Из Барнаула, где к ним присоединились четверо горных офицеров, путешественники на верховых лошадях и повозках через Бийск отправились до Артыбаша.
Здесь путешественники наняли лодку с гребцами и с их помощью совершили плавание вдоль берегов озера. Дикость природы, обилие рыбы и различных животных, дремучая тайга и непроходимые заросли—все это поражало далекого гостя.
В своем путевом дневнике Аткинсон не уставал восхищаться красотами озера:«.. .по всей Европе нет ничего подобного, - писал он, - что могло бы с ним сравниться.. .ради уже одного этого зрелища можно предпринять столь далекую и опасную поездку в Алтайские горы».
В 1861 году на Телецком озере работал барнаульский учитель, языковед В,В. Радлов, впоследствии академик, изучавший быт, обычаи коренного населения.
Несколько позднее, в 1865 году известный исследователь Алтая, краевед С.И. Гуляев, работая на Телецком озере, уделил большое внимание водным обитателям, в основном ценному виду рыбы - Телецкому сигу, о чем была написана статья «О телецких сельдях». С.И. Гуляев впервые пытался организовать промысловый лов рыбы на озере.
Большой знаток Сибири Н.М. Ядринцев в 1880 году, имея задание Географического общества, путешествует по озеру, делает описание его притоков и первый совершает восхождение на гору Алтынту.
В своих трудах Н.М. Ядринцев, кроме географических сведений, много внимания уделяет вопросам этнографии алтайцев, касается вопросов колонизации и экономической жизни Алтая.
Много лет, начиная с 1895 года, профессор ботаники томского университета В.В. Сапожников исследует Алтай: он открыл триледниковых центра, первым установил распространение древнего оледенения, первым взошел на седло Белухи и определил ее высоту.
В 1895 году, путешествуя по озеру, В.В. Сапожников ведет всесторонние наблюдения.
Имя этого выдающегося замечательного исследователя широко известно.
Путешествуя по русскому и монгольскому Алтаю, В.В. Сапожников собрал богатейший ботанический материал, делает крупные географические открытия. Написанные им прекрасным художественно-литературным языком книги «Катунь и ее истоки» и «По Алтаю» как бы всесторонне открыли Алтай для широкой публики, а для туристов издает первый замечательный путеводитель «Пути по Русскому Алтаю», многие десятилетия являющийся непревзойденным источником сведений, необходимых любому страннику, шагающему по Алтаю.
В 1900 году известный ихтиолог Н.А. Барнаховский издал первую специальную работу «Рыбы Телецкого озера» по коллекции, собранной экспедицией А. А. Силантьева в 1897 году.
В 1906 - 1907 годах на Телецком озере и низовьях реки Чулышман, представитель известной фирмы Карла Гагенбека К. Вахе собрал довольно большую орнитологическую коллекцию.
Он же в 1901 году организовал отлов в низовьях р. Башкаус небольшой партии горных козлов и доставил их в Гамбург.
В 1901 году по Телецкому озеру путешествовал известный ботаник, основатель ботанического сада Томского университета Порфирий Никитович Крылов. Он является автором прекрасной семитомной работы «Флора Алтая и Томской губернии».
В этом же году географ П.Г. Игнатов провел детальное, всестороннее исследование Телецкого озера. Имея поручение Русского Географического общества, П.Г. Игнатов произвел топографическую съемку береговой линии, изучал температурный режим, колебание воды, цвет, прозрачность, собрал материал по фауне и флоре озера. П.Г. Игнатов составил первую карту глубин и определил его максимальную глубину
Этим самым впервые в России были проведены фундаментальные лимнологические исследования этого горного водоема.
В 1912 году известный зоолог П.П. Сушкин исследует прителецкий район, изучая орнитофауну озера.
Таким образом, различные по составу и заданиям экспедиции, перечень которых здесь далеко не полный, собирают богатейший материал об этом уникальном водоеме. К этому времени наука накопила богатейший исследовательский материал. Уже имелись подробные описания растительного и животного мира, геологического строения Алтайских гор, географии, работы по истории, этнографии и т.д. однако оставался спорным вопрос о происхождении котловины Телецкого озера.
Выдвигались две гипотезы: тектоническая и гляциологическая. Впервые гипотеза о тектоническом происхождении котловины озера была высказана еще П.А. Чихачевым в 1845 году.
Подробно изучавший озеро географ П.Г. Игнатов поддержал это предположение. Но в 1914-1916 годах финский ученый И.Г. Гранэ высказал мысль о ледниковом происхождении котловины озера. Согласно его теории котловина озера образовалась в ледниковый период в результате выпахивающего действия громадного ледника.
Несколько позднее целая группа ученых, изучавшая Телецкое озеро в разные годы, приходит к выводу и приводит доказательства тектонического происхождения озера: В.Н. Таганцев (1915 г.),
Однако некоторые ученые, в частности, Н.Л. Бубличенко отстаивает гипотезу ледникового происхождения.