Масонство расцветало пышным цветом, но настали и для него черные дни. Новиков томился в Шлиссельбурге, его кружок был рассеян. Явная деятельность масонства почти прекратилась, но слишком глубоко ушли его корни в общественную жизнь, и пламя масонства теплилось едва заметным огоньком. Состоявший при Императоре Павле Петровиче секретарем по морскому ведомству моряк Плещеев, по словам Ростопчина, пользовался большим его доверием и, как масон, расположил было Цесаревича к масонству. Но, как известно, благоволение Императора Павла сказалось не на масонстве, а на мальтийском ордене.
Лишь при Императоре Александре I снова произошло явное возрождение масонства. На старых пепелищах воскрешались старые ложи, присоединяя к старым названиям новые имена. Так было и с ложей Нептуна, которая возобновилась официально 21 октября 1813 года под именем Нептуна в Надежде.
Но справедливо выразился поэт
Еще в 1812 году, работая втайне, члены старой ложи Нептуна, сбрасывая на празднике Иоаннова дня свои великолепные епанчи на руки служащих братьев и расправляя роскошные белые страусовые перья своих шляп, неминуемо задумывались о совершенной замене пурпурных мантий и страусовых перьев более дешевым нарядом, чтобы иметь возможность купить свободу рабам-братьям, свободу человечеству. Блестящий, нарядный, царедворческий век Екатерины и ее вельмож уплывал по реке времен. Наступал тяжелый, разоренный год Отечественной войны. Общество воспрянуло. Общественное самосознание капризной волной исторической судьбы поднялось выше прежнего уровня. Форма уступала духу. Внешность сменялась содержанием. Раздался призыв Эллизена, брата мастера дружественной ложи, о замене
бального наряда удобным затрапезным платьем, призыв к упрощению внешних форм масонства, и ложа Нептуна к Надежде без колебания отринула высшие степени и, вступив в союз Астреи, приняла систему Шредера, где нет очарования пышно романтическими обрядами. Будто из одной крайности ложа Нептуна бросилась в другую. Как раньше, отражая дух времени, она выбрала шведскую систему, так и теперь, следуя за новыми общественными веяниями, она предпочла экстаз аскетизма прискучившим наслаждениям. В числе четырех лож ложа Нептуна к Надежде подписала новую масонскую конституцию «Уложение Великой ложи Астреи», где ярко проводились идеи самоуправления, выборности властей, их ответственности и сменяемости, где, одним словом, были налицо все атрибуты конституционного начала, искусно, впрочем, замаскированные параграфами благонадежными.
Исключив из своих старинных песенников многие песни, пожалуй, большую их половину, масоны в Александровское время сохранили те песни, где ярко приводились идеи братства и равенства, где пелось на разные лады:
В екатерининское время масонская деятельность рельефнее всего проявилась в новиковском кружке, в Москве. Этот кружок много занимался над поднятием грамотности и образованности, над улучшением книжного и журнального дела; книги раздавались даром.
При Александре I масонская деятельность не ограничивалась одним каким-либо кружком. В просветительном движении приняло участие все масонство. Циркулярно предлагалось, например, всем ложам союза Астреи учредить масонские стипендии в Царскосельском лицее. Масонская благотворительность при Александре I составляет целую эпоху в истории русской филантропии. Она вылилась тогда во всевозможные формы. Существовали даже специальные благотворительные масонские организации крупных размеров в виде, например, братского вспомогательного капитала. Каждая ложа в отдельности спешила прийти на помощь бедным братьям, их семьям и всем нуждающимся и страждущим. Так, в протоколе ложи Елизаветы к добродетели, под 5 сентября 1812 г. значится запись о выдаче вспоможения вдове лейтенанта флота Леонтьевой — 60-ти рублей.