После завершения всего цикла испытаний колесные машины комплекса «490» в 1981 г. были приняты на снабжение Единой государственной авиационной поисково-спасательной службы (ЕГАПСС) СССР. В том же году в СКВ ЗИЛ началось их серийное произволство. Новый комплекс в поисково-спасательных частях постепенно начал вытеснять амфибии ПЭУ-1, ПЭУ-1Б и ПЭУ-1 М.
Необходимо отметить, что колесные автомобили-амфибии комплекса «490» постоянно совершенствовались. Уже 25 декабря 1976 г. для продолжения всесторонних испытаний в СКБ ЗИЛ собрали еще два опытных образца ЗИЛ-4906 и ЗИЛ-49061. По результатам испытаний двух первых машин на новых образцах отрабатывались более совершенная форма корпуса, более эффективные стеклоочистители с пневматическим приводом, а на грузовой машине — улучшенная крановая установка.
В 1983 г. в СКБ ЗИЛ изготовили опытный образец усовершенствованной грузовой амфибии ЗИЛ-49062, на котором смонтировали более жесткую раму, систему рулевого управления с жесткой механической связью между передними и задними управляемыми колесами, более эффективную систему охлаждения двигателя, трехлопастный гребной винт с доработанной колонкой и модернизированную крановую установку. Эта машина отличалась улучшенным внешним видом с более эффективной светотехникой. Несколько позже на этом образце провели испытания дизельного двигателя ЗИЛ-550 с турбонадцувом мощностью 150 л.с. и стрелового крана-манипулятора как с грузоподъемным, так и с погрузочным оборудованием.
В 1985 г. в СКБ ЗИЛ собрали опытный образец пассажирской амфибии ЗИЛ-49065 (ведущий конструктор — Б.П. Борисов, ведущий испытатель — В.М. Ролдугин), который получил более эффективную систему нормализации микроклимата в пассажирском салоне и кабине экипажа, а также новый радионавигационный комплекс с двухсторонней радиосвязью с экипажами поисково-спасательных самолетов, вертолетов и космических СА. Успешно проведенные испытания ЗИЛ-49065 позволили уже в 1986 г. внедрить в серийное производство хорошо зарекомендовавшие себя элементы конструкции этой машины на ЗИЛ-4906 и ЗИЛ-49061.
Прогнозируя возможную ситуацию по спаду производства поисковых машин, МосавтоЗИЛ и командование ЕГАПСС СССР в 1989 г. приняли решение (04.05.89 г.) о проведении работ по увеличению назначенного ресурса эксплуатации ПЭМ, находящихся в войсковых частях, от 10 до 20 лет эксплуатации при проведении необходимых ремонтно-восстановительных работ с частичной модернизацией, что позволило продлить срок службы поисковых амфибий. Благодаря проводимым регламентным работам ОГК СТ АМО ЗИЛ (такое название получило СКБ ЗИЛ в 1998 г.) удалось не только поддерживать в технически исправном состоянии парк поисковых машин, находящихся на снабжении в Федеральном управлении авиационно-космического поиска и спасания (ФПСУ) при МО РФ, но и проводить модернизацию их систем. Так, в 2006 г. две пассажирские амфибии комплекса «490» после проведения регламентных работ были оснащены системой спутниковой связи.
Почти 30 лет машины ЗИЛ-4906 и ЗИЛ-49061 находятся в строю поисково-спасательных подразделений, эффективно обеспечивая возвращение на Землю как российских космонавтов, так и экипажей международных экспедиций. Экипажи колесных вездеходов неоднократно первыми обнаруживали приземлявшиеся СА, зачастую прибывали к месту посадки раньше вертолетов, оказывали первую помощь космонавтам. Не только за яркий внешний вид, хорошо видимый в любое время года и в любую погоду воздушными экипажами поисково-спасательных сил, но и за скорость и надежность колесные вездеходы комплекса «490» космонавты назвали «Синими птицами». Только за последние 10 лет машины комплекса «490» принимали на борт космонавтов и космических туристов из России, США, Японии, Великобритании, ЮАР и Италии.