весьма схожи. Но когда ошибка была установлена, то было поздно: «Енисей» был брошен сильным волнением на прибрежные рифы. Но о главной же причине гибели команды «Енисея» и сегодня удалось узнать совсем немного. Разве, что шхуна «Енисей» погибла именно в губе Серебрянка. Но куда делся ее экипаж? Никто того не ведает!
«16 июня воскресенье. В продолжении предшествующих десяти дней рыли мы в земле могилу, для умерших наших товарищей, лежавших по сию пору в забое снега. Работа эта была очень медленна и трудна. При всем старании не могли мы вырыть ямы глубже 3 фут.; так тверда была мерзлая глина. Раскладываемый на ней огонь пособлял мало. Кончив эту работу, переложили мы тела усопших в землю, помолились о них и зарыли. Крест укажет место их покоя и имена». Так в своем дневнике записал прапорщик Моисеев. Этот деревянный крест над братской могилой русских зимовщиков был установлен в губе Мелкой, возле дома экспедиции Августа Цивольки, сохранившегося до 1950–х годов. На кресте была хорошо видна надпись: «Здесь покоится прах н.э.к.ф.ш. Прапорщик Циволька окончил свою жизнь марта 16 дня 1839 года и еще 8 человек умерло во время зимовки от цынготной болезни из служителей. Крест поставил к.ф.ш. прапорщиком Моисеевым».
Жизненный путь друга и соратника лейтенанта Василия Кротова подпоручика корпуса флотских штурманов Петра Пахтусова был ярким, но очень коротким. Он скончался в 36 лет и был похоронен на Соломбальском кладбище в Архангельске. На мраморном его надгробии было высечено: «Поручик корпуса штурманов и кавалер П. К. Пахтусов. Умер 7 ноября 1835 г. от понесенных в походах трудов». Его дело продолжил сослуживец, кондуктор корпуса флотских штурманов Август Циволька. Он родился в 1810 году. После окончания 1–го штурманского полуэкипажа в 1832 году он был произведен в кондукторы Корпуса флотских штурманов.