Делопроизводство в приказах велось чрезвычайно запутанными способами. Рабочий день в них продолжался почти половину суток, часто работали и в праздники. Несмотря на это, приказы были завалены нерешенными государственными делами. До частных дел руки вообще не доходили. Их приходилось «решать» просителям. Контроль за работой приказов вели с помощью жалоб и доносов приказных служащих. Исполнение работы и решение дел зависело от служебных качеств судей, дьяков, подьячих, приставов, переводчиков, даже сторожей. Приказов было множество — Аптекарский, Астраханских дел, Большого дворца, Большого прихода, Большой казны, Бронный, Великого княжества Литовского, Великой России, Верхней типографии, Владимирской четверти, Галицкой четверти, Городового дела, Денежного и хлебного сбора, Денежной раздачи, Доимочный, Житный, Записной, Земский, Золотых дел, Иконный, Иноземный, Казанского дворца, Казачий, Казенный, Калмыцких дел, Княжества Смоленского, Конюшенный, Костромской четверти, Купецких дел, Ловчий, Мещанского суда, Монастырский, Мушкетного дела, Новгородской четверти, Оружейной палаты, Панский, Печатный, Полковых дел, Полоняничный, Посольский, Постельничий, Приказных дел, Пушкарский, Разбойный, Разрядный, Розыскных дел, Ратных дел, Рудного сыска, Семеновский, Серебряный, Сибирский, Сокольничий, Стрелецкий, Судный, Сыскной, Тайных дел, Устюжской четверти, Хлебный, Челобитный, Ямской.
Одним из главных приказов был Разрядный. Он вел «разряд» — войсковую роспись ратных людей, в которой указывались занимаемые ими должности. Разряд ведал службой ратных людей, вел разрядные книги, назначал воевод, контролировал выплату поместного и денежного жалованья. Он проводил особые смотры дворян и детей боярских для определения их в воинскую службу, повышал или понижал в чине, увеличивал или уменьшал размер поместья, судил проворовавшихся воевод, приказных, ратных людей. Разрядный приказ быстро стал важнейшим органом управления государства. Ему подчинялись областные разряды — военные округа.
В 1577 году был создан Поместный приказ. Он ведал государственными землями, раздаваемыми в качестве земельного жалованья, поместья, служилым людям. Поместный приказ выдавал акты на право владения землей, жалованные грамоты, решал земельные споры, вел «даточные книги» с указанием размеров всех поместий. Он вел переписи населения — в 1533 году в Московском государстве жили девять миллионов человек.
Оружейная палата, арсенал, ведал изготовлением и хранением оружия, боеприпасов и военного снаряжения. Палатой заведовал Оружейный приказ.
Со времен Ивана IV большую роль в управлении государством стали играть воеводы, руководившие войсками Московского царства. Конница состояла из дворян и детей боярских, служилых татар и царского полка. В артиллерию входили полевой и крепостной «наряды». Наряд обслуживали воротники, затинщики, кузнецы, плотники. Большую роль в победах русского войска играл «гуляй-город» — передвижная деревянная крепость.
Еуляй-город принимал на себя ожесточенные атаки противника, потом из-за него атаковала русская конница. Пехота состояла из пеших городовых казаков, московских пеших и стременных стрельцов и пеших «даточных людей». Во второй половине в семидесятитысячное русское войско входили 35 000 всадников поместной конницы, 12 000 стрельцов, 6 000 городовых казаков, 10 000 служилых татар, 4 000 наемных иностранцев, пушечный наряд из 3 000 человек. В военный поход обычно ходила половина войска. Оно состояло из большого полка, полков правой и левой руки, передового, сторожевого и ертаульного полков, «наряда» и «гуляй-города». Конный ертаульный полк вел разведку и охранял войско. Царский полк состоял из служилых московских людей, охранял царя, участвовал во всех придворных церемониях, сопровождал государя во всех походах. В боевых действиях царский полк участвовал только вместе с царем. В 1550 году Иван IV учредил и особый конный отряд — «Избранную тысячу», личную охрану.
Стрельцы были только пехотинцами, вооруженными огнестрельным оружием. Этот род войск создал царь — «учинил у себя выборных стрельцов из пищалей три тысячи человек, а велел им жить в Воробьевой слободе». Из московских стрельцов был образован особый царский отряд, стоявший в караулах во дворце. Ивана IV охраняли Избранная тысяча, Государев и Стремянной полки.
Пять тысяч стрельцов постоянно находились в Москве, семь тысяч служили в пограничных городах. Стрельцы служили не только в своих полках, но и в приказах. Они служили пожизненно, служба передавалась по наследству. За службу стрельцы получали не земельное, а хлебное и денежное жалованье, при Иване IV четыре рубля в год. Стрельцы получали в слободах участки земли и денежное пособие для строительства дома, не платили налоги, получали льготы при торговле, особенно своим товаром, производимым в слободах. Руководил стрельцами свой приказ.