В феврале 1920 г. ВЧК арестовала группу контреволюционеров, в том числе профессоров Н. Н. Виноградова, С. А. Котляровского и других. На допросе они показали, что являлись членами руководящего контрреволюционного подпольного объединения, именуемого «Тактический центр». На основе их показаний были установлены и арестованы руководители «Тактического центра» — Д. М. Щепкин, С. М. Леонтьев, С. Е. Трубецкой и С. П. Мельгунов.
Осенью 1919 г. органы ВЧК занимались не только борьбой с контрреволюцией и шпионажем, но их усилия были направлены и на преодоление хозяйственной разрухи в стране. В это время на ВЧК была возложена задача оказать помощь партийным и советским органам в преодолении топливного кризиса, который грозил парализовать промышленность и транспорт.
Вопрос о борьбе с топливным кризисом несколько раз обсуждался на заседаниях коллегии и Президиума ВЧК. Всероссийская чрезвычайная комиссия наметила конкретные меры, предусматривавшие участие чекистских органов в топливной кампании. Транспортные ЧК производили учет топлива, скопившегося у железных дорог, организовывали погрузку заготовленных дров и их отправку в города. Они привлекали к ответственности должностных лиц, допускавших злоупотребления в заготовке, транспортировке и распределении топлива, а также граждан, уклонявшихся от трудовой повинности.
В период решающих боев на фронтах Гражданской войны органы ВЧК продолжали бороться со спекуляцией. Так Московская чрезвычайная комиссия раскрыла крупные злоупотребления в мастерских военного оборудования, обнаружила тайные склады товаров, разоблачила спекулянтов золотом и серебром. С мая по август 1919 г. отделения МЧК по борьбе со спекуляцией расследовали 60 крупных и множество мелких дел. Только за один месяц было конфисковано около 2 млн рублей.
Наряду с борьбой против контрреволюции и спекуляции, за преодоление хозяйственной разрухи, чекистские органы в 1919–1920 гг. выполняли и другие важные задания Советского правительства. В это время ВЧК была привлечена к борьбе с эпидемиями, которые на почве голода, отсутствия медикаментов, мыла и белья разрастались до небывалых размеров. Только от тифа в 1919–1920 гг. погибло больше людей, чем на фронтах Гражданской войны. 8 ноября 1919 г. Совет обороны образовал Особую Всероссийскую комиссию по улучшению санитарного состояния страны. В нее входили В. И. Ленин, Ф. Э. Дзержинский, нарком здравоохранения РСФСР Н. А. Семашко и другие.
При чрезвычайных комиссиях учреждался институт уполномоченных по санитарной части. При ВЧК была создана специальная разъездная санитарная комиссия. Уполномоченным ВЧК по санитарной части был назначен член коллегии ВЧК, врач по специальности М. С. Кедров. В ноябре 1919 г. ВЧК и Наркомздрав издали приказ «О мерах борьбы с разрухой в санитарном отношении». Чрезвычайным комиссиям предписывалось следить за санитарным состоянием казарм, госпиталей, учебных заведений, станций, пунктов эвакуации и питания, воинских эшелонов, оказывать содействие органам здравоохранения в организации санитарных кордонов. Чрезвычайные комиссии, выполняя приказ ВЧК, помогали органам здравоохранения создавать госпитали, карантинные пункты, изыскивали медикаменты, организовали сбор белья для больных, привлекали к ответственности должностных лиц, отвечающих за санитарное состояние района или объекта, за халатное отношение к своим обязанностям. Благодаря усилиям партийных, советских и чекистских органов весной 1920 г. удалось сбить волну эпидемии в Советской России.
Для восстановления разрушенной экономики требовалось огромное количество рабочих рук. 29 января 1920 г. Совнарком принял декрет о введении в стране всеобщей трудовой повинности. Согласно этому документу каждый гражданин, независимо от того, работает он или нет, мог быть привлечен к заготовке дров, очистке от снежных заносов железнодорожных путей, сельскохозяйственным, строительным, санитарным и другим работам.
В связи с принятием Совнаркомом декрета о всеобщей трудовой повинности Президиум ВЧК в конце февраля 1920 г. направил всем чрезвычайным комиссиям приказ, в котором обязал осуществлять контроль за проведением этого декрета в жизнь, усилить борьбу с саботажем.
Таким образом, в период мирной передышки 1920 г. органы ВЧК выполняли ответственные поручения РКП (б) и Советского правительства в области борьбы с хозяйственной разрухой. Несмотря на то, что эти задания нередко не соответствовали обычным функциям чекистских органов, тем не менее, они, как правило, выполнялись успешно. Для ликвидации разрухи требовалась строжайшая дисциплина, твердый революционный порядок, беспощадное пресечение разгильдяйства. Чекисты следили за исполнением всеми гражданами, организациями и учреждениями законов, привлекали к ответственности лиц, нарушавших или не исполнявших декреты и постановления Советской власти.