Готфрид Бульонский скромно отказался от титула короля Иерусалима, предложенного ему ассамблеей таинственных монахов, и принял звание «Защитника Гроба Господня» и первого магистра ордена Сиона. Затем этот пост перешел к его преемникам и последователям, и на протяжении почти двух веков, вплоть до 1188 года, орден Сиона находился в тесной связи с другим духовно-рыцарским орденом, учрежденным чуть позднее в Святой Земле группой французов знатного происхождения: орденом «Бедных рыцарей Христа и Храма Соломонова», иными словами, орденом тамплиеров, основанным Гуго де Пейном. За год до окончательного разделения двух орденов крестоносцы потеряли Иерусалим, уступив натиску турок, и причину случившейся катастрофы Приорат склонен был видеть в бесчестном предательстве действующего великого магистра ордена Храма Жерара де Ридфора. Официально разрыв между двумя орденами состоялся в нормандском местечке Жизор, символически засвидетельствованный неким ритуалом, известным как «рубка вяза в Жизоре», хотя по преданиям этот странный эпизод как будто не имеет прямого отношения к Приорату или ордену Храма. С незапамятных времен вековой вяз в Жизоре служил местом встреч на нейтральной территории французских и английских королей. В августе 1188 года одна из таких встреч завершилась кровопролитным сражением, поводом к которому послужил спор из-за места в тени, под сенью вяза. В результате на поле брани полегли многие, пришел конец и древнему вязу.
Первым самостоятельным магистром Приората Сиона, независимым от ордена Храма, стал сеньор крепости Жизор, где произошло размежевание, Жан де Жизор. Пути двух орденов в тот момент разошлись, хотя общие корни и общность целей на протяжении почти двух столетий привели к тому, что у них в течение долгого времени сохранялось немало точек соприкосновения, а кроме того, самые важные секреты обеих организаций оставались в ведении руководителей бывших союзников.
Одним из таких секретов являлась часовня Святой Екатерины в крепости Жизор, подземная крипта, чье точное местонахождение знали очень немногие и где предположительно тамплиеры спрятали большую часть своего легендарного сокровища в момент поспешного бегства в Англию после разгрома ордена Храма умным и властолюбивым Филиппом IV Французским. Тамплиерам помогал скрыться и спрятать сокровища в часовне Великий магистр Приората Сиона Гильом де Жизор, притворявшийся верным сторонником короля. Именно он уничтожил особо секретные документы ордена Храма, в последний раз протянув руку помощи прежним братьям, впавшим в немилость.
Ходили слухи, будто часовню мог также использовать и сам Приорат, чтобы надежно спрятать наиболее важные документы и богатства, когда пробил его час — в период Великой французской революции в конце восемнадцатого века.