Свою отрицательную лепту, и немалую, внесли в разграничительный процесс и служивые Федерального агентства России по рыболовству. Ранее, в советское время, все вопросы, связанные с морским рыболовством и международным сотрудничеством в этой области, находились в ведении Министерства рыбного хозяйства. Была создана продуманная система организации этого важного для отрасли направления, и особенно подготовка кадров – специалистов-международников. При рассмотрении того или иного вопроса в области международного сотрудничества в обязательном порядке привлекались специалисты-практики с бассейнов: начальники промрайонов, капитаны рыбопромысловых, поисковых судов, ученые и другие.
Работа велась в тесном творческом взаимодействии с соответствующими подразделениями Министерства иностранных дел. Кроме того, к этой работе широко привлекались специалисты представительств Минрыбхоза за рубежом. В ряде научно-исследовательских институтов, подчиненных министерству, были специальные отделы, которые осуществляли анализ международного сотрудничества с тем или иным прибрежным государством, и подготавливались рекомендации для отечественных делегаций на переговоры.
Особенно тщательно формировался руководством министерства состав делегаций для ведения переговоров. Случайные, некомпетентные люди отсеивались, несмотря на занимаемые ранги и должности. Велся страновой архив, что позволяло вновь приходящим специалистам ознакомиться со всей историей взаимоотношений с той или иной страной. Все это позволило не только грамотно развивать международные связи в области морского рыболовства, добиваясь впечатляющих результатов, но и сформировать корпус дипломатов-рыбников, с которыми считались не только карьерные дипломаты МИДа, но и зарубежные партнеры. В этом отношении довольно откровенную оценку дал нашим дипломатам-рыбникам экс-посол Норвегии в Москве Пьер Треселт, который неоднократно участвовал в российско-норвежских переговорах по рыболовству. Он, в частности, подчеркнул: «Нет причин сомневаться в компетенции советской рыболовной дипломатии, они ни в каких аспектах не уступают своим западным коллегам».
Действительно, только взвешенная работа дипломатов-рыбников позволила нашему флоту ежегодно добывать в 200-мильных зонах иностранных государств и в открытой части мирового океана до 5,6 млн. т рыбы, что больше, чем современный вылов всей России на 1.6 млн. т. В целом же вылов в советский период составлял 10,4—11,3 млн. т. Определенные успехи были достигнуты и во взаимоотношениях в области рыболовства с соседней Норвегией. Был заключен ряд двухсторонних соглашений, которые позволяли рыбакам России и Норвегии вести промысел по всему Баренцевому морю, несмотря на введенные этими странами 200-мильные зоны. Там же, где не были достигнуты договоренности по разграничению, вводился временный режим рыболовства, который, опять же, не мешал рыбакам вести промысел. Все вопросы, связанные с управлением морскими живыми ресурсами и мерами регулирования рыболовства ежегодно рассматриваются Смешанной российско-норвежской комиссией по рыболовству. Казалось, что такая система, оправдавшаяся на практике, должна сохраниться и в будущем. На этом настаивали и рыбаки Северного бассейна.
Однако с расформированием режимом Ельцина Министерства рыбного хозяйства и последующим созданием постоянно преобразуемых Комитета, Госкомитета, Агентства по рыболовству с ограниченными правами и меняющимися их руководителями, к тому же не профессионалами-рыбниками, привело к резкому снижению уровня работы в области международного сотрудничества.