Осень 1752 года в столице была дождливой и довольно ветреной. Резкое похолодание воздуха отмечалось уже в конце августа. Сильные порывы ветра с залива вызвали подъем воды в Неве. Четыре последовавших друг за другом наводнения (29 августа, 15 и 17 сентября и 22 октября) принесли немало бед и разрушений. В ночь с 22 на 23 октября разразилась жестокая буря и, как вспоминал один из очевидцев, «было все в водопотоплении и по улицам можно было ездить верейками, а хотя, где имелось и высокое место, где прежние бывающие прибылые воды не потопляли, была вода на полтора аршина вышиной, и таковой сильной воды мало кто помнит». Тогда затопило погреба, амбары, лавки, были разрушены пристани и мосты на каналах. Под мощным напором воды поднимались полы в домах, гибли люди и скот. Место, намеченное для строительства нового морского собора, также оказалось под водой. Промеры показали, что уровень воды находился «выше того положения места, где быть означенной церкви, около трех аршин».
Требовалось срочно пересмотреть проект и найти рациональное решение, при котором не возникала бы угроза затопления нижнего этажа строящегося собора. Варианты возможных решений рассматривались на заседаниях Адмиралтейств-коллегии с участием С. И. Чевакинского. В конечном итоге коллегия во главе с генерал-адмиралом М. М. Голицыным решила, что следует повысить здание «в такую меры, дабы в нижнем апартаменте, во время таких случающихся вод… возвышение долженствует учинено быть до трех аршин, сверх положенной меры на подлинном чертеже, тесаною плитою».
Автор же проекта подошел к его переработке более профессионально и требовательно. Чевакинский убедил членов Адмиралтейств-коллегии и ее президента в том, что, подняв здание храма лишь в вышину, строители обязательно нарушат все его первоначальные пропорции. В рапорте генерал-адмиралу Голицыну зодчий писал о необходимости изменения всех размеров строения: «Понеже по регулам архитектуры всякое публичное и знатное здание требует расположения по высоте и широте, дабы в наилутчшей пропорции и красоте себя оказать могло, чего ради необходимо и нужно есть чтоб по пропорции в прибавку высоты прибавить и широты, дабы не могла та церковь оказывать себя чрезвычайною высотою».
В результате ширина и высота здания увеличились на 7,2 метра, что потребовало и переработки конструктивной основы здания. «Из-за увеличения ширины и высоты, – писал С. И. Чевакинский, – необходимо должно быть внутри церкви столбам, как для облегчения стен, так и для лутчей красоты сводов и церкви».
Адмиралтейств-коллегия, согласившись с предложениями архитектора, предписала ему переработать проект с «прибавочною высотою и шириною в той же фигуре, с устройством, впрочем, столбов, сочинить план и фасад и предложить оные для рассмотрения». Измененный Чевакинским проект в конце концов одобрили, и 15 июня 1753 года по повелению императрицы Елизаветы Петровны была совершена официальная закладка нового каменного храма.
На строительство собора ассигновали дополнительные средства. Деньги императрица распорядилась взять из «мостовых сумм», собиравшихся за проезд и проход через «плавучий» Исаакиевский мост в период с 1727 по 1761 год.
Правда, уже в ходе строительства храма выяснилось, что этих средств будет совершенно недостаточно. В итоге общая сумма, затраченная на возведение Никольского Морского собора, составила 129 987 рублей 38,5 копейки. Из них так называемые «мостовые деньги» составили только половину – 64 997 рублей 78,5 копейки; недостающие средства внесли Адмиралтейств-коллегия и «доброхотные» дарители. Правда, последних оказалось не слишком много, и вклад их в сумме составил всего 3917 рублей 52 копейки.
Двухэтажный Никольский Морской собор увенчан пятью широко расставленными куполами. Все выступающие части здания декорированы группами колонн, стоящих на высоких постаментах. В архитектурной обработке фасада Чевакинский широко использовал декоративную скульптуру; все выступающие углы храма обработаны пучками из трех колонн, причем средняя колонна, вопреки принятым в то время канонам, поставлена на самый угол. Эффектный широкий пояс антаблемента украшен кронштейнами в виде пальметок и перебит овальными окнами второго света верхней церкви, украшенными наличниками и лепными гирляндами цветов.
Успех работы зависел не только от Чевакинского, но и от исполнителей его проекта. На строительство вербовались лучшие каменщики из Ярославского и Костромского уездов, работали артелями под руководством опытных мастеров. Самым знаменитым мастером в XVIII веке был крепостной князя М. М. Голицына Матвей Соболев, житель деревни Голодяевой села Сандырева Ярославского уезда. В мае 1753 года с ним был заключен договор на каменные работы.