Для отработки у расчетов навыков по заправке ракет выпускались учебно-заправочные ракеты УЗ. на которых идентично боевым ракетам выполнялась только топливная система (баки, трубопроводы, заправочные горловины и т. п.). Отработка навыков по заряжанию пусковых установок производилась на габаритно-массовых макетах ракет УТМ. также выпускавшихся серийно. В ряде случаев в качестве учебных ракет после соответствующей "доработки" использовались частично разукомплектованные боевые ракеты с истекшим сроком службы или получившие повреждения в ходе эксплуатации. Выпускавшиеся Северным заводом учебные ракеты УР предназначались для обучения курсантов военных училищ устройству ракет и представляли собой изделие в инертном снаряжении с "четвертным" вырезом по всей длине.
После принятия на вооружение первого варианта системы С-200 в дополнение к продолжавшимся интенсивным полигонным испытаниям, проводимым организациями-разработчиками. началась эксплуатация аппаратуры и техники в войсках. Выявленные при пусках недостатки, поступающие от строевых частей отзывы и замечания позволили выявить ряд недоработок, непредвиденных и неисследованных режимов работы, слабых мест техники системы. Кроме того, разработчиками было создано и испытано новое оборудование, обеспечивавшее повышение и расширение боевых возможностей и эксплуатационных показателей системы.
Уже к моменту приема на вооружение стало ясно, что система С-200 обладала недостаточной помехозащищенностью и могла поражать воздушные цели только в простой помеховой обстановке, при действии постановщиков непрерывных шумовых помех. Поэтому важнейшим из направлений совершенствования комплекса стало повышение помехозащищенности.
"Еще во время заводских испытаний системы С-200, — вспоминает М.Л.Бородулин, — в НИИ-108 выполнялась НИР "Партитура" по созданию новых средств радиопомех, при разработке которых якобы использовалась и аппаратура, снятая со сбитого американского самолета-разведчика U-2. Самолет, оборудованный макетом новой аппаратуры помех, по договоренности с НИИ-108 был перебазирован на полигон для проверки ее воздействия на радиолокатор подсвета цели и головки самонаведения системы С-200. Облеты системы С-200 этим самолетом показали, что РПЦ и ГСН не справляются с некоторыми видами создаваемых его аппаратурой радиопомех, ранее не заданных при создании аппаратуры системы.
Учитывая, что у вероятного противника уже существовала аппаратура, создающая подобные радиопомехи. еще в процессе испытаний системы С-200 было принято решение о проведении в КБ-1 научно-исследовательской работы "Вега". В ходе этой работы требовалось изыскать пути обеспечения возможности системе С-200 вести борьбу с постановщиками широкого класса специальных активных радиопомех — выключающихся, прерывистых и уводящих по скорости и дальности.
Работа проводилась па стендовой аппаратуре в КБ-1 и на реальных средствах системы на полигоне, где для этой цели с помощью НИИ-108 офицером Б.Д. Гоцом был создан наземный помеховый комплекс. НИР была успешно завершена и принята заказчикам еще до принятия системы С-200 на вооружение.
После принятия системы С-200 на вооружение войск ПВО страны вышло решение ВПК о реализации результатов НИР "Вега" путем проведения ОКР по модернизации стрельбового канат и ракеты системы С-200. Кроме того, в техническом задании на ОКР по предложении КБ-1 дополнительно предусматривались реализация захвата цели на автосопровожденне головкой самонаведения на шестой секунде полета ракеты для стрельбы со стартовых позиций с большими углами укрытия, применение средств коллективной защиты боевого расчета аппаратных кабин канала от боевых химических и радиоактивных отравляющих веществ, а также обеспечение проводки целей через курсовой параметр, когда радиальная скорость цели относительно РНЦ становилась равной нулю.
Модернизация стрельбового капала осуществлялась путем разработки ряда новых блоков и доработки части имевшихся. Для коллективной защиты от поражающих факторов оружия массового поражения предусматривались герметизация аппаратных кабин канала, а также разработка в КБ-1 специальных подкатываемых под кабины воздухоохладителей, на которые замыкалась вентиляция аппаратуры и установка на кабинах фильтровентиляционных установок для защиты боевых расчетов и создания избыточного давления внутри кабин.
Модернизация ракеты осуществлялась путем установки на ней новой головки самонаведения и нового радиовзрывателя. Модернизированный стрельбовый канал должен был допускать использование наряду с новой ракетой В-860ПВ также и ракеты В-86011 от исходной системы С-200.