Однако зима – не самое благоприятное время для испытаний подводных лодок, особенно в Белом море. Программа испытаний головных кораблей включала погружение на предельную глубину, а также обширные мореходные испытания при различном волнении и на разных курсовых углах к волне, что требовало дли тельного времени и не могло быть выполнено в зимнее время.
Как только позволили погодные условия, провели глубоководное погружение на предельную глубину 300 м. Комиссия под председательством Б.В. Пукшанского, в которую входили представители ЦНИИ-45 B.C. Иванов и О.А. Федоров, представитель ЦНИИ ВК инженер-капитан 2 ранта В.Г. Бабурин и ведущий инженер-капитан 2 ранга В.И. Китаев, произвела тензометрирование в наиболее нагруженных узлах корпуса и убедилась в правильности расчетов и конструктивных решений.
Серийные корабли, испытывавшиеся по сокращенным программам, в конце 1959 г. догнали и даже перегнали головные, и в итоге к Новому году (19601 военно-морской флат был поднят на семи подводных ракетоносцах! Всего промышленность поставила 22 подводные лодки проекта 629.
В 1960 г. ВМФ получил шесть подводных ракетоносцев, в 1961 г. – еще семь. В 1962 г. на Дальнем Востоке были сданы два последних корабля проекта 629. Первые пять подводных лодок постройки завода №402 (заводские №801-805| несли ракеты Р-11ФМ, а пусковые установки последующих кораблей уже обеспечивали возможность стрельбы ракетами Р-13. Первые пять лодок в дальнейшем прошли модернизацию стартовых установок под Р-13: четыре на судоремонтном заводе «Звездочка» (г. Северодвинск) и одна на «Дальзаводе» (г. Владивосток).
Переоборудование лодок проекта 629 и пусковых установок СМ-60 под ракеты Р-13 было относительно несложным. Для этого монтировалась система заправки топливом ракеты Р-13, переделывались трубопроводы подачи воздуха и азота к шахтам и вносился ряд других небольших изменений.