После завершения войны с Японией в течение нескольких лет положение не менялось. Только в декабре 1908 г. была образована межведомственная комиссия из представителей Военного министерства и МВД под председательством директора Департамента полиции М. И. Трусевича, которой поручили разработку мер по борьбе с иностранным шпионажем. В ходе ее заседаний были рассмотрены материалы, характеризовавшие масштабы иностранного шпионажа против России, а также формы и методы работы иностранных разведок. Комиссия впервые выработала определение контрразведки как вида деятельности. По ее мнению, «контрразведка (борьба со шпионством) заключается в своевременном обнаружении лиц, занимающихся разведкой для иностранных государств, и в принятии вообще мер для воспрепятствования разведывательной работе этих государств в России. Конечная цель контрразведки есть привлечение к судебной ответственности уличенных в военном шпионаже лиц на основании статей 108–119 Уголовного Уложения 1903 г. или прекращение вредной Деятельности названных лиц хотя бы административными мерами».
Комиссия разработала четыре проекта организации контрразведывательных органов. Дискуссии в основном шли о том, в состав какого ведомства — МВД или Военного министерства — включать создаваемые специальные подразделения по борьбе со шпионажем, а также по вопросу о комплектовании их кадрами.
В конечном итоге комиссия пришла к выводу, что шпионаж направлен преимущественно против вооруженных сил, а Департамент полиции МВД не обладает специальными знаниями об организации русской и иностранных армий. Следовательно, необходимо создать контрразведывательные отделения именно в рамках Военного министерства. При этом предусматривалось, что Департамент полиции будет оказывать всяческое содействие контрразведке, а руководить контрразведывательными органами будут прикомандированные из Отдельного корпуса жандармов опытные офицеры-розыскники.
8 июня 1911 г. военным министром В. А. Сухомлиновым были утверждены «Положение о контрразведывательных отделениях» и «Инструкция начальникам контрразведывательных отделений».
В соответствии с вышеуказанными правовыми актами к концу 1911 г. были созданы и функционировали контрразведывательные отделения (КРО) в Варшавском, Виленском, Иркутском, Кавказском, Киевском, Московском, Одесском, Петербургском, Приамурском и Туркестанском военных округах. При этом КРО штаба Московского военного округа обслуживало в оперативном плане дополнительно территорию Казанского военного округа, а КРО штаба Иркутского военного округа — соответственно Омский военный округ.
Помимо десяти КРО штабов военных округов было образовано
Лишь общее руководство работой контрразведывательных отделений военный министр возложил на
Согласно «Инструкции начальникам контрразведывательных отделений» перед органами контрразведки ставилась главная цель — борьба с иностранным военным шпионажем. Контрразведывательные отделения должны были бороться также с подрывной деятельностью иностранных спецслужб, направленной на подготовку в России вооруженных восстаний, забастовок и стачек на оборонных заводах, на создание незаконных военных формирований из приграничного «инородческого» населения, на выведение из строя искусственных сооружений и сбор среди неблагонадежного населения империи денежных средств на военные надобности иностранных государств.