В Отраре смерть Великого эмира вызвала всеобщее смятение. Одни никак не желали отказываться от похода на Китай; другим хотелось устроить покойному грандиозные похороны. Голова шла кругом у всех. Вместо того чтобы кончину государя сохранить в тайне, весть о ней разгласили всем городам и всему миру. Пир-Мухаммед был далеко, в Кандагаре, в нынешнем Афганистане, и трагическую новость узнал последним. Халиль, сын Мираншаха и Хан-заде, находился ближе, в Ташкенте, и был уведомлен прежде всех. Посредством интриг добившись того, что подчиненные ему войска провозгласили его государем, он вступил в Самарканд, а в марте 1405 года уже сидел на троне. Эмиры, братья — единоутробные и двоюродные, — объявив его узурпатором, отказались ему повиноваться и восстали. О китайской кампании говорить уже не приходилось: надо было восстанавливать порядок в стране, что в основном удалось.
Халиль был молод, красив, элегантен, щедр, ласков и любезен. Очаровав всех поначалу, он быстро, благодаря немыслимому поведению, сделался ненавистным. Безумно влюбленный в бывшую наложницу по имени Шади-Мульк, взятую в каком-то гареме, он превратил ее во владычицу всей империи. Она разорила казну, сделала своего слугу министром и раздала высшие должности оставшейся прислуге. Нажив себе врагов среди вельмож, она решила помириться с ними, раздав им в жены наложниц и вдов Тамерлана. Разразился грандиозный скандал. Шахрух, младший сын Тамерлана, не любивший ни войн, ни власти и вступивший в некое религиозное братство, решил вмешаться: он покинул свою гератскую резиденцию, сбросил с престола племянника и ко всеобщему одобрению занял его место (1407). Поручив управление Самаркандом своему сыну Улугбеку, будущему астроному, в ту пору еще очень юному, он возвратился в Хорасан.
Опаснейший кризис был преодолен; однако, при всей его скоротечности, он оказался чреватым серьезными последствиями. В степях севернее и восточнее Трансоксианы вновь появились кочевники. Возглавившие после Тохтамыша Золотую Орду ханы удержаться в Азии, то есть на землях восточнее Урала, ранее принадлежавших Синей Орде, не смогли. Эти территории перешли к потомкам Шайбана, сына Джучи, то есть внука Чингисхана. Шайбаниды стали называть себя узбеками. Под водительством энергичного вождя Абулхайра (1422–1468) они захватили почти весь край восточнее Урала и севернее Сырдарьи. Они свели на нет власть Тимуридов в степях и закрепились на границе Трансоксианы, и с той поры их давление на нее не прекращалось.
Находившиеся еще восточнее моголистанские ханы, несмотря на превентивную кампанию, осуществленную Улугбеком, проявив выдержку и осторожность, перегруппировали свои силы и отвоевали когда-то утраченные территории; они уничтожили все базы, созданные Тимуром в ходе подготовки нападения на Китай, восстановили свою власть над поречьем Или и сделались владетелями Ташкента, Кашга-рии и бассейна Тарима.