Состав, права и компетенция Боярской Думы никогда не были четко определены. По мере усиления государства имущественные и политические права бояр ограничивались, изменялся их социальный состав. Бояре активно участвовали в борьбе придворных партий, попадали в опалы. При Иване III членами Боярской Думы являлись бояре, окольничие, думные дворяне и позднее думные дьяки. Преобладающее влияние в думе принадлежало боярам из титулованной знати, представителям княжеских фамилий. За период правления Ивана III в состав московского боярства вошли более сотни князей и бояр со всех многочисленных русских княжеств. Вслед за удельными Рюриковичами и Еедеминовичами в Москву шли их ростовские, ярославские, тверские, нижегородские, рязанские бояре. В русской истории остались княжеские династии Рюриковичей: Витебские, Изяславские, Еалицкие, Черниговские, Барятинские, Белявские, Волконские, Воротынские, Еорчаковы, Долгоруковы, Елецкие, Звенигородские-Рюмины, Токмаковы, Ноздреватые, Карачевские, Кашины, Масальские, Козельские, Курлятевы, Лыковы, Мезецкие, Оболенские, Нагие, Телепневы, Овчинины, Серебряные, Одоевские, Репнины, Свято полк-Мирские, Тарусские, Щербатовы, Муромские, Пронские, Волынские, Друцкие, Любецкие, Заславские, Луцкие, Острожские, Смоленские, Вяземские, Козловские, Кропоткины, Ярославские, Вельские, Дуловы, Зубатые, Курбские, Львовы, Моложские, Охлябинины, Прозоровские, Сицкие, Троекуровы, Ушатые, Хворостинины, Шаховские, Щетинины, Ростовские, Буйносовы, Катыревы, Любановы, Темкины, Белосельские, Белозерские, Кемские, Ухтомские, Суздальские, Шуйские, Еорбатые, Боровские, Верейские, Можайские, Углицкие, Шемякины, Дорогобужские, Кашинские, Микулинские, Телятовские, Холмские, Стародубские, Еагарины, Пожарские, Ряполовские, Ромодановские, Тулуковы, Дмитриев-Мамоновы, Хилковы, Заболоцкие, Мусоргские, Ржевские, Рожественские, Татищевы, Толбузины, Ляпуновы. Из Еедиминовичей были наиболее известны Бельские, Голицины, Куракины, Мстиславские, Трубецкие, Хованские.
В Боярской Думе и Государевом дворе шла непрекращающаяся борьба за чины, титулы, должности. Этому способствовало то, что дума действовала по воле государя, не имея самостоятельной компетенции. Заседания Боярской Думы времен Ивана III проходили почти ежедневно. Бояре съезжались к князю с рассветом и заседали до вечера. Некоторые проблемы государь решал без участия думы, некоторые дума решала без него, но по его поручению, с последующим утверждением. При Иване III действовал и совет из наиболее близких к царю людей, называемый Ближней думой. Она не имела постоянного состава и часто называлась Комнатной или Тайной думой. Ее члены могли и не иметь думного чина. Решения Ближней думы не имели законодательной силы, но именно на ней обсуждались многие дела, прежде чем поступить на рассмотрение Боярской Думы, число членов которой в 1505 году — году смерти Ивана III — составляло двенадцать человек, пятеро бояр и семеро окольничих.
В январе 1547 года семнадцатилетний Иван IV принял титул царя и начал править Московским государством — как учили. Боярское правление в годы безотцовщины наложило отпечаток на его характер и образ жизни. Ближняя дума стала «Избранной радой», неофициальным царским советом, состоявшим из А. Адашева, А. Сильвестра, князей Курбского и Курлятева. Старую систему управления государством — Государев двор с путными и введенными боярами — сменила приказная система.
Приказы, от слова «приказ» — поручение, зародились из даваемых боярам государевых поручений. Непосредственно поручения царя стали пополнять грамотные чиновники, дьяки. Первыми дьяками стали церковные служители, почти единственные образованные люди в государстве. Сначала при царе находились два дьяка, потом их стало семеро. Поручения царя стали постоянными, появились должности казначея и печатника.
С увеличением объема работы дьякам «для письма» придавались чиновники поменьше, подьячие, которые работали в особом помещении, «избе» — канцелярии. Вскоре «избы» стали постоянно действующими государственными органами — приказами. Дьяки — государевы, дворцовые, боярские, монастырские, городские — стали чиновниками правительственной администрации. Они образовали аппарат Боярской Думы, выполняли финансовые, дипломатические, военные поручения. По этому отраслевому принципу стали создаваться государственные органы — функциональные, а не территориальные. В противовес родовитому боярству, на дела которого Иван IV досыта насмотрелся в детстве, царь активно создавал дьяческое сословие, служившее лично ему.