История обнаружения этого памятника поистине удивительна и заслуживает более подробного рассказа. В 1844 г., не достигнув и тридцати лет от роду, Тишендорф, приват-доцент Лейпцигского университета, отправился в длительное путешествие по Ближнему Востоку в поисках библейских рукописей. Во время посещения монастыря св. Екатерины на горе Синай он случайно увидел несколько листов пергамена в корзине для мусора, предназначенного для растопки монастырской печи. Внимательно рассмотрев листы, Тишендорф определил, что они являются частью списка Септуагинты с текстом Ветхого Завета, написанного ранним греческим маюскулом. Ученый извлек из корзины не менее 43 таких же листов. Один из монахов мимоходом заметил, что две корзины с подобными листами уже отправлены в топку! Спустя некоторое время, когда Тишендорфу показали другие части этого же кодекса (содержащие всего Исайю и 1 и 4 Маккавейские книги), ученый предупредил монахов, что подобные документы слишком ценны, чтобы их жечь. 43 листа, которые Тишендорфу позволили взять с собой, включали Первую книгу Царств, книги пророков Иеремии, Неемии и Ездры. По возвращении в Европу ученый передал их в университетскую библиотеку Лейпцига, где они хранятся по сей день. В 1846 г. он опубликовал текст кодекса, дав ему название Codex Frederico-Augustanus (в честь короля Саксонии Фредерика-Августа, государя и покровителя Тишендорфа).
В 1853 г. Тишендорф вторично посетил монастырь св. Екатерины в надежде приобрести остальные части кодекса. Однако восторг Тишендорфа по поводу обнаружения рукописи насторожил монахов, и он не смог узнать о рукописи ничего нового. В 1859 г. поиски вновь привели его на Синай, на этот раз он пользовался покровительством русского царя Александра II. За день до своего отъезда он подарил монастырскому эконому том Септуагинты, изданный им в Лейпциге. После этого настоятель заметил, что у него также имеется список Септуагинты, и извлек из шкафа в своей келье завернутую в красную ткань рукопись. Глазам изумленного ученого предстало сокровище, которое он жаждал увидеть так много лет. Пытаясь скрыть свои чувства, Тишендорф как бы между прочим попросил разрешения взглянуть на рукопись еще раз в тот же вечер. Разрешение было получено, и, возвратившись в свою комнату, Тишендорф всю ночь изучал рукопись, ибо, как заявил в дневнике (который он, будучи человеком ученым, вел на латыни),
На следующее утро Тишендорф попытался купить столь ценную рукопись, но ему было отказано. Тогда он попросил разрешения взять документ на время в Каир для изучения, но этому воспротивился монах, в чьем ведении находилась алтарная тарелка для сбора пожертвований, и ученому пришлось уехать ни с чем.
Позднее, находясь в Каире, где у синайских монахов было подворье, Тишендорф своей настойчивостью упросил настоятеля монастыря св. Екатерины, который в тот момент, по счастью, оказался в Каире, послать за документом. Быстрые бедуинские гонцы доставили рукопись из монастыря, и Тишендорф наконец получил возможность переписать ее, тетрадь за тетрадью — иными словами, имея в своем распоряжении не более восьми листов за один раз. В Каире обнаружилось двое немцев, книготорговец и аптекарь, которые немного знали греческий язык. Они помогли Тишендорфу переписать рукопись: ученому оставалось лишь тщательно проверять скопированный помощниками текст. За два месяца они скопировали 110.000 строк текста.