По большому счету, структура, во многом схожая с организацией спецслужб у А. И. Деникина — П. Н. Врангеля (на Юге), была и на востоке страны — у адмирала А. В. Колчака, а также на Севере и Северо-Западе у генерала Е. К. Миллера.
Сложившаяся система контрразведывательных органов была малоэффективной, поскольку их первостепенной задачей становилась борьба в политической и финансово-экономической сферах, а борьба с советским и иностранным шпионажем отходила на второй план. Однако радикальных мер по реформированию спецслужб никто из вождей «Белого движения» не предпринял. Приведем здесь слова генерала Деникина из написанной уже в эмиграции книги «Путь русского офицера». «За войсками шла контрразведка, — писал он, — Никогда еще этот институт не получал такого широкого применения, как в минувший период Гражданской войны. Его создавали у себя не только высшие штабы, военные губернаторы. Почти каждая воинская часть, политические организации, Донское, Кубанское и Терское правительства, наконец, даже отдел пропаганды… Это было какое-то поветрие, болезненная мания, созданная разлитым по стране взаимным недоверием, подозрительностью».
Чтобы можно было сопоставить организацию и деятельность большевистских органов безопасности с тем, что происходило у «белых», приведем еще одно свидетельство — это отрывок из секретного доклада Деникину: «По-видимому, каждый администратор, занимающий даже второстепенную должность и имеющий контроль над секретными суммами денег, создает свою собственную контрразведку. Функции этих контрразведок чрезвычайно разнообразны. Мешая друг другу, все эти учреждения препятствуют порядку и процветанию. Они подрывают авторитет как власти, так и военных». Бессудные репрессии, вплоть до расстрелов и повешений, включая и групповые, были обычным делом. Достаточно вспомнить массовые казни в Екатеринославе, Николаеве и в Крыму, произведенные контрразведкой белогвардейского корпуса по прямому указанию его командира генерала — Я. А. Слащева.
Отсутствие эффективного контроля за работой контрразведки приводило к беззаконию и коррупции, происходившим на уровне низовых структур. Однако самые большие недостатки имели место в практике подбора кадров контрразведки. Большинство сотрудников деникинских спецслужб не имели соответствующего образования и опыта работы с агентурой, а также устойчивых моральных принципов. Многие шли в контрразведку с целью наживы.
Отсутствие системы подбора кадров, коррупция во всех эшелонах власти способствовали проникновению в белогвардейские спецслужбы авантюристов, мошенников, промышлявших шпионажем личностей, зачастую являвшихся агентами нескольких спецслужб. Это многократно отмечал в своих мемуарах генерал Деникин.
В январе–апреле 1920 г. в результате стратегической наступательной операции, успешно проведенной Кавказским фронтом, ВСЮР были окончательно разгромлены, а их главком бежал за границу.
Примерно в это же время на Востоке России, начиная с августа 1918 г., происходил процесс объединения всех антибольшевистских сил и воинских формирований, завершившийся 24 сентября созданием правительства сторонников Учредительного собрания — Всероссийского Временного правительства. С объединением вооруженных сил началась реорганизация системы военного управления, в т. ч. спецслужб, которая в итоге была построена по образцу и подобию царской армии. Во главе стояла Ставка Верховного Главнокомандующего и его рабочий орган — штаб Ставки — для управления всеми частями и соединениями Сибирской и Народной армий. В ноябре в управлении первого генерал-квартирмейстера было образовано контрразведывательное отделение.
Однако к концу 1918 г. ситуация на Восточном фронте складывалась не в пользу противников новой власти. Их войска оставили Ижевск и готовились к обороне по Уральскому хребту. Большевики собирали силы для удара по северному флангу. Спасти критическое положение демократическая власть оказалась не в состоянии. 18 ноября 1918 г. в Омске произошел переворот, в результате которого адмирал А. В. Колчак отстранил от власти «Уфимскую директорию» и установил военную диктатуру в Сибири. Он был провозглашен Верховным правителем Российского государства и Верховным главнокомандующим всеми сухопутными и морскими вооруженными силами России.
В 1919 г. органы контрразведки и военного контроля адмирала Колчака подвергались структурным реорганизациям несколько раз. Но каждый раз органам военной контрразведки вменялось в обязанность следить за военнослужащими, а службам военного контроля (фактически являвшимися политической полицией) — за гражданскими лицами. Такое разделение функций объяснялось Гражданской войной и намерением в будущем ограничить работу контрразведки только борьбой со шпионажем, а военный контроль, обеспечивающий порядок и общественное спокойствие, передать органам внутренних дел.