Судьба независимых и автономных организаций была гораздо плачевнее. Азефу и полиции незачем было их сохранять. И каждый раз, когда Азефу попадали в руки какие-нибудь тайные сведения о готовившихся покушениях, он не только старался расстраивать их, но выдавал головою их организаторов. Вот эти-то повторные и частые провалы, эти катастрофические бедствия, разражавшиеся над целыми коллективами, это упорное, методическое разрушение, вносимое опытной рукой в спаянные железной дисциплиной и непроницаемой конспиративностью боевые группы и отряды, и привели многих к убеждению в центральной провокации: мало-помалу все подозрения концентрировались на Азефе. Эти подозрения встречали, конечно, резкий, негодующий отпор со стороны центра, который помимо «славного прошлого» был еще ослеплен фактом сохранности «боевой организации», то есть непосредственных помощников, сотрудников и подчиненных Азефа, как вообще всех близко с ним соприкасавшихся работников. Обвинения, помимо всего остального, не находили реальной почвы и отвергались с омерзением и угрозами.
Последний фазис полного, безудержного разгула предательства в деятельности Азефа совпадает с моментом его ареста в марте 1906 г. в Петрограде. В своем показании на процессе Лопухина генерал Герасимов рассказал, при каких обстоятельствах произошло это странное событие. Агенты охраны в результате слежки арестовали какого-то неизвестного, предъявившего бумаги на имя Черкасова. Через два дня после его задержания он объявил, что он раньше служил в департаменте полиции, под именем Виноградова. По словам Герасимова, Азеф с некоторого времени порвал свои сношения с полицией. Но это заявление также, «вероятно», соответствовало истине, как другое утверждение генерала-охранника, что Виноградов-Черкасов-Раскин-Азеф только к этому времени вступил в «боевую организацию».
По мнению Бориса Савинкова, этот арест имел целью заставить Азефа с большим усердием и добросовестностью относиться к своим полицейским обязанностям. Его упрекали в том, что он скрыл от департамента полиции много известных ему фактов, и предостерегали от подобной забывчивости в будущем, намекая на неприятные последствия, которые это может повлечь. Во всяком случае, с этой минуты Азеф больше не подавал политическому сыску поводов к недовольству…
Первый ряд крупных террористических неудач относится к концу января и началу мая 1906 г., то есть ко времени открытия Государственной думы. Многочисленные покушения, направленные против Дурново, которыми Азеф сам руководил на месте (с Савинковым, в качестве главного помощника), все без исключения проваливаются или вследствие постоянных изменений маршрута (предупреждений) министра, или же вследствие усиленной слежки (по счастью), вовремя обнаруживаемой Азефом. Затем следуют бесплодные попытки, кончающиеся неуспехом по аналогичным же причинам, против великого князя Николая Николаевича, министров Акимова и Редигера, генералов Римана и Минна, которые совместно с русским Галиффе-Дубасовым — поработали над кровавым подавлением московского вооруженного восстания. Против адмирала Дубасова было организовано, по крайне мере, 9 покушений. Все эти покушения постигает одна и та же жалкая участь. В последнем из них роль Азефа была более двусмысленной.
Это покушение (23 апреля 1906 г.) отличалось чрезвычайной драматичностью. Азеф лично расставлял террористов по улицам, по которым должен был проезжать Дубасов. Кровавый адмирал мог выбрать один из трех имевшихся путей, а между тем в динамитной лаборатории успели изготовить только две бомбы, с которыми метальщики заняли два господствующих пункта. Но, видно, сама судьба преследовала террористов. Дубасов «выбрал» третий путь… Борис Мищенко-Вноровский, один из участников этого дела — он в предыдущих попытках участвовал то одетый кучером богатого аристократического дома, то корнетом, то мичманом Черноморского флота, — вдруг заметил Дубасова, проезжавшего по другой улице. С бомбой в руках — он с нею не расставался в продолжение последних нескольких недель — он бросился вперед на эту улицу, на которой не было метальщика, и, добежав на десяток шагов от кареты Дубасова, размахнулся и с силою кинул в нее свой снаряд. Бомба легко ранила самого Дубасова, убив наповал его адъютанта, графа Коновницына, и виновника взрыва, самоотверженного Мищенко-Вноровского.