Первоначально при подготовке августовского постановления 1958 г. по Р-16 в качестве разработчика системы управления предполагался Н.И. Пилюгин, но, видимо, не без влияния некоторых своих старых коллег по созданию первых ракет, он сумел уклониться от этой работы. Кроме того, он трудился в НИИ-885, общее руководство которым осуществлял специализирующийся на системах радиоуправления М.С. Рязанский, без особого энтузиазма относившийся к созданию чисто автономной системы для Р-16. Головным создателем системы управления определили главного конструктора НИИ-944, крупнейшего разработчика гироскопических приборов В.И. Кузнецова. Однако последующие события показали, что он не обладал должной хваткой для того, чтобы возглавить разработку системы управления ракетного комплекса в целом, да и не стремился к этому. М.К. Янгелю пришлось взять на себя соответствующую инициативу и поручить эти функции Б.М. Коноплеву, руководителю харьковского лаборатории НИИ-944, вскоре преобразованной в самостоятельное ОКБ-692, позднее именовавшееся НПО «Хартрон». На протяжении последующих лет эта организация достигла немалых успехов в создании систем управления, причем не только для ракет днепропетровских конструкторов. Чисто формально разработку системы управления для Р-16 по-прежнему возглавлял В.И. Кузнецов.
Принятие нового постановления о создании Р-16 в 1958 г. стало проявлением противоречивых итогов разработки Р-7. Ракета была успешно создана, но развернуть ее можно было лишь на нескольких стартах. Как раз в это время прекратилось строительство второй «боевой стартовой станции» для пуска Р-7 — «Волга». Было принято решение ограничиться одной — объектом «Ангара», ныне известным как космодром Плесецк. Широко разрекламированная и уже сыгравшая важнейшую роль в мировой политике советская межконтинентальная ракета стала чем-то вроде меда в трактовке Вини Пуха — «он вроде бы есть, но его уже нет!» При успешно летавшей и зафиксированной зарубежными траекторными измерительными средствами ракете практическое отсутствие боевых стартов означало грандиозный блеф. В те годы он принес политический выигрыш. Но рано или поздно истина раскрылась бы с возможными катастрофическими последствиями.
Все это, наконец, убедило С.П. Королева, что путь дальнейшего совершенствования Р-7 как боевой ракеты бесперспективен.
Проектанты ОКБ-1 уже многие месяцы прорабатывали новую МБР ограниченных массогабаритных показателей, выполненную по тандемной схеме. В частности, были рассмотрены варианты ракеты Р-9В на высококипящих компонентах, в значительной мере дублировавшей Р-16, а также Р-9А на более привычных для ОКБ-1 кислороде и керосине.
Воспользовавшись посещением Н.С Хрущева показа ракетной техники на полигоне Капустин Яр в сентябре 1958 г., С.П. Королев доложил руководителю партии и правительства свои предложения по вариантам Р-9. Хрущев понял, что предложение по Р-9В представляет собой неприкрытую попытку отнять у Янгеля тематику Р-16. Несмотря на большие возможности коллектива ОКБ-1 по сравнению с молодым днепропетровским ОКБ-586, такое решение отбросило бы процесс создания по- настоящему боевой МБР по крайней мере на пару лет. Поэтому Никита Сергеевич рекомендовал Королеву заняться Р-9А на более милых сердцу Сергея Павловича низкокипящих компонентах.
Однако простое одобрение, даже на высочайшем уровне, еще не было основанием для развертывания работ по созданию ракеты с привлечением сотен организаций и предприятий. На оформление необходимого организационного документа и подготовку достаточно развернутого технического обоснования ушло более полугода, Д.Ф. Устинов и М.И. Неделин 19 февраля 1959 г. обратились в ЦК КПСС с докладной запиской, предлагающей сохранить два направления в разработке МБР, мотивируя необходимость дальнейшего развития кислородного ракетостроения как его энергетическими преимуществами, так и отсутствием опыта эксплуатации высококипящих топлив. Через месяц с небольшим ряд министров и главных конструкторов обратился с предложением об опытно-конструкторской разработке Р-9А и Р-9В. Наконец, партия и правительство 13 мая 1959 г. утвердили постановление о разработке ракеты Р-9А.