Хотя декрет «Социалистическое отечество в опасности!» и предусматривал расстрел на месте преступления, тем не менее, до лета 1918 г. чекистскими органами в центральной России он применялся сравнительно не часто. Всероссийская ЧК вообще использовала свое право на расстрел лишь единожды и то в отношении не контрреволюционера, а бандита, прикрывавшегося поддельным удостоверением чекиста. Факты массовых расстрелов, расправ с офицерами и юнкерами имели место главным образом там, где шли вооруженные столкновения, особенно на юге России. Что же касается Петрограда, Москвы, других крупных городов и губернских центров, то здесь расстрелу подвергались прежде всего бандиты, грабители и крупные спекулянты. К политическим противникам Советской власти эта мера официально применялась редко. В целом за первые семь месяцев своего существования ВЧК официально приговорила к смертной казни 27 человек.
Между тем, обстановка в Советской России накалялась, Гражданская война приобрела глобальный характер. Для того, чтобы удержаться у власти большевики предпринимают самые решительные меры. 5 июля 1918 г. на V Всероссийском съезде Советов многие депутаты потребовали применение массового террора против врагов Советской власти. Одновременно вводились такие меры борьбы, как заложничество, изоляция «контрреволюционных элементов» в концентрационные лагеря. Право брать заложников и арестовывать их было предоставлено ВЧК и ее местным органам. Вместе с тем, эти меры в значительной мере были вызваны обстановкой ожесточенной Гражданской войны. Кстати говоря, к подобной тактике активно прибегали и противники большевиков — представители «Белого движения».
Выполняя правительственные директивы, ВЧК безусловно играла ключевую роль в развертывании жестких репрессий. 15 июня 1918 г. ВЧК принимает решение о создании «тройки» из представителей партий большевиков и левых эсеров с полномочиями решать вопросы о расстреле. Членами «тройки» были утверждены Дзержинский, Александрович и Лацис, заместителями — Фомин, Ильин и Петерс. Приговоры «тройки» о расстреле должны были быть утверждаемы только единогласно.
Но сконструированная таким образом «тройка» не способна была выполнять карательные задачи. Входившие в нее левые эсеры стояли на принципиально иной позиции в вопросе о применении высшей меры наказания, ссылаясь на директивы своей партии. Ситуация изменилась после июльского выступления левых эсеров в Москве, когда все сотрудники ВЧК из их числа были исключены из состава Комиссии.
Конкретные контрреволюционные проявления в виде убийств или покушений на убийство высокопоставленных представителей большевистской партии имели решающее значение в развертывании «красного террора». Убийство 20 июня в Петрограде редактора «Красной газеты» и члена Президиума ВЦИК М. Володарского, убийство председателя Петроградской ЧК М. Урицкого и конечно же покушение на председателя Совнаркома Ленина 30 августа 1918 г. сыграли роль детонатора. Уже через два дня — 2 сентября Всероссийский ЦИК принял по предложению Я. М. Свердлова резолюцию по поводу покушения на Ленина. ВЦИК предупредил, что за каждое покушение на руководителей Советского государства и носителей идей социалистической революции будут отвечать все контрреволюционеры и их вдохновители. В тот же день ВЦИК объявил РСФСР единым военным лагерем.
Переход к самым решительным методам борьбы с противниками большевиков был закреплен постановлением Совнаркома «О красном терроре», принятом 5 сентября 1918 г. по докладу Дзержинского. В постановлении говорилось: «…подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам; <…> необходимо опубликовать имена всех расстрелянных, а также основания применения к ним этой меры».
Сразу же после покушения на Ленина по всей стране начались взятие заложников и массовые расстрелы. Большевистское руководство стремилось не только уничтожить контрреволюционеров, но и устрашить потенциальных противников власти.
Но уже 6 ноября 1918 г., ввиду позитивных изменений на фронтах гражданской войны, VI Всероссийский Чрезвычайный съезд Советов принял постановление «Об амнистии». В этом документе говорилось об освобождении из мест заключения всех тех, кому в течение двух недель со дня ареста не было или в дальнейшем не будет предъявлено обвинение в непосредственном участии в заговоре, в подготовке его, в организации белогвардейских сил или в содействии тем партиям, которые встали на путь вооруженной борьбы против Советской власти. Карательным органам предписывалось немедленно предоставить свободу всем заложникам, кроме тех, временное задержание которых необходимо как условие безопасности советских людей, попавших в руки врагов. У местных ЧК вообще изымалось право взятия заложников. Оно было сохранено только за центральным аппаратом ВЧК.