В 1940 году конструкторским бюро завода № 81 под руководством Л. Курбалы была предпринята попытка создания на базе ББ-22бис пикирующего бомбардировщика «31» БПБ-22. Самолет должен был оборудоваться воздушными тормозами и автоматом вывода из пикирования, предусматривалась возможность нести на наружной подвеске две бомбы ФАБ-250, восемь реактивных снарядов РС-82 и дополнительные топливные баки. 28 декабря 1940 года в очередном испытательном полете самолет потерпел аварию. Поскольку к этому времени уже был создан пикирующий бомбардировщик Пе-2, восстанавливать самолет «31» не стали.
Весной 1941 года были проведены испытания одноместной штурмовой модификации Як-2, оборудованного комбинированной артиллерийско-бомбардировочной батареей КАББ-МВ конструкции Можаровского и Веневидова. Комплекс вооружения в составе двух пушек ШВАК и двух пулеметов ШКАС устанавливался на подвижной раме за кабиной летчика, получившей остекление увеличенной площади для улучшения обзора. Стволы оружия при стрельбе могли опускаться под углом до 30°, благодаря чему цель оставалась в зоне обстрела при горизонтальном полете самолета. Сохранилось и бомбардировочное вооружение Як-2, таким образом установка, названная её создателями «комбайном», позволяла в одном заходе осуществить комбинированный пушечно-бомбовый удар по наземному объекту. Отзывы по испытаниям установки в НИИ ВВС в целом были положительными, однако с началом войны работа по Як-2 КАББ была прекращена.
Несколько позже было выдвинуто предложение установки батареи из двух подвижных в вертикальной плоскости пушек ПТБ-23 и четырех ШКАС на Як-4, но реализовано оно не было.
Уже в середине 1942 года ОКБ Яковлева был построен еще один легкий ночной бомбардировщик, получивший индекс Як-6. Двухмоторный моноплан имел деревянную конструкцию, силовая установка и шасси были позаимствованы от УТ-2. На пяти бомбодержателях под центропланом могли подвешиваться бомбы калибра 50, 100 и 250 кг общим весом до 500 кг. Кроме того, самолет имел грузовую кабину, позволявшую использовать его в качестве транспортного. Для обороны была предусмотрена установка пулемета ШКАС. Машина развивала скорость до 230 км/ч и имела дальность полета 900 км.
Хотя в заключении по итогам испытаний в числе достоинств отмечалось, что «самолет прост в производстве и эксплуатации, дешев, не требует высококачественного горючего», тем не менее было указано, что он «
Однако доводкой самолета с имеющимися двигателями ОКБ заниматься не стало, и выпущенный в количестве 381 экземпляра самолет использовался исключительно в качестве транспортного и связного.
Как бы то ни было, за создание самолета ББ-22 А.С. Яковлев был уже 27 апреля 1939 года удостоен ордена Ленина, премирован автомобилем и немалым денежным вознаграждением, а в январе 1940 года 33-летний инженер стал заместителем наркома авиационной промышленности, оставаясь на этой должности до 1946 года.
Народный комиссар авиационной промышленности СССР А.И. Шахурин позже писал: «
Подобное совмещение должностей вызвало достаточно неоднозначные и резкие оценки деятельности А.С. Яковлева, особенно в современных публикациях. Впрочем, достаточно поводов дал и сам Александр Сергеевич, в частности, в своих мемуарах рассказывал о собственных достижениях, неоднократно сопровождая упоминаниями то о «творческих неудачах Поликарпова», то о якобы сказанных И. Сталиным словах о «старых специалистах, которые нас с авиацией завели в болото»: к кому они могли относиться – к тому же Поликарпову, работавшему над новым истребителем, или Ильюшину и Туполеву, в КБ которых были созданы самолеты, составляющие основу бомбардировочной авиации РККА?
Впрочем, необходимо признать, что вне зависимости от привилегированного положения самого Яковлева обвинения его в «затирании конкурентов» все же в большинстве случаев необоснованны и самолеты, которые не были рекомендованы к серийному производству при участии Яковлева, действительно не обладали требуемыми качествами. Так произошло, в частности, с истребителем конструкции А.С. Москалева, впоследствии крайне негативно отзывавшегося о А. Яковлеве в своих воспоминаниях.