Лодка была разделена на пять водонепроницаемых отсеков, причем в первом и пятом отсеках имелись люки, снабженные тубусами для аварийного выхода из лодки людей. Многие системы «Лембита» были настолько сложны для наспех обученного советского личного состава, что, скрепя сердцем, на лодке пришлось оставить эстонцев-старшин по всем специальностям. Всем им присвоили мичманские звания и в феврале 1941 года привели к присяге.
Начало войны застало «Лембит» в Либаве, откуда ей чудом удалось вырваться и прибыть 4 июля в Кронштадт, где она и была поставлена на ремонт. К моменту прибытия Матиясевича лодка уже приняла в Минной гавани торпеды и провела пристрелку торпедных аппаратов, после чего была отбуксирована в Купеческую гавань. 2 августа «Лембит» покинула Кронштадт и перебазировалась в Таллинн, где приняла на борт мины и запас продовольствия для предстоящего первого боевого похода. Лодке предстояло выйти в южную Балтику на линию морских коммуникаций противника, поставить мины во вражеских водах, а затем, по возможности, топить суда противника торпедами.
12 августа «Лембит» вышла в море. Ей предстояло пройти в подводном положении почти все Балтийское море. Когда лодка выходила из Таллинна, было тепло и тихо. Ничто не напоминало о войне, пока в тралах, выводящих лодку «ижорцев», не взорвалась мина, затем — вторая.
Медленным был путь за тральщиками к устью Финского залива, где «Лембит» распрощалась с эскортом и пошла далее самостоятельно. Погрузившись на глубину 20 метров, лодка продолжила путь к нужной позиции. Двое суток лодка шла на юг, никого не встречая. Погода была хорошая, волнение моря не превышало 3-х баллов. Однако на третьи сутки похода Балтика неожиданно разбушевалась. При всплытии для подзарядки батарей на лодку обрушился шестибалльный шторм. Лодку бросало с борта на борт, волны перекатывались через неё, зачастую накрывая мостик, где находился Полещук, Матиясевич и сигнальщик — старшина 2-ой статьи Корнеенко. Потоками лил дождь. Вдали, на занятом противником берегу, внезапно вспыхивали прожекторы, ощупывая море и воздух, и так же неожиданно исчезали. Водяные брызги секли глаза стоящих на мостике, а внизу, в отсеках, болтанка выворачивала людей наизнанку, особенно у дизелей. Запах подгорелого масла во влажном горячем воздухе внутренних помещений лодки смешался с запахом блевотины.
Вдруг лодку ударило волной так, что она совершенно повалилась на борт, едва не выбросив в бушующее море стоявших на мостике людей. Лодка еще не успела выровняться, как последовал доклад, что вертикальный руль не перекладывается. Лодку стало быстро разворачивать в сторону от курса. Пришлось уменьшить, а затем и вовсе застопорить ход. Бортовая качка клала «Лембит» с борта на борт. Казалось, что лодка вот-вот опрокинется. Волны с ревом накатывались на мостик и через рубочный люк каскадом врывались в центральный пост. Неуправляемую лодку несло к вражескому берегу.
Полещук спустился внутрь лодки и вместе со старшим инженер-механиком капитан-лейтенантом Моисеевым пытался обнаружить и устранить повреждение. Причина, в принципе, стала ясна быстро. Стрелка манометра в главной гидравлической магистрали виновато дрожала около нуля. Быстро понижался уровень масла в цистерне, питавшей гидравлическую систему. Оказалось, что ударами волн повреждена магистраль привода носовых горизонтальных рулей, проходящая в надстройке вне прочного корпуса. Магистраль отключили, наполнили маслом расходную цистерну, что на такой «болтанке» напоминало Матиясевичу акробатический трюк с жонглированием воронкой, ведром и лейкой. Все облегченно вздохнули, когда давление в магистрали поднялось до нормального, и руль снова стал действовать.
Но шторм не утихал. Все ближе подступал вражеский берег со слепящими клинками прожекторов. Выведенные из строя носовые горизонтальные рули теперь болтались вверх-вниз, удары их сотрясали носовую часть лодки. Хотя не была еще окончена подзарядка батарей, Полещук приказал погружаться. Оставаться долее в надводном положении означало подвергаться риску возникновения новых аварий, что в условиях шторма могло привести к последствиям, о которых не хотелось и думать.