Поскольку было решено, что войска будут переправляться по морю, а Венеция обязалась предоставить корабли за солидное вознаграждение, крестоносцы стали стекаться в город на лагуне, но затем оказалось, что они не в состоянии заплатить оговоренную сумму. Поэтому рыцари согласились на предложение Энрико Дандоло помочь Венеции подавить восстание в Заре, которое вспыхнуло в это время. После взятия далматинского города армия крестоносцев вновь поддалась на уговоры и изменила первоначальный план: первым пунктом похода должен был стать Константинополь. Возмущение Иннокентия III, который пригрозил дожу отлучением от церкви и потребовал от крестоносцев немедленно оставить Зару, было абсолютно тщетным, так как к крестоносцам обратился император Восточной Римской империи, свергнутый со своего трона, и попросил помочь ему вернуть трон, а в случае успеха обещал полную поддержку крестоносцам в походе в Святую землю. Таким образом, крестоносцы направились к Византию (Константинополю), осадили и взяли его штурмом. После того как византийцы подняли восстание и изгнали тех, кого они считали захватчиками, армия крестоносцев при существенной помощи венецианцев вновь осадила город и снова захватила его. Так образовалась Латинская империя, которой была уготована недолгая и безотрадная жизнь. Ее императором стал Балдуин. Завершив неблаговидную кампанию, войскам христиан на Святой земле удалось вернуть себе Сидон, Лидду и Рамлу.
Как всегда, после ухода воинов-крестоносцев возникала проблема сохранения и защиты завоеванных земель. Обеспечение безопасности являлось особой задачей тамплиеров, при этом для укрепления старых и строительства новых крепостей требовались огромные материальные средства. Источником поступления этих средств продолжали оставаться европейские командорства. Управляющие (досмотрщики) командорств стали вызывать недовольство из-за излишней привязанности к материальным благам и огромным богатствам, которые тамплиеры скопили и продолжали приумножать.
С чисто военной точки зрения тамплиеры продолжали оставаться «алмазным наконечником копья» в руках короля Иерусалима, титул которого сохранился, несмотря на то, что город находился в руках мусульман. Так, когда в 1218 г. король Иерусалима Иоанн (Жан) де Бриенн решил напасть на Египет, с ним вместе на поле брани выступили и тамплиеры. Во время войны во главе Ордена сменились Магистры Гильом Шартрский и Пьер де Монтегю. Вначале кампания развивалась успешно и даже была взята Дамиетта (1219), но завершилась она сокрушительным поражением из-за отсутствия действенного плана кампании и раздоров в армии (1221).
Взаимоотношения с госпитальерами
В 1228 г. Фридрих II, чтобы искупить отлучение от церкви, наложенное на него Григорием IX, решил возглавить новый крестовый поход. Однако подлинной целью похода, между тем, было завоевание Кипра и Иерусалима, на которые он имел права, женившись на дочери короля Иерусалима Жана де Бриенна в 1225 г., умершей во время родов сына, будущего Конрада IV. Взаимоотношения Фридриха II с тамплиерами, уже натянутые из-за того, что Орден, подчинявшийся непосредственно папе, не мог не претендовать на часть этих земель, еще больше осложнились вследствие подписания Яффского договора (1229), заключенного императором с султаном Египта. Договором предусматривалась уступка береговой полосы от Яффы до Акры для прохода паломников и возвращение Вифлеема, Назарета и Иерусалима, за исключением мечетей Омара и аль-Акса, непосредственно связанных с историей и чувствами гордости и собственного достоинства тамплиеров. Фридрих II, между тем, возложил на себя корону Иерусалима, а через два дня был снова отлучен от церкви. Тогда он из мести осадил замок тамплиеров в Акре, но народное восстание вынудило его вернуться в Европу.