В феврале 1946 г. на базе института РАБЕ и других советско-немецких организаций, занимавшихся в Германии освоением трофейной ракетной техники, был создан институт «Нордхаузен». Он включил в себя также КБ по восстановлению документации и технологического оборудования А-4, расчетно-теоретическую группу в Бляйхероде, группу «Выстрел», призванную освоить практические действия по пуску ракет, производственную базу — завод «Монтанья» под Нордхаузеном, а также стенд для огневых испытаний двигателей в Леестене. Бюро Греттрупа вошло в институт самостоятельным подразделением. При этом объекты института располагались не дальше нескольких десятков километров от Нордхаузена.
Руководителем института был назначен генерал Л.М. Гайдуков, а его первым заместителем и главным инженером — С.П. Королев. Это стало важнейшим событием в жизни Сергея Павловича. Впервые после незаслуженных унижений конца 1930-х гг. он стал фактически первым лицом проектно-конструкторской организации, определяющим ее техническую политику. Разработчики отдельных систем, в том числе извечный соперник С.П. Королева — двигателист Валентин Петрович Глушко, оказались под его руководством.
Число советских специалистов, изучавших ракеты в Германии, неуклонно росло и весной 1946 г. приблизилось к тысяче. Кроме того, руководство содействовало приезду в Германию членов семей многих советских ракетчиков.
Однако все работы в Германии могли рассматриваться только как сугубо промежуточный этап освоения ракетного оружия. Согласно распространенной версии, Л.М. Гайдуков с конца 1945 г. начал продумывать проект правительственного постановления об организации ракетостроения в СССР. Создание нового особого ведомства, аналогичного Первому главному управлению при Совнаркоме СССР, учрежденному 30 августа 1945 г. для реализации атомного проекта, было нецелесообразно и явно несвоевременно в разоренной войной стране. К тому же ракетное оружие еще не заявило о своей приоритетности столь же убедительно, как атомное. Нужно было использовать уже имеющиеся предприятия и ведомственные структуры, перепрофилировав НИИ, КБ и заводы и «сосватав» ракетостроение одному из действующих министров.
Подбор «женихов» начался еще до того, как первые «трофейные команды» углубились в туннели завода «Миттельверке».
Технология ракетостроения была ближе всего к авиапромышленности: те же крупногабаритные силовые каркасы из стрингеров и шпангоутов, прикрытые тонкостенными оболочками; сварка и клепка как основные техпроцессы формирования конструкции. Но наркому авиапромышленности Алексею Ивановичу Шахурину с окончанием войны стало совсем не до ракет. Его всецело поглотило срочное развертывание работ по реактивной авиации, которой его ведомство не смогло уделить должного внимания в лихорадочные военные годы. Озабоченность Шахурина была вполне оправдана. В начале 1946 г. разгневанный вождь сменил его на М.В. Хруничева.
Предводителем советских ракетчиков вполне естественно должен был стать Борис Львович Ванников, руководивший Наркоматом боеприпасов (НКБ), выпускавшим реактивные снаряды для «катюш». Добившись 19 марта 1945 г. принятия постановления Государственного комитета обороны (ГКО) о создании в НКБ новой проектной организации по неуправляемым пороховым реактивным снарядам ГЦКБ-1, призванной подстраховать отрасль в случае неудач ответственного за эту тематику, но «чужого», подчиненного авиапрому филиала № 1 НИИ-1, Ванников стремился также и расширить свое участие в перспективном «большом» ракетостроении, а для начала — получить образцы немецких ракет и трофейное оборудование.
В середине мая 1945 г. решением ГКО Наркомату боеприпасов передали оборудование завода «Ворксверке» по производству узлов к «Фау-2», а в последний день месяца ГКО обязал направлять в распоряжение НКБ все найденные на территории Германии образцы реактивного вооружения.
Наркомат боеприпасов был определен ответственным по тематике «Фау-2» Постановлением ГКО «О мероприятиях по изучению и освоению немецкой реактивной техники» от 16 июня 1945 г.