Следующее письмо показывает раздражение Петра Ромодановским. В Амстердам прибыли к царю волонтеры, среди которых был Яков Вилимович Брюс, еще один из знаменитых сподвижников преобразователя. Брюс приехал с обожженной рукой и отвечал царю, что пострадал от Ромодановского. «Зверь, – написал в раздражении царь князю-кесарю, – долго ль тебе людей жечь? И сюды раненые от вас приехали. Перестань знаться с Ивашкою (Ивашка Хмельницкий – русский вариант Бахуса. –
Затем последовало еще более серьезное негодование на Ромодановского. В Москве началось стрелецкое восстание. Еще в мае Ромодановскому удалось усмирить первые волнения стрельцов, выдав им жалованье и выпроводив из Москвы. Узнав об этом, царь сделал строгое внушение князю-кесарю: «Для чего ты сего дела в розыск не вступил?» Понимая, что растерянность Ромодановского вызвана задержкой почты, он с гневом пенял ему: «А буде думаете, что мы пропали, и для того боясь и в дела не вступаешь… Я не знаю, откуды на вас такой страх бабий!» Однако в конце письма примирительно добавлял: «Пожалуй, не осердись: воистину от болезни сердца писал».
Известие о вооруженном восстании царь получил от Ромодановского лишь спустя месяц после начала событий. «Пишешь… что семя Ивана Михайловича растет, в чем прошу быть вас крепких; а кроме сего, ничем сей огонь угасить не мочно». Вспомнив покойного И. М. Милославского, вдохновителя восстания 1682 г., царь указывал на политические корни нового стрелецкого бунта – царевна Софья и партия противников реформ. Как уже говорилось выше, Петр поспешил в Москву. В Польше царь получил известие о подавлении бунта и замедлил бешеную скорость своей скачки.
По прибытии в Москву радость по поводу подавления стрелецкого восстания сменилась у царя резким недовольством тем, как Шеин и Ромодановский провели расследование. Царь находился в постоянном раздражении и по любому поводу срывался. На пиру у Лефорта он обвинил во взятках Шеина и обнажил шпагу, намереваясь наказать генералиссимуса. Ромодановский, Зотов и Лефорт поспешили на выручку Шеину, и каждому досталось от царя, который «до того разгорячился, что, махая обнаженным мечом во все стороны, привел тут всех пирующих в ужас». Ромодановскому досталось шпагой по пальцам, Зотову – по руке, Лефорта царь «крепко хватил по спине». И только Меншикову удалось смягчить гнев царя.
Царь подозревал, что руководители «розыска» поспешили не случайно, а намеревались утаить от него важную политическую составляющую бунта. Даже Ромодановский попал под это подозрение.
Петр писал князь-кесарю о смерти одного из стрельцов, запытанного до смерти: «И в том, суди тебя Бог, что ты, не боясь его, хочешь воровство это замять». Ромодановский оправдывался, доказывал свою верность и преуспел в этом.
В новом розыске по делу о стрелецком бунте, который возглавил лично царь, Ромодановский был его заместителем. Казнив стрельцов и ужесточив содержание своей сестры Софьи в монастыре, царь принялся за бояр. Началось знаменитое пострижение бород. Среди тех, кто подвергся этой участи, оказался и Ромодановский. В быту князь-кесарь был сторонником прежних обычаев. Узнав, что боярин Ф. А. Головин сменил русское платье на иноземное, он воскликнул: «Не верю я такой глупости и безумству Головина, что он мог пренебречь одеждой родного народа». Теперь и самому Ромодановскому пришлось расстаться с дорогим его сердцу обликом.
Временное неудовольствие царя действиями Ромодановского во время стрелецкого восстания 1698 г. было забыто.
В 1702 г. за Преображенским приказом было закреплено исключительное право ведения следствия по политическим делам. Все представители администрации обязаны были отсылать челобитчиков, сказавших «Государево слово и дело», к князю Федору Юрьевичу Ромодановскому.