Начались нападения на поезда. Так, на 941-м километре магистрали диверсанты взорвали полотно прямо перед подходящим эшелоном. В итоге паровоз и несколько вагонов сошли с рельсов, остальные встали поперек путей. После этого диверсанты открыли огонь из автоматов и убили машиниста, а затем скрылись. В десяти километрах от места крушения шпионы застрелили стрелочницу и взорвали стрелку, из-за чего еще один поезд потерпел крушение.
Из всех выброшенных парашютистов только четыре добровольно сдались НКВД. Они предъявили инструкции по проведению диверсий под названием «Задание для Архангельского направления», а также сдали карты, оружие и другое снаряжение. Несмотря на этот отдельный провал, диверсионная операция в Архангельской области стала одной из самых успешных за весь 1942 г.
Под влиянием всех этих событий 14 сентября совместным решением бюро обкома ВКП(б) и облисполкома был создан Архангельский городской комитет обороны (АГКО), который в соответствии со сложившейся традицией возглавил первый секретарь обкома и горкома партии Г. П. Огородников. В него также вошли председатель облисполкома М.А. Огарков, начальник областного управления НКВД П. М. Мальков, командующий Архангельским военным округом генерал-лейтенант Т. И. Шевалдин и начальник гарнизона Архангельска генерал-майор В. Н. Мальчиков.
25 сентября АГКО утвердил план обороны города, а через четыре дня вынес постановление о создании нескольких укрепленных районов: в Архангельске, на острове Мудьюгский и в Талагах. Все это говорило о том, что областные власти всерьез верили в возможность крупного германского десанта. Их уверенность в этом укрепили начавшиеся налеты авиации, массовые заброски диверсантов и агентов, а также состоявшийся в августе поход немецкого тяжелого крейсера «Адмирал Шеер» к острову Диксон.
АГКО принял несколько постановлений по повышению эффективности службы ВНОС. На территории области началось строительство дополнительных ста наблюдательных вышек, в том числе 26 – в Онежском районе. Посты наблюдения за воздухом создавались на крышах высоких зданий.
Во второй половине сентября 1942 г. в беломорские порты проследовали уцелевшие суда конвоя PQ-18. Штаб KG30 «Адлер» в Банаке планировал на 18 сентября атаку судов в горле Белого моря, но операцию пришлось отменить из-за плохой погоды. На следующий день корабли из-за разыгравшегося шторма остановились на рейде острова Мудьюгский. При этом четыре транспорта не смогли удержаться на якорях и сели на мель на краю входного канала.
Несмотря на плохую погоду, немецкий самолет-разведчик все же смог сфотографировать скопление союзных судов. И 20 сентября несколько Ju-88 в 16.00 атаковали стоянку, но из-за сильного заградительного огня с кораблей охранения не смогли добиться попаданий. Истребители 104-й ИАД ПВО снова «патрулировали» где-то поблизости, но контакта с противником в очередной раз установить так и не сумели.
Следующий налет состоялся 21 сентября. Причем с учетом того, что, по данным разведки, корабли уже вошли в порт, командование 5-го воздушного флота Люфтваффе поставило перед II./KG30 несколько нестандартную задачу: заминировать фарватер в районе острова Мудьюгский и тем самым заблокировать выход кораблей обратно в Белое море.
Сами пилоты были не в восторге от полученного приказа. Обер-фельдфебель Шталь вспоминал:
Каждый экипаж получил карту Двинской губы, на которой были отмечены линия фарватера и район, который требовалось заминировать. После инструктажа Ju-88А взревели моторами и один за другим стали отрываться от бетонной взлетной полосы в Кеми.
Самолеты несли по одной авиационной мине ВМ1000, которая могла сбрасываться как с парашютом, так и без него. Эта «адская машина» являлась универсальным боеприпасом. Будучи начиненной 680 кг взрывчатки, что гарантированно уничтожало даже крупное судно, она оснащалась как магнитным или акустическим, так и обычным ударным взрывателем. Поэтому ее использовали и как мину для установки на речных и морских фарватерах, а также как бомбу для уничтожения хорошо защищенных оборонительных укреплений, промышленных объектов в тылу и других целей.