Именно ему выпала честь участвовать в реформе, которую пытались, но так и не осуществили розенкрейцеры, стремясь делать образование, веротерпимость и равноправие основой государственного, устройства. Король Фридрих V, который решился на этот шаг, продержался на троне ровно год, а дальше начались годы реакции. Но Ян Коменский оставил любопытнейшие философские труды, воплотить идеи которых досталось уже далеким потомкам.
Как пишет исследователь Кристиан Ребисс, «…начиная с 1645 года, Коменский работает над трудом, ставшим венцом его творчества: «Всеобщие советы по реформе дел человеческих». Главная идея этого труда — необходимость реформы, содействующей установлению эры процветания и мира — подхватывает основную идею розенкрейцерских Манифестов. Работа состоит из семи частей — число, о символике которого нет необходимости говорить. Каждая часть имеет название, префикс которого «пан» подчеркивает идею всеобщности: Панегерсия, Панаутия, Пансофия, Панпедия, Панглоттия, Панортозия, Паннутезия — науки, должные принести человечество к размышлению о его месте в Творении, к созерцанию Вселенского Света и к достижению Вселенской Мудрости, к принятию Всеобщего языке и образованию всех людей… Он предлагает также новое мироустройство, в котором каждая страна будет управляться тремя структурами: Коллегией Света, Консисторией Здоровья и Международным Судом Мира — организациями, предвосхитившими такие крупные международные структуры, как ООН или ЮНЕСКО, которые появились только несколько столетий спустя. Ян Коменский умер, не закончив этого труда, большую часть которого он все-таки успел записать.
Можно сказать, что через личность Коменского розенкрейцерство способствовало установлению нового взгляда на образование. Жюль Мишле (французский историк) называет его «Галилеем образования». Педагог Жан Пиаже, восхищавшийся Коменским, считает его предтечей в области педагогики, психологии, дидактики и отношений между школой и обществом.
В целом, Яну Коменскому воздают должное за его гуманизм. В декабре 1956 года ЮНЕСКО торжественно почтило его заслуги, и на генеральной конференции, организованной по этому случаю, Коменский был представлен одним из первых распространителей идей, которыми вдохновлялась эта организация при его основании.
Как можно констатировать, розенкрейцерские Манифесты не оставили философов равнодушными и сыграли свою, роль в развитии европейской культуры. После этого момента (середина XVII века) эзотерика, философия и наука разделятся на Просвещение и Иллюминизм. Появятся первые главные сообщества, которые надолго станут ведущими в западной эзотерике. Если до сих пор хранители эзотерики составляли скорее течения, чем настоящие организованные движения, то в это время появились посвященческие Ордена, такие как Орден Розы и Креста и Орден франкмасонов, организованные в ложи, в которых стали передаваться посвящения».
Однако Ребисс ошибается: и тамплиеры, и розенкрейцеры, и масоны — все строили Ордена на передаче знания через посвящения, и все эти Ордена были эзотерическими. Только со второй половины XVIII века масонское движение стало более массовым. Это, к сожалению, оказалось и началом его конца.
А знания и тайны в первых масонских сообществах передавались узкому избранному кругу, очень часто — по наследству, от отца к сыну. От того славного времени остался интересный документ — письмо масона к своему сыну, в котором он поясняет, каким должен быть настоящий масон.