Для поражения движущихся кораблей на крылатые ракеты устанавливаются головки самонаведения (ГСН), как правило активные радиолокационные или тепловые (инфракрасные). Вначале использовались активные радиолокационные ГСН, определяющие положение цели коническим сканированием луча. Однако при знании противником частоты этого сканирования они относительно легко подавлялись активной помехой. В дальнейшем появились так называемые моноимпульсные головки самонаведения, не столь подверженные подобному противодействию. Тем не менее задача обеспечения помехоустойчивости осталась актуальной. Поэтому ряд ракет оснащался как радиолокационными, так и инфракрасными ГСН, а также комбинированными головками самонаведения, сочетающими оба физических принципа в единой аппаратуре.
Разработка систем управления для первых крылатых ракет осуществлялась КБ-1 Минрадиопрома. В дальнейшем основной объем работ выполняли две организации, в разные годы входившие в ведомства судостроительной и радиоэлектронной промышленности, – московский НИИ-10 (до 1936 г. Всесоюзный государственный институт телемеханики и связи, в дальнейшем ВНИИ РЭ, ныне ОАО «МНИИРЭ «Альтаир») и ленинградский НИИ-49, ведущий свою родословную отОстехбюро изобретателя В.И. Бекуари, с 1937 по 1939 г. именовавшийся Ленинградским филиалом НИИ-20, а в настоящее время – НПО ЦНИИ «Гранит» Тематика создания ГСН постепенно перешла от московского КБ-1 к ленинградскому НПО «Ленинец», а затем к выделившемуся из последнего ОАО «Радар-ММС».
Как уже отмечалось, в 1940- 1950-е гг крылатые ракеты назывались самолетами-снарядами. Большинство из них оснащалось общепринятыми и в пилотируемой авиации турбореактивными двига телями (ТРД). Однако функционирование на крылатой ракете накладывало на них ряд специфических требований. В частности, при работе стартовых ускорителей ракеты двигатель подвергался воздействию больших продольных перегрузок. В последние десятилетия применительно к ракетам, стартующим из-под воды, предъявлялись требования по сокращению времени запуска и выхода на режим ТРД с минут до нескольких секунд. С другой стороны, использование ТРД на одноразовом летательном аппарате позволяет на порядки сократить ресурс работы двигателя, применив в нем упрощенные конструктивные решения и дешевые материалы. Значительные габариты первых крылатых ракет позволили для начала использовать на них минимально модифицированные самолетные двигатели, в том числе отработавшие свой ресурс в пилотируемой авиации.
В доработку самолетных двигателей для морского ракетостроения, а затем и в создание специальных турбореактивных двигателей для корабельных крылатых ракет наибольший вклад внесло уфимское ОКБ-26 главного конструктора С.А. Гаврилова.
Особое место занимает создание для стратегических, а затем и для тактических крылатых ракет малогабаритного двухконтурного двигателя Р-95А-300 коллективом конструкторов Московского моторостроительного КБ «Союз» во главе с О.А. Фаворским.
Уже упомянутая задача быстрого запуска и выхода на режим двигателя крылатой ракеты не создает серьезных проблем при использовании прямоточного воздушно-реактивного двигателя, не имеющего в своем составе компрессора, турбины и других инерционных элементов. Вдобавок прямоточный двигатель проще, дешевле, обладает высокой топливной экономичностью на больших скоростях. Но при этом он неустойчиво работает при значительных изменениях высоты и скорости полета, при выходе ракеты на большие углы атаки при маневрировании. Кроме того, он работоспособен только на больших скоростях, что требует применения на ракете мощных стартово-разгонных двигателей.
Длительное время ведущая роль в создании прямоточных воздушно-реактивных двигателей принадлежала М.М. Бондарюку В настоящее время основным разработчиком этих двигателей является Тураевское МКБ «Союз»
При малой дальности полета показатели топливной экономичности отходят на второй план В этом случае оправдано применение ракетных двигателей. В частности, на катерной ракете П-15 и ее модификациях применялся ЖРД С2.102 разработки коллектива ОКБ-2 главного конструктора А.М. Исаева. Этот двигатель весил намного меньше всех отечественных ТРД того времени и стоил многократно дешевле. Однако в качестве горючего и окислителя на ракете использовались агрессивные, токсичные и пожароопасные компоненты. В результате применение жидкостных двигателей на отечественных крылатых ракетах ограничилось только П-15 и ее модернизациями.
Также не получили широкого распространения в качестве маршевых и твердотопливные ракетные двигатели, обладающие еще худшей топливной экономичностью в сравнении с жидкостными и вдобавок характеризующиеся тяжелой конструкцией. Они использовались на первых крылатых ракетах, стартующих из-под воды: тяжелые прочные двигатели соответствовали повышенным нагрузкам при подводном старте.