В тревожные дни немецкого наступления, когда враг приближался к Петрограду, ВЧК пришлось уделять много внимания борьбе с бандитизмом. Одной из первых операций, проведенных ВЧК в ходе борьбы с уголовной преступностью, была поимка бандита «князя Эболи», известного также как Дегриколи, Долматов, Маковский и т. д. «Князь Эболи», пользуясь подложными документами, совершал ограбления советских учреждений и квартир. Он предпринял также налет на Зимний Дворец, откуда похитил ценную картину и драгоценности. Во время налетов «князь» почти всегда действовал от имени советских органов. 24 февраля 1918 г. ВЧК постановила: «Допросить Эболи и потом расстрелять его, о чем широко опубликовать». Это постановление было выполнено.
24 февраля ВЧК рассмотрела дело о бывшем поручике В. А. Смирнове и казаке И. В. Занозе (Строганове). Ранее они давали Комиссии ценные сведения о контрреволюционерах, часто посещали ВЧК, но одновременно занимались грабежами. В ночь на 24 февраля бандиты явились с «отрядом ВЧК» в ресторан «Медведь» и, предъявив подложный ордер на обыск, отобрали у посетителей 40 тысяч рублей. По постановлению ВЧК они были расстреляны.
В начале марта 1918 г. в ВЧК поступило сообщение, что в доме № 4 по улице Миллионной собралась группа контрреволюционеров. Сотрудники Комиссии Панюшкин и Черкашин с отрядом красногвардейцев задержали там семь студентов, составлявших воззвание к свержению Советской власти. Чекисты вывезли их к амбарам Александро-Невской Лавры и расстреляли. Это происшествие вызвало возмущение жителей столицы. Нарком юстиции И. З. Штейнберг поручил следственной комиссии при Петроградском трибунале расследовать это происшествие. Однако в связи с переездом правительственных учреждений из Петрограда в Москву следствие до конца довести не удалось.
Всероссийская чрезвычайная комиссия много внимания уделяла разоблачению и пресечению преступной деятельности спекулянтов. Еще в Петрограде сотрудники Отдела по борьбе со спекуляцией успешно провели ревизии в крупных торговых фирмах, конфисковали сотни пудов продовольствия и промышленных товаров первой необходимости. ВЧК разоблачила крупные спекулятивные сделки «Товарищества М. А. Александрова». По приговору ревтрибунала «Товарищество» было оштрафовано на 1 миллион рублей. Большую работу провели чекисты по пресечению спекуляции золотом. В январе-–феврале 1918 г. ВЧК конфисковала у петроградских спекулянтов около 10 пудов золота, которое было передано в Государственный банк.
Летом 1918 г. основные усилия Всероссийская чрезвычайная комиссия направляла на выявление и ликвидацию подпольных антисоветских организаций, подавление белогвардейских восстаний и крестьянских выступлений, пресечение подрывной деятельности кадетов, правых эсеров и меньшевиков. В конце мая она получила сведения о существовании в Москве контрреволюционной организации. 29 и 30 мая чекисты арестовали многих заговорщиков. Следствие показало, что ВЧК напала на след савинковского «Союза защиты родины и свободы».
Вскоре после разгрома Московского отделения «Союза защиты» были предприняты меры к ликвидации его казанской организации. В Казань по адресам и явкам, добытым на следствии, выехало несколько чекистов. Под видом офицеров-белогвардейцев они проникли в организацию и собрали необходимые сведения о ней. Во второй половине июня участники «Союза защиты» в Казани были арестованы.
Позднее ВЧК ликвидировала ряд белогвардейско-эсеровских вербовочных центров. 30 июня чекисты задержали на Ярославском вокзале в Москве большую группу офицеров, отправлявшихся в белую армию. Следствие показало, что вербовка добровольцев проходила при активном содействии французской миссии. Каждому добровольцу выдавалось по 400 рублей и документы, удостоверяющие его принадлежность к французской армии. Из Москвы завербованные ехали в Вологду, а оттуда их тайно переправляли в Поволжье к белочехословакам. Вербовочные пункты были раскрыты также в Саратове, Новгороде, Вологде и других городах.
В начале августа ВЧК раскрыла белогвардейскую подпольную организацию «Союз возрождения России». Был арестован один из руководителей организации бывший полковник М. А. Куроченко, который выдал многочисленных ее участников, а также пароли, явки и т. д.