20 июня ВЦИК наделил чекистские органы в местностях, объявленных на военном положении, правом на непосредственную расправу (вплоть до расстрела). Ею карали за принадлежность к контрреволюционной организации и участие в заговоре против Советской власти; государственную измену и шпионаж; укрывательство изменников и шпионов; сокрытие в контрреволюционных целях оружия; подделку денежных знаков; подлог в контрреволюционных целях; организацию поджогов и взрывов; умышленное истребление или повреждение железнодорожных путей, мостов и других сооружений, телеграфного сообщения, воинских и продовольственных складов; бандитизм (участие в шайке, созданной для убийств, разбоя и грабежей), разбой и вооруженный грабеж; торговлю кокаином. 26 сентября 1919 г., в связи с гибелью и ранениями большой группы активистов московской большевистской организации при взрыве партийного клуба в Леонтьевском переулке, (организаторами которого были анархисты подполья) ЦК РКП(б) постановил: «...не объявляя официально массовый красный террор, поручить ВЧК фактически его провести».
Таким образом, исходя из решений ЦК РКП(б), Всероссийская ЧК вновь получила право расстрелов. Однако, разгром Красной Армией основных сил контрреволюции в конце 1919 г. вновь изменил баланс настроений в партийном руководстве. 13 января 1920 г. Политбюро ЦК РКП(б) постановило лишить ВЧК права применять высшую меру наказания.
17 января 1920 г. ВЦИК и СНК в соответствии с директивой Политбюро ЦК РКП(б) приняли важное для чекистов постановление об отмене смертной казни по приговорам ВЧК и ее местных органов, а также ревтрибуналов. Но в декрете указывалось, что в случае нового нападения империалистов, Советское правительство будет вынуждено ввести ее вновь.
Вскоре это произошло. 12 мая 1920 г. советскому государству пришлось предоставить ВЧК право расстрелов в связи с началом советско-польской войны. В стране было объявлено военное положение, а 28 мая ВЦИК и Совет труда и обороны особым декретом предоставили ВЧК и ее органам чрезвычайные права по применению внесудебных репрессий в отношении всех преступлений, направленных против военной безопасности страны, и ввели применение смертной казни.
После окончания гражданской войны на юге страны, исхода остатков армии барона Врангеля из Крыма и фактическим завершением войны с Польшей руководство ВЧК само поставило вопрос о значительном сокращении чрезвычайных полномочий чекистского ведомства. На совещании 13 января 1921 г., на котором председательствовал Дзержинский и приняли участие руководители наркомата юстиции, Революционного военного трибунала Республики и профсоюзные лидеры, первый вопрос был сформулирован следующим образом: «Об изменении тюремной и карательной политики ВЧК и других судебных органов». Естественно, что речь шла о смягчении карательной политики вообще и лишении ВЧК права внесудебной расправы, в частности. Предусматривалась процедура пересмотра уголовных дел периода гражданской войны, по которым проходили в качестве фигурантов лица пролетарского и крестьянского происхождения. Безусловно, что решения совещания подлежали утверждению Совнаркомом и в ЦК РКП(б). В этот же день Председатель ВЧК направил письмо Ленину с предложением изменить карательную политику на «хозяйственном фронте». Приведем важную, на наш взгляд, цитату из данного документа. «После прекращения боевых действий на внешних фронтах, — писал Дзержинский, — ВЧК сама поставила в порядок дня вопросы о применении высшей меры наказания, о сокращении судебных функций ЧК, вообще о регулировании карательной деятельности всех судебных органов, о согласовании ее со всей организационной системой карательных и судебных органов. Что касается применения высшей меры наказания, ВЧК 24 декабря прошлого года дала телеграмму всем губчека, запрещающую приводить в исполнение приговоров к высшей мере наказания без санкции на то ВЧК, за исключением приговоров по делам об открытых вооруженных выступлениях. По вопросу о возможности отмены высшей меры наказания ВЧК полагает, что ее можно отменить по всем политическим преступлениям, за исключением террористических актов и открытых восстаний…».