Министерские испытания были организованы таким образом, что целый ряд дефектов и конструктивных недостатков машины, выявлявшихся в ходе испытаний, немедленно устранялись. Многие усовершенствованные детали и узлы после проверки на стендах вводись на машине № 2 и вновь проверялись на министерских испытаниях. Это позволило сократить время на отработку узлов и использовать в машине № 3, готовившейся для межведомственных испытаний, надежные и уже проверенные агрегаты.
По результатам проведенных испытаний комиссия (председатель комиссии — главный испытатель Министерства транспортного машиностроения Е.А. Кульчицкий) пришла к заключению, что танк ИС-7 (машина № 2) министерские испытания в объеме 1000 км выдержал и по основным параметрам удовлетворяет заданной ТТХ.
Наряду с положительной оценкой танка как принципиально новой машины, имеющей высокие боевые качества, удачную общую компоновку и перспективу дальнейшего совершенствования, комиссия по министерским испытаниям отметила необходимость повышения надежности работы некоторых узлов и механизмов танка и устранения ряда конструктивных недостатков и дефектов.
Часть замечаний комиссии по министерским испытаниям была реализована на машине № 3, которая подготавливалась для межведомственных испытаний, остальные замечания, требовавшие большой проработки и экспериментальных работ, были внедрены в машине № 4.
По результатам испытаний комиссия рекомендовала заводу срочно устранить выявленные конструктивные недостатки и дефекты (в особенности, связанные с надежностью) и предъявить танк ИС-7 (машина № 3) на межведомственные испытания с пробегом 1000 км в марте 1948 г. в целях скорейшего решения вопроса о принятия его на вооружение Советской Армии и подготовки серийного производства, а также для определения размеров установочной партии.
Для полной проверки эффективности внесенных изменений и определения надежности танка в пределах гарантийного срока, увеличенного до 2000 км, рекомендовалось ИС-7 (машина № 2), прошедший министерские испытания, испытывать на ЛКЗ до полного износа параллельно с проведением межведомственных испытаний машины № 3.
Однако в ночь с 22 на 23 марта 1948 г. в машине № 2 произошел пожар. Танк был полностью выведен из строя и отбуксирован на завод. После этого пожара на танках ИС-7 (машины № 3 и № 5) были введены ограждения выпускных коллекторов и системы питания. Машину № 2 восстановили, и 15–16 мая 1948 г. она прошла заводскую обкатку в объеме 41 км.
1 июля 1948 г. на машину № 2 установили механизм заряжания конструкции ЛКЗ, и до 13 июля она прошла ходовые испытания с целью проверки работоспособности вновь установленных узлов и агрегатов. К их числу относились:
— автоматическая регулировка тормозов и фрикционов ПКП;
— муфта реверса с укороченными зубьями;
— новые топливные баки-постаменты;
— измененные топливная система и система смазки двигателя;
— новая конструкция компенсаторов выпускной системы двигателя;
— гусеницы с эллиптическими пальцами;
— электрические термометры и манометры.
Ходовые испытания показали:
— автоматическая регулировка тормозов и фрикционов за время испытаний работала безотказно;
— эллиптические пальцы, введение которых преследовало целью замену трения скольжения, имевшегося в обыкновенном шарнирном соединении траков гусеницы, трением качения, при испытании в пробеге дали отрицательные результаты. При внешнем осмотре пальцев, снятых с гусеницы после пробега, было обнаружено искажение первоначального профиля. Имевшие место случаи разрушения пальцев объяснялись ослаблением сечений в результате износа;
— электротермометры, установленные на машине, отказали в работе в самом начале испытаний и были сняты;
— на муфте реверса отмечались случаи излома и выкрашивания зубьев, вследствие чего она была снята с ПКП после 50 км пробега.
За время этих испытаний танк прошел 1468 км, а двигатель М-50Т отработал 64 ч 11 мин, из них без нагрузки — 10 ч.
Сборку опытного образца танка ИС-7 (машина № 3) выполнили 30 декабря 1947 г. Машина без башни (масса корпуса составляла 24147 кг), ввиду отсутствия пушки С-70 с механизмом заряжания конструкции НИИАВ MB прошла только стационарные испытания. Машина предназначалась для проведения государственных испытаний.