В «Хронике Ниенштедта» было только одно наводящее указание: библиотека помещалась в двух или трех каменных сводчатых подвалах «вблизи царских покоев». И. Е. Забелин не придавал значения разноречиям в тексте рукописей. Говорилось ли в них о подвалах или склепах, то есть подклетах, двух или трехсводчатых, ясно было одно: Иван Грозный хранил свою библиотеку под землей в тщательно спрятанном от посторонних глаз помещении.
Присутствие при осмотре книг Веттерманом царского казначея, также казненного впоследствии Никиты Фуникова, свидетельствовало, по мнению Забелина, о том, что «книгохранительница» состояла в его ведении и находилась где-нибудь на казенном дворе, — так называлось здание, стоявшее возле Благовещенского собора, у его алтаря с южной стороны. Оно соединялось с царскими палатами переходами или сенями. Поэтому и собор назывался «Что на сенях».
К казенному двору, утверждал Забелин, относились также и белокаменные подклеты, на которых был воздвигнут Благовещенский собор. Эти подклеты, по-видимому, имели особое устройство, так как их в то время называли «казнами».
Установив по древним летописям, что до постройки казенного двора царская казна помещалась под одной церковью, своды которой при Иване III внезапно рухнули, Забелин, основываясь на свидетельстве летописца, допускал, что библиотека Ивана Грозного могла помещаться в каком-нибудь сводчатом казенном подклете, расположенном позади средней золотой палаты, недалеко от жилых деревянных царских хором.
Допуская также, что библиотека могла уцелеть при всех пожарах, происходивших до 1570 года, когда книги из нее были показаны Веттерману, Забелин, однако, ставил под сомнение ее сохранность после жесточайшего пожара 1571 года, уничтожившего всю Москву. Тогда «на царском дворце, в каменных палатах, даже и железные связи перегорели и разрушились от огня, а в городе церкви каменные от пожара расседались и люди в каменных церквях и каменных погребах горели и задыхались… Всякое богатство и все добро погорело».
Если библиотека помещалась в казенных подклетах Благовещенского собора или рядом с церковью Святого Лазаря, как предполагал Тремер, она не могла бы уцелеть и, по мнению Забелина, непременно погибла бы от огня.
В качестве веского довода в защиту своего предположения, что библиотека Ивана Грозного сгорела вскоре после осмотра книг Веттерманом, Забелин привел еще один аргумент: о существовании библиотеки не упоминается ни в одном документе, относящемся к более позднему времени. Грозный не имел основания скрывать ее от своего сына, ставшего впоследствии царем, Федора Иоанновича. О ней должен был бы знать и такой просвещенный государственный деятель, каким был патриарх Филарет. Он сам был обладателем ценного собрания рукописей, положившего основу патриаршей библиотеке. Составляя опись царской казны, дьяки не всегда приводили названия находившихся в ней иностранных книг, но обязательно указывали их внешние приметы, так как книги в то время были большой ценностью, а книги царские украшались особенно дорогими переплетами. Могло ли ускользнуть от учета упоминаемое в «списке Дабелова» собрание восьмисот редчайших книг в ценных золотых переплетах?
«Такое количество книг, — утверждал Забелин, — не могло быть потеряно не только из памяти дьяков и казначеев, но и простых дворцовых служителей, близких к царскому книгохранилищу, потому оно не могло быть по небрежности или по забвению закладено и замуровано в каком-нибудь казенном подвале».
Все эти доводы казались убедительными, почти неотразимыми. Но как раз в разгар этих споров один скромный сенатский чиновник, М. Г. Деммини, сообщил Забелину, что, роясь в старых делах правительствующего сената, он нашел в архиве монетной канцелярии пачку документов большой давности, относившихся к началу XVIII века и рассказывавших о многолетних розысках в Кремле подземного сокровища, проводившихся по повелению самого царя Петра.
В декабре 1724 года в Петербург на попутной подводе прикатил из Москвы бывший пономарь московской церкви Рождества Иоанна Предтечи, «что за Преснею», Конон Осипов и подал в канцелярию фискальных дел пространное «доношение», в котором писал:
«Есть в Москве под Кремлем-городом тайник, а в том тайнике есть две палаты, полны наставлены сундуками до стропу (то есть до сводов). А те палаты за великою укрепою; у тех палат двери железные, поперег чепи в кольца проемные, замки вислые, превеликие, печати на проволоке свинцовые, а у тех палат по одному окошку, а в них решетки без затворов.
А ныне, — сообщал пономарь, — тот тайник завален землею, за неведением, как веден ров под Цехаузной двор и тем рвом на тот тайник нашли на своды, и те своды проломаны и, проломавши, насыпали землю накрепко».