Подобная жизнь источила интеллигентно-дворянскую нервную систему Шапошникова. В отличие от своих каменно-дубовых коллег из кавалерийских университетов вроде Будённого, Тимошенко, Жукова, которые едва владея грамотой, нервы имели тем не менее железные, крестьянские: «убьют — так убьют, а не убьют — так слава Богу», Шапошников всё происходящее переживал скрытно, но очень остро. К 1941 году он уже был очень больным человеком, уверенно идя к могиле, куда и сошел менее чем через четыре года. По ночам его мучили кошмары: он-то знал, как казнили Тухачевского, Якира, Уборевича и других. Это только в газетах написали, что они были расстреляны, а на самом деле... Глаза сами закрывались, и не хотелось жить, думая об этом, и страх, страшный страх подкатывался к горлу, отдавался молотом в висках и покрывал лоб холодной испариной. Каждый вызов к Сталину стоил столько, что маршал сам удивлялся, как он еще живет в этом змеином клубке интриг, доносов и провокаций. Но приходилось не только жить, но и работать...
Война с Финляндией показала Сталину, до чего довели армию такие умники, как Тимошенко и Ворошилов, превратив самую огромную армию в мире в плохо обученную, плохо вооруженную и в практически неуправляемую толпу. Говорят, что Сталин уже сам пытался спасти уцелевших военных теоретиков, и взял Шапошникова под свое личное покровительство, несмотря на то, что материалов на маршала, хоть тот и сидел тише мыши, было выше головы, и НКВД давно на него нацелился.
Увы, чудом уцелевшие профессионалы, хотя и смогли теоретически извлечь уроки из зимней войны, но практически сделать не успели ничего.
День 22 июня застал Шапошникова в штабе Западного особого военного округа. Всего неделя понадобилась немцам, чтобы в двух огромных котлах — Белостокском и Минском — уничтожить всех, кто не успел попасть в плен или скрыться в лесах. Маршал Шапошников с тяжелым приступом болезни печени лежал на шинели под сосной, с ужасом глядя на то, как командующий округом генерал армии Павлов ползал на коленях перед прибывшим из Москвы Ворошиловым и, целуя пыльные сапоги бывшего наркома, плача, кричал: «Товарищ маршал! Простите меня, дурака, ради Бога!» «Ага,- злорадно кричал в ответ первый красный офицер. - Видишь теперь, чего ты стоишь! А кто на меня жаловался товарищу Сталину? Округ ему дали! Да тебе дивизию нельзя было давать!»
Павлова расстреляли вместе со всем его штабом, а Шапошников вернулся в Москву, еще раз убедившись, что милость тирана порой бывает беспредельной. В июле Шапошников сменил на посту начальника Генерального штаба — смелого и решительного, но, к сожалению, совершенно безграмотного генерала армии Жукова, и в кошмарный условиях июля-августа 1941 года, воспользовавшись той свободой, которую ему предоставил Сталин, стал, наконец, по-настоящему налаживать работу Генштаба по управлению огромными массами войск, планированию операций и стабилизации готового развалиться фронта.
Шапошников прошелся по кабинету и снова остановился у карты обстановки на 25 августа. Тощие синие стрелы немецкого наступления на всем протяжении огромного фронта акулами вгрызались в жирные красные бока нашей беспомощной обороны. Маршал вздохнул: вот здесь одна немецкая дивизия, прорвав фронт на стыке, крушит две наших армии, вот здесь наша армия вот-вот будет окружена неполной моторизованной бригадой противника, вот здесь двадцать наших дивизий не в состоянии сметь фронт, удерживаемый одной кавалерийской дивизией противника. Но немцы всё-таки уже буксуют в горах нашего мяса и крови, захлебываясь нашими военнопленными, гробя свою военную технику на наших чудо-дорогах. Как опытный врач, рассматривающий кардиограмму своего пациента еще задолго до инфаркта, видит его грозные признаки, так и маршал Шапошников, глядя на карту, уже явственно видел — немцы выдыхаются. Слишком широко разинули пасть, а разевать ее приходится все шире и шире с каждым днём — по мере нашего отступления, фронт все более увеличивается, как в перевернутой воронке. Слишком мало немцев, не хватает у них сил для одинакового нажима на всех участках. Гоняют вдоль фронта танковые дивизии с одного участка на другой, как пожарную команду. Сколько уже буксуют под Ельней! Хотя еще сильны, страшно сильны, особенно по сравнению с нами, ничего не умеющими.
Глаза маршала несколько раз прошлись по линии фронта сверху вниз, с севера на юг. На фоне огромного фронта крошечные голубые островки Балтийского и Черного морей и на долю секунды не задержали взглядом начальника Генерального штаба. На столь высоком стратегическом уровне флота просто не существовало, и его роль не учитывалась. Где-то, на более низком, оперативно-тактическом уровне флот еще учитывался как одно из средств эвакуации и транспортировки. А на еще более низком уровне флот учитывался как средство огневой поддержки, что-то вроде полковой артиллерии.