В Святой земле Фридрих II мог рассчитывать на нейтралитет госпитальеров, которые были близки по духу с «Братьями госпиталя св. Марии тевтонов Иерусалима», более известных как тевтонские рыцари и поддерживавших императора. Отношения между, орденами, которые действовали на Святой земле, уже переживавшие в прошлом определенные кризисные моменты в результате разногласий по стратегическим и экономическим соображениям (в их кассах скапливались все подаяния, которые христианская Европа вносила на покрытие расходов государств крестоносцев), а также из-за личных трений между магистрами, переросли в открытый конфликт, отражавший ту борьбу, которая на Западе шла между гвельфами и гибеллинами. В 1238 и в 1241 гг. дело дошло до вооруженного столкновения между тамплиерами и госпитальерами. Этот раскол способствовал дальнейшему ослаблению безопасности христианских поселений на Востоке.
После окончательного падения Акры (см. с. 46-47) как оставшиеся тамплиеры, так и госпитальеры перебрались на Кипр. Тамплиеры в первое время еще лелеяли надежду вернуться в Святую землю и обосновались на небольшом острове Руад, вблизи сирийских берегов. Однако этот план не увенчался успехом. Между тем европейские дворы, и в частности французский, горячо поддерживали идею слияния двух орденов в предвидении нового крестового похода. Однако Жак де Моле, последний Магистр тамплиеров, выступил против: и дело даже не в том, что оба ордена возникли для достижения разных целей, а в том, что, далее объединившись, они ничего не могли противопоставить огромным силам мусульман, если бы новый поход не приобрел размеров, сравнимых с крестовым походом св. Людовика (см. с. 44). Отсюда стали распространяться слухи о высокомерии тамплиеров, которые спустя короткое время превратились в формальное обвинение.
Госпитальеры, напротив, сделали ставку на обновление, обязавшись снарядить флот для обеспечения морских перевозок на Востоке. Таким образом, они смогли избежать беспорядков, имевших место в Кипрском королевстве, и обеспечить себе новое местопребывание на острове Родос (1309). С Родоса рыцари впоследствии перебрались на Мальту (1530).
«Святой» король и тамплиеры
Магистр, сменивший Пьера де Монтегю (см. с. 41), Арман де Перигор погиб в 1244 г. в Газе вместе с тремястами двенадцатью тамплиерами в сражении с монголами. Чтобы не допустить вторжения монголов в Святую землю, вместе объединились как христианские силы (тамплиеры, госпитальеры и сирийские бароны), так и мусульманские (султан Дамаска), которым, однако, не удалось избежать поражения. Предыдущие попытки остановить продвижение монголов на Запад, предпринятые немецко-польской армией, и в частности тамплиерами Риги, Словении и Венгрии, также оказались безуспешными.
Реорганизация христианских сил проходила с большими трудностями, и немногие оставшиеся в живых тамплиеры и госпитальеры (соответственно тридцать шесть и двадцать шесть рыцарей), поддержанные западными провинциями, снова вернулись к своим традиционным обязанностям по защите Святой земли.
В том же 1244 г. король Франции Людовик IX тяжело заболел и поклялся в случае выздоровления принять крест. Выздоровев, он организовал поход в Святую землю, который начался в августе 1248 г. Христианские войска долго оставались на Кипре, прежде чем нанести удар по Дамиетте, располагавшейся в дельте Нила, которая была захвачена без особых трудностей (1249). Однако следующая битва при Мансуре («Победная») после первоначального успеха оказалась проигранной. Стратегические советы Магистра Ордена тамплиеров Гильома де Сонака не были приняты во внимание братом короля Робером д'Артуа, который командовал армией, а результатом неосмотрительного преследования противника стала смерть его самого, а также гибель графа Солсбери и двухсот сорока рыцарей Ордена тамплиеров, которые их сопровождали (1250).